SAXSdb — 8a5a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin-remodeling ATPase INO80

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–598	未记录	Actin-like protein ARP8 × 1 （Q12386） Actin × 1 （P60010） Actin-related protein 4 × 1 （P80428） Ino eighty subunit 4 × 1 （Q08561） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8A5A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 462–598（137 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 462–598（137 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–598（598 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 948–1432（485 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 948–1432（485 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 948–1432（485 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 948–1440（493 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.48 Å
8EUF Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.41 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.90 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.04 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.01 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 Q 1–1489（1489 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.20 Å

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INO80_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598

Actin-like protein ARP8

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12386

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 1–881	未记录	Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin × 1 （P60010） Actin-related protein 4 × 1 （P80428） Ino eighty subunit 4 × 1 （Q08561） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8A5A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4AM6 C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18% W/V PEG 5000 MME, 0.28 M LI2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
4AM6 C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18% W/V PEG 5000 MME, 0.28 M LI2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
4AM7 ADP-BOUND C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；19.5% W/V PEG 5000 MME, 0.32 M LI2SO4, 0.1 M MES PH 6.5, 0.002 M ADP, 0.005 M MGCL2	分辨率 3.25 Å R-free 0.284
4AM7 ADP-BOUND C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；19.5% W/V PEG 5000 MME, 0.32 M LI2SO4, 0.1 M MES PH 6.5, 0.002 M ADP, 0.005 M MGCL2	分辨率 3.25 Å R-free 0.284
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 255–881（627 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 255–881（627 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–881（881 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–881； UniProt 1–881

Actin

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P60010

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 1–375	未记录	Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-like protein ARP8 × 1 （Q12386） Actin-related protein 4 × 1 （P80428） Ino eighty subunit 4 × 1 （Q08561） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8A5A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YAG STRUCTURE OF THE YEAST ACTIN-HUMAN GELSOLIN SEGMENT 1 COMPLEX 提交 1998-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–375（375 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
1YAG STRUCTURE OF THE YEAST ACTIN-HUMAN GELSOLIN SEGMENT 1 COMPLEX 提交 1998-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–375（375 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
1YVN THE YEAST ACTIN VAL 159 ASN MUTANT COMPLEX WITH HUMAN GELSOLIN SEGMENT 1. 提交 1999-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–375（375 aa）	突变：V159N	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M HEPES, 1.60 M (NH4)2SO4, 2 MM MG-ATP, PH=8.0.	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
1YVN THE YEAST ACTIN VAL 159 ASN MUTANT COMPLEX WITH HUMAN GELSOLIN SEGMENT 1. 提交 1999-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–375（375 aa）	突变：V159N	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M HEPES, 1.60 M (NH4)2SO4, 2 MM MG-ATP, PH=8.0.	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–375（375 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 G 1–375（375 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP* ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 8.80 Å
7YFN Core module of the NuA4 complex in S. cerevisiae 提交 2022-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 4–375（372 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7YFP The NuA4 histone acetyltransferase complex from S. cerevisiae 提交 2022-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 4–375（372 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 V 1–375（375 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–375（375 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9GO5 CryoEM Reconstruction of Yeast ADP-Actin Filament at 2.5 A resolution. 提交 2024-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–375（375 aa）链 B 1–375（375 aa）链 C 1–375（375 aa）链 D 1–375（375 aa）链 E 1–375（375 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM Tris cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

Actin-related protein 4

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P80428

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 W； UniProt 1–489	未记录	Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-like protein ARP8 × 1 （Q12386） Actin × 1 （P60010） Ino eighty subunit 4 × 1 （Q08561） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8A5A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–489（489 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.221
3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–489（489 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.221
3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–489（489 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.221
3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–489（489 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.221
5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–489（489 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–489（489 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))	分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–489（489 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–489（489 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–489（489 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 F 1–489（489 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP* ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 8.80 Å
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 W 1–489（489 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–489（489 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–489； UniProt 1–489

Ino eighty subunit 4

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q08561

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1–116	未记录	Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-like protein ARP8 × 1 （Q12386） Actin × 1 （P60010） Actin-related protein 4 × 1 （P80428） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8A5A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 X 1–116（116 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IES4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8a5a
沉积日期 deposition_date	2022-06-14
结构标题 title	Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80
关键词 keywords	chromatin remodeler, INO80, Actin-related protein, DNA binding protein; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.94 Å
零角强度 I(0) i0	520591000.00
分子量 molecular_weight	187370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	234730 Å³
包络体积 envelope_volume	316110 Å³
水化壳体积 shell_volume	64081 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.30 Å
包络 Rg envelope_rg	41.08 Å
形状 Rg shape_rg	40.94 Å
总 Rg total_rg	41.24 Å
总原子数 total_atoms	13191
残基数 n_residues	1629
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.0 Å
Rg (实空间) rg_real	41.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	520500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8651
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.442
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.226
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	127500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.944

