8ea4

V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 230.2 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TnsC

Scytonema hofmannii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 24 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：31-meric（31）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–276 链 B； UniProt 1–276 链 C； UniProt 1–276 链 D； UniProt 1–276 链 E； UniProt 1–276 链 F； UniProt 1–276 链 G； UniProt 1–276 链 H； UniProt 1–276 链 I； UniProt 1–276 链 J； UniProt 1–276 链 K； UniProt 1–276 链 L； UniProt 1–276 链 M； UniProt 1–276	未记录	Cas12k × 1 （A0A8M0FGU0） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） 30S ribosomal protein S15 × 1 （D8EB41） TnsB × 8 Target-LE × 1 LE_R × 1 Non-target_R × 1 RE_F × 1 RE_R1 × 1 RE_R2 × 1 sg_RNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EA4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BD4 TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–276（276 aa）链 B 1–276（276 aa）链 C 1–276（276 aa）链 D 1–276（276 aa）链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）链 H 1–276（276 aa）链 I 1–276（276 aa）链 J 1–276（276 aa）链 K 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8BD6 Cas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex. 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：pentadecameric	链 R 1–276（276 aa）链 S 1–276（276 aa）链 T 1–276（276 aa）链 U 1–276（276 aa）链 V 1–276（276 aa）链 W 1–276（276 aa）链 X 1–276（276 aa）链 Y 1–276（276 aa）链 Z 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 A 1–276（276 aa）链 B 1–276（276 aa）链 C 1–276（276 aa）链 D 1–276（276 aa）链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）链 H 1–276（276 aa）链 I 1–276（276 aa）链 J 1–276（276 aa）链 K 1–276（276 aa）链 L 1–276（276 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RDU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：32-meric	链 D 2–276（275 aa）链 E 2–276（275 aa）链 F 2–276（275 aa）链 G 2–276（275 aa）链 H 2–276（275 aa）链 I 2–276（275 aa）链 J 2–276（275 aa）链 K 2–276（275 aa）链 L 2–276（275 aa）链 M 2–276（275 aa）链 N 2–276（275 aa）链 O 2–276（275 aa）链 P 2–276（275 aa）链 Q 2–276（275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8RKU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsC domain local-refinement map 提交 2023-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 D 2–276（275 aa）链 E 2–276（275 aa）链 F 2–276（275 aa）链 G 2–276（275 aa）链 H 2–276（275 aa）链 I 2–276（275 aa）链 J 2–276（275 aa）链 K 2–276（275 aa）链 L 2–276（275 aa）链 M 2–276（275 aa）链 N 2–276（275 aa）链 O 2–276（275 aa）链 P 2–276（275 aa）链 Q 2–276（275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8J0PCL3_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 B； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 C； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 D； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 E； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 F； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 G； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 H； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 I； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 J； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 K； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 L； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 M； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276

Cas12k

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8M0FGU0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 24 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：31-meric（31）与全部聚合物数一致	链 O； UniProt 1–639	未记录	TnsC × 13 （A0A8J0PCL3） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） 30S ribosomal protein S15 × 1 （D8EB41） TnsB × 8 Target-LE × 1 LE_R × 1 Non-target_R × 1 RE_F × 1 RE_R1 × 1 RE_R2 × 1 sg_RNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8EA4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8AXA Cryo-EM structure of shCas12k-sgRNA-dsDNA ternary complex (type V-K CRISPR-associated transposon) 提交 2022-08-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–639（639 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blotting, 4 degrees celcius	分辨率 2.96 Å
8AXB Cryo-EM structure of Cas12k-sgRNA binary complex (type V-K CRISPR-associated transposon) 提交 2022-08-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–639（639 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blotting, 4 degrees celcius	分辨率 2.87 Å
8BD6 Cas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex. 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：pentadecameric	链 A 2–639（638 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 O 1–639（639 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9GO0 Cryo-EM structure of ShCas12k in complex with a sgRNA and a dsDNA target 提交 2024-09-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–639（639 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH pH 7.5, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8M0FGU0_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–639； UniProt 1–639

TniQ

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8J0PCL5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 24 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：31-meric（31）与全部聚合物数一致	链 Q； UniProt 1–167	未记录	TnsC × 13 （A0A8J0PCL3） Cas12k × 1 （A0A8M0FGU0） 30S ribosomal protein S15 × 1 （D8EB41） TnsB × 8 Target-LE × 1 LE_R × 1 Non-target_R × 1 RE_F × 1 RE_R1 × 1 RE_R2 × 1 sg_RNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8EA4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BD4 TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 R 1–167（167 aa）链 S 1–167（167 aa）链 T 1–167（167 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 Q 1–167（167 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RDU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map 提交 2023-12-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：32-meric	链 C 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8RKT Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K Cas12k domain local-refinement map 提交 2023-12-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8J0PCL5_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

