8aym

Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Isoform Flip of Glutamate receptor 1 × 2 （P19490） Isoform Flip of Glutamate receptor 2 × 2 （P19491） 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PALMITIC ACID × 14 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG8_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 2–417； UniProt 2–417 作者链 J； PDB构建体 2–417； UniProt 2–417

Isoform Flip of Glutamate receptor 1

Rattus norvegicus

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW5） Isoform Flip of Glutamate receptor 2 × 2 （P19491） 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PALMITIC ACID × 14 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA1_RAT
Isoform	P19490-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–915； UniProt 1–907 作者链 C； PDB构建体 1–915； UniProt 1–907

Isoform Flip of Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW5） Isoform Flip of Glutamate receptor 1 × 2 （P19490） 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PALMITIC ACID × 14 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA2_RAT
Isoform	P19491-2
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–860； UniProt 1–860 作者链 D； PDB构建体 1–860； UniProt 1–860

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8aym
沉积日期 deposition_date	2022-09-02
结构标题 title	Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
关键词 keywords	AMPAR, ion channels, neurotransmission, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8aym__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8aym__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8aym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.64 Å
Rg（电子密度）	43.16 Å
总 Rg	43.36 Å
原子数	15962
残基数	2008
排除体积	290920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8aym__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
分子量 formula_weight	43576.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J
原子数 atom_count	15962

GESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTIGAFAAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAGDDGPPHRGGSGSSEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEYLLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVYISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRSDLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRGSSEASPSRDASPGGPGGPGFASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLASAGGGGGGAGVGAYGGAAGAAGGGGTGSERDRGSSAGFLTLHNAFPKEAASGVTVTVTGPPAAPAPAPPAPAAPAPGTLSKEAAASNTNTLNRKLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform Flip of Glutamate receptor 1
分子量 formula_weight	102661.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A

MPYIFAFFCTGFLGAVVGADYKDDDDKNFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQEALISIIDHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQRVLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDSRDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGGGSGENGRVVSQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Isoform Flip of Glutamate receptor 2
分子量 formula_weight	96247.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVSSNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMRQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGVLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNPQNINPSSS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
分子量 formula_weight	328.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
分子量 formula_weight	409.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8aymI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	8aymJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	270219

Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform Flip of Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform Flip of Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aym__assembly_1__model_1

8aym__assembly_1__model_1 | I(q)

8aym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform Flip of Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform Flip of Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aym__assembly_1__model_1

8aym__assembly_1__model_1 | I(q)

8aym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)