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromatin-remodeling ATPase INO80
分子量 formula_weight	72170.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	13191

MSLAVLLNKEDKDISDFSKTTAGKSAKKNSRERVADVAPTRVLDKKQAYLSQLNSEFNRIKRRDSIEQLYQDWKFINLQEFELISEWNQQSKDWQFDNTNDSQDLHFKKLYRDMSMINKEWAEYQSFKNANLSDIINEKDADEDEEDDEDELEDGEEDMEEDEASTGRHTNGKSMRGNGIQKSRKKDAAAAAAIGKAIKDDQTHADTVVTVNGDENEDGNNGEDEDNDNDNENNNDNDNDNENENDNDSDNDDEEENGEEDEEEEEIEDLDEEDFAAFEEQDDNDDEDFNPDVEKRRKRSSSSSSSTKLSMNSLSLITSKKINKNITINSDRPKIVRELIKMCNKNKHQKIKKRRFTNCIVTDYNPIDSKLNIKITLKQYHVKRLKKLINDAKREREREEALKNNVGLDGNDLDNDEDGSESHKRRKLNNNTANGADDANKRKFNTRHGLPTYGMKMNAKEARAIQRHYDNTYTTIWKDMARKDSTKMSRLVQQIQSIRSTNFRKTSSLCAREAKKWQSKNFKQIKDFQTRARRGIREMSNFWKKNEREERDLKKKIEKEAMEQAKKEEEEKESKRQAKKLNFLLTQTELYSHFIGRKDYKDDDDKGTDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-like protein ARP8
分子量 formula_weight	100322.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MSQEEAESSIIYEEPIDIPLEDDDDEDELEEENSVPLSSQADQENAENESDDSVDNVVGSETPRSVTGLSVDPRDVADEEDEDEEGEDEDEDEDDNDVDNEDENDNDNANENENELGSSRDKRAPPAVQTSKRYKKYPKLDPAKAPPGKKVPLHLLEKRRLGRIKAAEEFAKTLKKIGIEKVETTTLPATGLFQPLMLINQKNYSSDYLKKDDQIFALRDRKFLRNNNTSQISSTNTPDVIDLKSLPHSEASAAPLNDEIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Actin
分子量 formula_weight	41735.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MDSEVAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGIMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERGYSFSTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Actin-related protein 4
分子量 formula_weight	54894.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MSNAALQVYGGDEVSAVVIDPGSYTTNIGYSGSDFPQSILPSVYGKYTADEGNKKIFSEQSIGIPRKDYELKPIIENGLVIDWDTAQEQWQWALQNELYLNSNSGIPALLTEPVWNSTENRKKSLEVLLEGMQFEACYLAPTSTCVSFAAGRPNCLVVDIGHDTCSVSPIVDGMTLSKSTRRNFIAGKFINHLIKKALEPKEIIPLFAIKQRKPEFIKKTFDYEVDKSLYDYANNRGFFQECKETLCHICPTKTLEETKTELSSTAKRSIESPWNEEIVFDNETRYGFAEELFLPKEDDIPANWPRSNSGVVKTWRNDYVPLKRTKPSGVNKSDKKVTPTEEKEQEAVSKSTSPAANSADTPNETGKRPLEEEKPPKENNELIGLADLVYSSIMSSDVDLRATLAHNVVLTGGTSSIPGLSDRLMTELNKILPSLKFRILTTGHTIERQYQSWLGGSILTSLGTFHQLWVGKKEYEEVGVERLLNDRFR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ino eighty subunit 4
分子量 formula_weight	13111.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSQESSVLSESQEQLANNPKIEDTSPPSANSRDNSKPVLPWDYKNKAIEIKSFSGYKVNFTGWIRRDVREERQRGSEFTASDVKGSDDKATRKKEPADEDPEVKQLEKEGEDGLDS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8a5aV01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	327293

fit	/app/data/saxs_computation/a5/8a5a/8a5a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a5/8a5a/8a5a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a5/8a5a/8a5a.dat

Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin-remodeling ATPase INO80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-like protein ARP8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-related protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ino eighty subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)