8cii

Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Spike protein S2' ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	SARS1-34 fab Heavy Chain × 1 SARS1-34 fab Light Chain × 1 BA.2-07 fab Heavy Chain × 1 BA.2-07 fab Light Chain × 1 C1 nanobody × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–202； UniProt 327–528

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cii
沉积日期 deposition_date	2023-02-09
结构标题 title	Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
关键词 keywords	;SARS-CoV2, spike, glycoprotein, cornovavirus, antibody, fab, BA.4, BA.5, BA.2, Delta variant, cross-protective, omicron variant, vaccine, therapeutic, complex, neutralising, convalescent sera, viral protein, immune system, C1 nanobody, SARS1-34 fab, BA.2-07 fab, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cii__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cii__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.35 Å
Rg（电子密度）	42.10 Å
总 Rg	42.46 Å
原子数	9024
残基数	1168
排除体积	159550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cii__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Spike protein S2' ;
分子量 formula_weight	22935.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	9024

HHHHHHTNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SARS1-34 fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24447.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGPGLVKPSETLSLTCTVSGDSVTSYHWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGFTTYNPSLKSRVTMSLDTSKNQFSLRLSSVTAADTAVYYCVRLLSGSLYWNHWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SARS1-34 fab Light Chain
分子量 formula_weight	23334.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

AIQLTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSIDNWLAWYQQKPGKAPKLLIYDGSSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNSLFLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BA.2-07 fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24335.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVQLVQSGAEVKEPGSSVKVSCKASGGSFSTSGISWVRQAPGQGLEWMGVIIPIQGTGNYAQKFQGRVTITADESTTTVYMELSSLRSDDTALYYCARDQHIYDSSGHGGLWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	BA.2-07 fab Light Chain
分子量 formula_weight	23256.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AIRMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKVLIYGASSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISRLQPEDFATYYCQQSHSSPRSFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	C1 nanobody
分子量 formula_weight	14659.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTNDFYSIAWFRQAPGKEREGVSWLSVSDNTPTYVDSVKDRFTISRHNANNTVYLQMNMLKPEDTAIYYCAAGRFAGRDTWPSSYDYWGQGTQVTVSSKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1207910

Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Spike protein S2' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cii__assembly_1__model_1

8cii__assembly_1__model_1 | I(q)

8cii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

7. 引用文献 (1)

Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Spike protein S2' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cii__assembly_1__model_1

8cii__assembly_1__model_1 | I(q)

8cii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

7. 引用文献 (1)