30S ribosomal protein S15

Escherichia coli

UniProt D8EB41

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 24 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：31-meric（31）与全部聚合物数一致	链 S； UniProt 1–89	未记录	TnsC × 13 （A0A8J0PCL3） Cas12k × 1 （A0A8M0FGU0） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） TnsB × 8 Target-LE × 1 LE_R × 1 Non-target_R × 1 RE_F × 1 RE_R1 × 1 RE_R2 × 1 sg_RNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8EA4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7S1I Wild-type Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 w 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 209 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
7S1J Wild-type Escherichia coli ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric	链 w 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 199 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
7S1K Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 w 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 207 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.42 Å
7UG7 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B 提交 2022-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric	链 SO 1–89（89 aa）	未记录	PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11 MG MAGNESIUM ION × 404 SPD SPERMIDINE × 2 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 S 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8EIU E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C 提交 2022-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 O 1–89（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 268 SPD SPERMIDINE × 16 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 SPM SPERMINE × 1 MET METHIONINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.24 Å
8EKC Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA 提交 2022-09-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 714 T8B Thermorubin × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8EMM Composite 70S ribosome structure for "Atomistic simulations of the E. coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates 提交 2022-09-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 O 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 321 SPD SPERMIDINE × 17 SPM SPERMINE × 1 K POTASSIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 2 MET METHIONINE × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
8EYQ 30S_delta_ksgA_h44_inactive_conformation 提交 2022-10-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric	链 O 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8EYT 30S_delta_ksgA+KsgA complex 提交 2022-10-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 U 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8FIZ Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) 提交 2022-12-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 AR 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8FTO E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 提交 2023-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric	链 O 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 284 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.85 Å
8FZD Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 581 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8FZE Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State I-A) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 570 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8FZG Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF3-GDPCP, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state II-A) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 428 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8FZH Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State II-D) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 595 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8FZI Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-B) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 737 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8FZJ Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-C) 提交 2023-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 757 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8G6W Structure of WT E.coli 70S ribosome complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site ortho-aminobenzoic acid charged NH-tRNAPhe 提交 2023-02-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 O 1–89（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 320 2AE 2-AMINO-BENZAMIDE × 1 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 14 SPD SPERMIDINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.02 Å
8G7P Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure I) 提交 2023-02-16	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 876 K POTASSIUM ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8G7Q Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the near-cognate AUG codon (Structure II) 提交 2023-02-16	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 950 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8G7R Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with A-site tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure III) 提交 2023-02-16	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 734 K POTASSIUM ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8G7S Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with P-site tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure IV) 提交 2023-02-16	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 564 ILE ISOLEUCINE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8SYL Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs 提交 2023-05-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 o 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 474 AKN (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8UPO Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å
8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric	链 T 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D8EB41_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ea4
沉积日期 deposition_date	2022-08-27
结构标题 title	V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	79.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.57 Å
零角强度 I(0) i0	12665400000.00
分子量 molecular_weight	835830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	998920 Å³
包络体积 envelope_volume	1643300 Å³
水化壳体积 shell_volume	184520 Å³
包络直径 envelope_diameter	305.6 Å
壳层 Rg shell_rg	71.12 Å
包络 Rg envelope_rg	78.06 Å
形状 Rg shape_rg	78.54 Å
总 Rg total_rg	78.57 Å
总原子数 total_atoms	58049
残基数 n_residues	6370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.2 Å
Rg (实空间) rg_real	74.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2180e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1960e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12560000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.514
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6006
最高正则化参数 α highest_alpha	1418000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.912; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.086

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TnsC
分子量 formula_weight	31444.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	58049

MTEAQAIAKQLGGVKPDDEWLQAEIARLKGKSIVPLQQVKTLHDWLDGKRKARKSCRVVGESRTGKTVACDAYRYRHKPQQEAGRPPTVPVVYIRPHQKCGPKDLFKKITEYLKYRVTKGTVSDFRDRTIEVLKGCGVEMLIIDEADRLKPETFADVRDIAEDLGIAVVLVGTDRLDAVIKRDEQVLERFRAHLRFGKLSGEDFKNTVEMWEQMVLKLPVSSNLKSKEMLRILTSATEGYIGRLDEILREAAIRSLSRGLKKIDKAVLQEVAKEYK

