← 返回搜索
8bd6

Cas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 187.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cas12k

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8M0FGU0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 DNA 4 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 2–639 未记录 sgRNA × 1 DNA target strand × 1 DNA non-target strand × 1 TnsC × 9 （A0A8J0PCL3） DNA × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BD6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8AXA Cryo-EM structure of shCas12k-sgRNA-dsDNA ternary complex (type V-K CRISPR-associated transposon) 提交 2022-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–639（639 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting, 4 degrees celcius
分辨率 2.96 Å
8AXB Cryo-EM structure of Cas12k-sgRNA binary complex (type V-K CRISPR-associated transposon) 提交 2022-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–639（639 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting, 4 degrees celcius
分辨率 2.87 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric
链 O 1–639（639 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8EA4 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration 提交 2022-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：31-meric
链 O 1–639（639 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GO0 Cryo-EM structure of ShCas12k in complex with a sgRNA and a dsDNA target 提交 2024-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–639（639 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH pH 7.5, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8M0FGU0_9CYAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 61–698； UniProt 2–639

TnsC

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8J0PCL3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 DNA 4 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 R； UniProt 1–276 链 S； UniProt 1–276 链 T； UniProt 1–276 链 U； UniProt 1–276 链 V； UniProt 1–276 链 W； UniProt 1–276 链 X； UniProt 1–276 链 Y； UniProt 1–276 链 Z； UniProt 1–276 未记录 Cas12k × 1 （A0A8M0FGU0） sgRNA × 1 DNA target strand × 1 DNA non-target strand × 1 DNA × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BD6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8BD4 TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–276（276 aa）
链 B 1–276（276 aa）
链 C 1–276（276 aa）
链 D 1–276（276 aa）
链 E 1–276（276 aa）
链 F 1–276（276 aa）
链 G 1–276（276 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 E 1–276（276 aa）
链 F 1–276（276 aa）
链 G 1–276（276 aa）
链 H 1–276（276 aa）
链 I 1–276（276 aa）
链 J 1–276（276 aa）
链 K 1–276（276 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric
链 A 1–276（276 aa）
链 B 1–276（276 aa）
链 C 1–276（276 aa）
链 D 1–276（276 aa）
链 E 1–276（276 aa）
链 F 1–276（276 aa）
链 G 1–276（276 aa）
链 H 1–276（276 aa）
链 I 1–276（276 aa）
链 J 1–276（276 aa）
链 K 1–276（276 aa）
链 L 1–276（276 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8EA4 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration 提交 2022-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：31-meric
链 A 1–276（276 aa）
链 B 1–276（276 aa）
链 C 1–276（276 aa）
链 D 1–276（276 aa）
链 E 1–276（276 aa）
链 F 1–276（276 aa）
链 G 1–276（276 aa）
链 H 1–276（276 aa）
链 I 1–276（276 aa）
链 J 1–276（276 aa）
链 K 1–276（276 aa）
链 L 1–276（276 aa）
链 M 1–276（276 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8RDU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map 提交 2023-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：32-meric
链 D 2–276（275 aa）
链 E 2–276（275 aa）
链 F 2–276（275 aa）
链 G 2–276（275 aa）
链 H 2–276（275 aa）
链 I 2–276（275 aa）
链 J 2–276（275 aa）
链 K 2–276（275 aa）
链 L 2–276（275 aa）
链 M 2–276（275 aa）
链 N 2–276（275 aa）
链 O 2–276（275 aa）
链 P 2–276（275 aa）
链 Q 2–276（275 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8RKU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsC domain local-refinement map 提交 2023-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 D 2–276（275 aa）
链 E 2–276（275 aa）
链 F 2–276（275 aa）
链 G 2–276（275 aa）
链 H 2–276（275 aa）
链 I 2–276（275 aa）
链 J 2–276（275 aa）
链 K 2–276（275 aa）
链 L 2–276（275 aa）
链 M 2–276（275 aa）
链 N 2–276（275 aa）
链 O 2–276（275 aa）
链 P 2–276（275 aa）
链 Q 2–276（275 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8J0PCL3_9CYAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 S； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 T； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 U； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 V； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 W； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 X； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 Y； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 Z； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bd6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bd6
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bd6
沉积日期 deposition_date2022-10-18
结构标题 titleCas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex.
关键词 keywordsCas12k, sgRNA, TnsC, CRISPR-Cas, Tn7-like transposons, transposition, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.30 Å
零角强度 I(0) i03684510000.00
分子量 molecular_weight432650.0 kDa
排除体积 excluded_volume510340 ų
包络体积 envelope_volume801510 ų
水化壳体积 shell_volume120120 ų
包络直径 envelope_diameter190.1 Å
壳层 Rg shell_rg60.53 Å
包络 Rg envelope_rg52.56 Å
形状 Rg shape_rg54.27 Å
总 Rg total_rg54.53 Å
总原子数 total_atoms29951
残基数 n_residues3213
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax187.0 Å
Rg (实空间) rg_real55.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3685000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8764
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary64.5 Å
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.406
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha336500000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.846
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)