8ea4

V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 230.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ea4
沉积日期 deposition_date	2022-08-27
结构标题 title	V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	79.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.57 Å
零角强度 I(0) i0	12665400000.00
分子量 molecular_weight	835830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	998920 Å³
包络体积 envelope_volume	1643300 Å³
水化壳体积 shell_volume	184520 Å³
包络直径 envelope_diameter	305.6 Å
壳层 Rg shell_rg	71.12 Å
包络 Rg envelope_rg	78.06 Å
形状 Rg shape_rg	78.54 Å
总 Rg total_rg	78.57 Å
总原子数 total_atoms	58049
残基数 n_residues	6370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.2 Å
Rg (实空间) rg_real	74.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2180e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1960e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12560000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.514
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6006
最高正则化参数 α highest_alpha	1418000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.912; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.086

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	TnsC
分子量 formula_weight	31444.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	58049

MTEAQAIAKQLGGVKPDDEWLQAEIARLKGKSIVPLQQVKTLHDWLDGKRKARKSCRVVGESRTGKTVACDAYRYRHKPQQEAGRPPTVPVVYIRPHQKCGPKDLFKKITEYLKYRVTKGTVSDFRDRTIEVLKGCGVEMLIIDEADRLKPETFADVRDIAEDLGIAVVLVGTDRLDAVIKRDEQVLERFRAHLRFGKLSGEDFKNTVEMWEQMVLKLPVSSNLKSKEMLRILTSATEGYIGRLDEILREAAIRSLSRGLKKIDKAVLQEVAKEYK

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cas12k
分子量 formula_weight	73280.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSQITIQARLISFESNRQQLWKLMADLNTPLINELLCQLGQHPDFEKWQQKGKLPSTVVSQLCQPLKTDPRFAGQPSRLYMSAIHIVDYIYKSWLAIQKRLQQQLDGKTRWLEMLNSDAELVELSGDTLEAIRVKAAEILAIAMPASESDSASPKGKKGKKEKKPSSSSPKRSLSKTLFDAYQETEDIKSRSAISYLLKNGCKLTDKEEDSEKFAKRRRQVEIQIQRLTEKLISRMPKGRDLTNAKWLETLLTATTTVAEDNAQAKRWQDILLTRSSSLPFPLVFETNEDMVWSKNQKGRLCVHFNGLSDLIFEVYCGNRQLHWFQRFLEDQQTKRKSKNQHSSGLFTLRNGHLVWLEGEGKGEPWNLHHLTLYCCVDNRLWTEEGTEIVRQEKADEITKFITNMKKKSDLSDTQQALIQRKQSTLTRINNSFERPSQPLYQGQSHILVGVSLGLEKPATVAVVDAIANKVLAYRSIKQLLGDNYELLNRQRRQQQYLSHERHKAQKNFSPNQFGASELGQHIDRLLAKAIVALARTYKAGSIVLPKLGDMREVVQSEIQAIAEQKFPGYIEGQQKYAKQYRVNVHRWSYGRLIQSIQSKAAQTGIVIEEGKQPIRGSPHDKAKELALSAYNLRLTRRS

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	TniQ
分子量 formula_weight	19011.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MIEAPDVKPWLFLIKPYEGESLSHFLGRFRRANHLSASGLGTLAGIGAIVARWERFHFNPRPSQQELEAIASVVEVDAQRLAQMLPPAGVGMQHEPIRLCGACYAESPCHRIEWQYKSVWKCDRHQLKILAKCPNCQAPFKMPALWEDGCCHRCRMPFAEMAKLQKV

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	10290.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQLIERLGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	TnsB
分子量 formula_weight	66637.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,X,Y,Z,w,x,y,z

MNSQQNPDLAVHPLAIPMEGLLGESATTLEKNVIATQLSEEAQVKLEVIQSLLEPCDRTTYGQKLREAAEKLNVSLRTVQRLVKNWEQDGLVGLTQTSRADKGKHRIGEFWENFITKTYKEGNKGSKRMTPKQVALRVEAKARELKDSKPPNYKTVLRVLAPILEKQQKAKSIRSPGWRGTTLSVKTREGKDLSVDYSNHVWQCDHTRVDVLLVDQHGEILSRPWLTTVIDTYSRCIMGINLGFDAPSSGVVALALRHAILPKRYGSEYKLHCEWGTYGKPEHFYTDGGKDFRSNHLSQIGAQLGFVCHLRDRPSEGGVVERPFKTLNDQLFSTLPGYTGSNVQERPEDAEKDARLTLRELEQLLVRYIVDRYNQSIDARMGDQTRFERWEAGLPTVPVPIPERDLDICLMKQSRRTVQRGGCLQFQNLMYRGEYLAGYAGETVNLRFDPRDITTILVYRQENNQEVFLTRAHAQGLETEQLALDEAEAASRRLRTAGKTISNQSLLQEVVDRDALVATKKSRKERQKLEQTVLRSAAVDESNRESLPSQIVEPDEVESTETVHSQYEDIEVWDYEQLREEYGF

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Target-LE
分子量 formula_weight	43440.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1

GTCACAATGACATTAATCTGTCACCGACGACAGATAATTTGTCACTGTACAGTAGAATATAGATGCGCATCTATATAGATGCAAATTGAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCAACCAGTCAGCACGCCCAGACCAGGGCAC

Entity 7 polymer

描述 description	LE_R
分子量 formula_weight	15775.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

TGTACAGTGACAAATTATCTGTCGTCGGTGACAGATTAATGTCATTGTGAC

Entity 8 polymer

描述 description	Non-target_R
分子量 formula_weight	21815.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

GCGTGCTGACTGGTTCTCTTCAGTATTAATAAGGCCACTCAATTTGCATCTATATAGATGCGCATCTATAT

Entity 9 polymer

描述 description	RE_F
分子量 formula_weight	23080.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	4

TTACTGATGACAATAATTTGTCACAACGACATATAATTAGTCACTGTACATCTACGATACGTAGCGGCCGACGCG

Entity 10 polymer

描述 description	RE_R1
分子量 formula_weight	15444.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

TGTACAGTGACTAATTATATGTCGTTGTGACAAATTATTGTCATCAGTAA

Entity 11 polymer

描述 description	RE_R2
分子量 formula_weight	6086.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

CGCGTCGGCCGCTACGTATC

Entity 12 polymer

描述 description	sg_RNA
分子量 formula_weight	85261.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	7

AUAUUAAUAGCGCCGCAAUUCAUGCUGCUUGCAGCCUCUGAAUUUUGUUAAAUGAGGGUUAGUUUGACUGUAUAAAUACAGUCUUGCUUUCUGACCCUGGUAGCUGCUCACCCUGAUGCUGCUGUCAAUAGACAGGAUAGGUGCGCUCCCAGCAAUAAGGGCGCGGAUGUACUGCUGUAGUGGCUACUGAAUCACCCCCGAUCAAGGGGGAACCCUCCAAAAGGUGGGUUGAAAGGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAA

Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8ea4D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ea4H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ea4I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67096

fit	/app/data/saxs_computation/ea/8ea4/8ea4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/8ea4/8ea4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/8ea4/8ea4.dat

V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)