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cas12k
分子量 formula_weight	73280.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSQITIQARLISFESNRQQLWKLMADLNTPLINELLCQLGQHPDFEKWQQKGKLPSTVVSQLCQPLKTDPRFAGQPSRLYMSAIHIVDYIYKSWLAIQKRLQQQLDGKTRWLEMLNSDAELVELSGDTLEAIRVKAAEILAIAMPASESDSASPKGKKGKKEKKPSSSSPKRSLSKTLFDAYQETEDIKSRSAISYLLKNGCKLTDKEEDSEKFAKRRRQVEIQIQRLTEKLISRMPKGRDLTNAKWLETLLTATTTVAEDNAQAKRWQDILLTRSSSLPFPLVFETNEDMVWSKNQKGRLCVHFNGLSDLIFEVYCGNRQLHWFQRFLEDQQTKRKSKNQHSSGLFTLRNGHLVWLEGEGKGEPWNLHHLTLYCCVDNRLWTEEGTEIVRQEKADEITKFITNMKKKSDLSDTQQALIQRKQSTLTRINNSFERPSQPLYQGQSHILVGVSLGLEKPATVAVVDAIANKVLAYRSIKQLLGDNYELLNRQRRQQQYLSHERHKAQKNFSPNQFGASELGQHIDRLLAKAIVALARTYKAGSIVLPKLGDMREVVQSEIQAIAEQKFPGYIEGQQKYAKQYRVNVHRWSYGRLIQSIQSKAAQTGIVIEEGKQPIRGSPHDKAKELALSAYNLRLTRRS

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TniQ
分子量 formula_weight	19011.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MIEAPDVKPWLFLIKPYEGESLSHFLGRFRRANHLSASGLGTLAGIGAIVARWERFHFNPRPSQQELEAIASVVEVDAQRLAQMLPPAGVGMQHEPIRLCGACYAESPCHRIEWQYKSVWKCDRHQLKILAKCPNCQAPFKMPALWEDGCCHRCRMPFAEMAKLQKV

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	10290.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQLIERLGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	TnsB
分子量 formula_weight	66637.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,X,Y,Z,w,x,y,z

MNSQQNPDLAVHPLAIPMEGLLGESATTLEKNVIATQLSEEAQVKLEVIQSLLEPCDRTTYGQKLREAAEKLNVSLRTVQRLVKNWEQDGLVGLTQTSRADKGKHRIGEFWENFITKTYKEGNKGSKRMTPKQVALRVEAKARELKDSKPPNYKTVLRVLAPILEKQQKAKSIRSPGWRGTTLSVKTREGKDLSVDYSNHVWQCDHTRVDVLLVDQHGEILSRPWLTTVIDTYSRCIMGINLGFDAPSSGVVALALRHAILPKRYGSEYKLHCEWGTYGKPEHFYTDGGKDFRSNHLSQIGAQLGFVCHLRDRPSEGGVVERPFKTLNDQLFSTLPGYTGSNVQERPEDAEKDARLTLRELEQLLVRYIVDRYNQSIDARMGDQTRFERWEAGLPTVPVPIPERDLDICLMKQSRRTVQRGGCLQFQNLMYRGEYLAGYAGETVNLRFDPRDITTILVYRQENNQEVFLTRAHAQGLETEQLALDEAEAASRRLRTAGKTISNQSLLQEVVDRDALVATKKSRKERQKLEQTVLRSAAVDESNRESLPSQIVEPDEVESTETVHSQYEDIEVWDYEQLREEYGF

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Target-LE
分子量 formula_weight	43440.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1

GTCACAATGACATTAATCTGTCACCGACGACAGATAATTTGTCACTGTACAGTAGAATATAGATGCGCATCTATATAGATGCAAATTGAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCAACCAGTCAGCACGCCCAGACCAGGGCAC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	LE_R
分子量 formula_weight	15775.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

TGTACAGTGACAAATTATCTGTCGTCGGTGACAGATTAATGTCATTGTGAC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Non-target_R
分子量 formula_weight	21815.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

GCGTGCTGACTGGTTCTCTTCAGTATTAATAAGGCCACTCAATTTGCATCTATATAGATGCGCATCTATAT

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	RE_F
分子量 formula_weight	23080.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	4

TTACTGATGACAATAATTTGTCACAACGACATATAATTAGTCACTGTACATCTACGATACGTAGCGGCCGACGCG

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	RE_R1
分子量 formula_weight	15444.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

TGTACAGTGACTAATTATATGTCGTTGTGACAAATTATTGTCATCAGTAA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	RE_R2
分子量 formula_weight	6086.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

CGCGTCGGCCGCTACGTATC

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	sg_RNA
分子量 formula_weight	85261.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	7

AUAUUAAUAGCGCCGCAAUUCAUGCUGCUUGCAGCCUCUGAAUUUUGUUAAAUGAGGGUUAGUUUGACUGUAUAAAUACAGUCUUGCUUUCUGACCCUGGUAGCUGCUCACCCUGAUGCUGCUGUCAAUAGACAGGAUAGGUGCGCUCCCAGCAAUAAGGGCGCGGAUGUACUGCUGUAGUGGCUACUGAAUCACCCCCGAUCAAGGGGGAACCCUCCAAAAGGUGGGUUGAAAGGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAA

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8ea4D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ea4H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ea4I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67096

fit	/app/data/saxs_computation/ea/8ea4/8ea4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/8ea4/8ea4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/8ea4/8ea4.dat

V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TnsC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cas12k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TniQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

30S ribosomal protein S15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)