8d4d

gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181 作者链 D； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181 作者链 F； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181 作者链 H； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181

Protein Nef

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q90VU7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–205； UniProt 2–206 作者链 K； PDB构建体 1–205； UniProt 2–206 作者链 L； PDB构建体 1–205； UniProt 2–206 作者链 N； PDB构建体 1–205； UniProt 2–206

HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

Homo sapiens

UniProt P04439

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） Protein Nef × 4 （Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HLAA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 2–33； UniProt 334–365 作者链 Y； PDB构建体 2–33； UniProt 334–365

AP-1 complex subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt Q10567

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	AP1B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–949； UniProt 1–949 作者链 B； PDB构建体 1–949； UniProt 1–949

AP-1 complex subunit gamma-1

Mus musculus

UniProt P22892

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	AP1G1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–595； UniProt 1–595 作者链 G； PDB构建体 1–595； UniProt 1–595

AP-1 complex subunit mu-1

Mus musculus

UniProt P35585

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1M1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423 作者链 M； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

AP-1 complex subunit sigma-3

Homo sapiens

UniProt Q96PC3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ADP-ribosylation factor 1 × 4 （P84077） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1S3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 S； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8d4d
沉积日期 deposition_date	2022-06-01
结构标题 title	gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes
关键词 keywords	nef, AP, trafficking, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8d4d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8d4d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8d4d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	75.81 Å
Rg（电子密度）	76.41 Å
总 Rg	76.22 Å
原子数	18028
残基数	4474
排除体积	248130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8d4d__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	20590.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,D,F
原子数 atom_count	18028

GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	24154.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,L,K,I

GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
分子量 formula_weight	4139.4 kDa
突变 mutation	T345S, S349G, G355S, C363A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,P

CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit beta-1
分子量 formula_weight	104736.5 kDa
突变 mutation	K359R, E476K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A

MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQGFLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHEMKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQVQLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLLDELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPPVSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPKAVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTVGSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSSNIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit gamma-1
分子量 formula_weight	68194.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFTDKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALCAVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGISDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNNDKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADCASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCIGEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQQRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit mu-1
分子量 formula_weight	48606.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,J

MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVFSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRSEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQCVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDADSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKSGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit sigma-3
分子量 formula_weight	18305.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,O

MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLTLEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	9.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	7343

gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit mu-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit sigma-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8d4d__assembly_1__model_1

8d4d__assembly_1__model_1 | I(q)

8d4d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source