SAXSdb — 8bwl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 382–501 链 B； UniProt 382–501	未记录	Twisted gastrulation protein homolog 1 × 2 （Q9GZX9） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BWL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WAQ Crystal structure of human Growth and Differentiation Factor 5 (GDF-5) 提交 2004-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 387–501（115 aa）片段：RESIDUES 387-501 (RESIDUES 6-120 OF MATURE GDF-5)	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% 2-METHLY-2,4-PENTANEDIOL, 0.1M SODIUM CITRATE PH 4.0	分辨率 2.28 Å R-free 0.237
2BHK Crystal structure of human growth and differentiation factor 5 (GDF5) 提交 2005-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 382–501（120 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.0 30% ISOPROPANOL 14 MG/ML PROTEIN HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
3EVS Crystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex. 提交 2008-10-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 387–501（115 aa）片段：UNP residues 387-501	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.25；294 K；0.1M sodium acetate, 50% PPG 400, 30mM magnesium sulfate, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 387–501（115 aa）片段：GDF-5, residues 387-501	突变：R57A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 387–501（115 aa）片段：GDF-5, residues 387-501	突变：R57A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 387–501（115 aa）片段：GDF-5, residues 387-501 链 C 387–501（115 aa）片段：GDF-5, residues 387-501	突变：R57A 突变：R57A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241
5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 382–501（120 aa）链 C 382–501（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 382–501（120 aa）链 C 382–501（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 382–501（120 aa）链 D 382–501（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 382–501（120 aa）链 D 382–501（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
6Z3G Repulsive Guidance Molecule A (RGMA) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 387–501（115 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 24% v/v polyethylene glycol (PEG) 400.	分辨率 2.78 Å R-free 0.288
6Z3H Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 2) 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 387–501（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 35% w/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH; average MW 797 Da)	分辨率 3.16 Å R-free 0.268
6Z3J Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 1) 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 387–501（115 aa）链 B 387–501（115 aa）	突变：Y487K, Q489D 突变：Y487K, Q489D	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% v/v PEG 3350.	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
6Z3L Repulsive Guidance Molecule C (RGMC, Hemojuvelin, HJV, HFE2) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 387–501（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1 M LiCl, 0.1 M citric acid pH 4.0, 8% gamma-butyrolactone.	分辨率 2.51 Å R-free 0.267
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 387–501（115 aa）链 B 387–501（115 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 387–501（115 aa）链 H 387–501（115 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 M 387–501（115 aa）链 N 387–501（115 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
7ZJF R399E, a mutated form of GDF5, for disease modification of osteoarthritis 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 382–501（120 aa）链 B 382–501（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.15；293 K；01 M Hepes, 32% PEG 400, 230 mM MgCl2, pH 8.15	分辨率 1.30 Å R-free 0.222
8BWM Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4042 eV) 提交 2022-12-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 382–501（120 aa）链 B 382–501（120 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
8BWN Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4010 eV) 提交 2022-12-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 382–501（120 aa）链 B 382–501（120 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 100 mM CaCl2, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.283
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 382–501（120 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 382–501（120 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234

共 14 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–121； UniProt 382–501 作者链 B； PDB构建体 2–121； UniProt 382–501

Twisted gastrulation protein homolog 1

Homo sapiens

UniProt Q9GZX9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–83 链 D； UniProt 26–83	未记录	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BWL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BWA Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with platinum 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–223（198 aa）	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.77 M LiCl, 15.5% w/v PEG 6000, 77 mM HEPES pH 7.0, 5.2% 2,2,2-trifluoroethanol. The crystal was soaked in saturated solution of di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(2) nitrate (PIP) solution before data collection.	分辨率 3.61 Å R-free 0.390
8BWA Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with platinum 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–223（198 aa）	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.77 M LiCl, 15.5% w/v PEG 6000, 77 mM HEPES pH 7.0, 5.2% 2,2,2-trifluoroethanol. The crystal was soaked in saturated solution of di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(2) nitrate (PIP) solution before data collection.	分辨率 3.61 Å R-free 0.390
8BWD Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 1 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–223（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.85 M LiCl, 17.1% w/v PEG 6000, 85 mM HEPES pH 7.0, 3.6% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.63 Å R-free 0.305
8BWD Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 1 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–223（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.85 M LiCl, 17.1% w/v PEG 6000, 85 mM HEPES pH 7.0, 3.6% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.63 Å R-free 0.305
8BWI Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 2 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–223（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.0 M K/Na tartrate, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 3.40 Å R-free 0.342
8BWM Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4042 eV) 提交 2022-12-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–83（58 aa）链 D 26–83（58 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
8BWN Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4010 eV) 提交 2022-12-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–83（58 aa）链 D 26–83（58 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 100 mM CaCl2, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.283

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TWSG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–61； UniProt 26–83 作者链 D； PDB构建体 4–61； UniProt 26–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bwl
沉积日期 deposition_date	2022-12-06
结构标题 title	Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium
关键词 keywords	;Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), Growth Differentiation factor 5 (GDF5), Transforming Growth Factor beta (TGF-beta) signalling pathway, extracellular protein., SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.55 Å
零角强度 I(0) i0	23344100.00
分子量 molecular_weight	34654.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42363 Å³
包络体积 envelope_volume	51442 Å³
水化壳体积 shell_volume	19850 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.44 Å
包络 Rg envelope_rg	22.68 Å
形状 Rg shape_rg	22.52 Å
总 Rg total_rg	23.37 Å
总原子数 total_atoms	4608
残基数 n_residues	309
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8791
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4314000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Growth/differentiation factor 5
分子量 formula_weight	13729.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4810

MAPLATRQGKRPSKNLKARCSRKALHVNFKDMGWDDWIIAPLEYEAFHCEGLCEFPLRSHLEPTNHAVIQTLMNSMDPESTPPTCCVPTRLSPISILFIDSANNVVYKQYEDMVVESCGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Twisted gastrulation protein homolog 1
分子量 formula_weight	7499.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ETGCNKALCASDVSKCLIQELCQCRPGEGNCSCCKECMLCLGALWDECCDCVGMCNPRNYSGTLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.047 Å
晶胞边长 b length_b	88.588 Å
晶胞边长 c length_c	97.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	49.250 Å
R 因子 r_factor	0.1847
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2119

fit	/app/data/saxs_computation/bw/8bwl/8bwl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/8bwl/8bwl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/8bwl/8bwl.dat

Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Twisted gastrulation protein homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)