8dej

D. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pre-crRNA processing endonuclease

Desulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 11 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein, TM1801 family × 7 （Q72WF7） CRISPR-associated protein, CT1133 family × 1 （Q72WF8） CRISPR-associated protein, CT1133 family × 2 （Q72WF8） RNA (47-MER) × 1 DNA (40-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72WF9_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

CRISPR-associated protein, TM1801 family

Desulfovibrio vulgaris

UniProt Q72WF7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 11 DNA 2 RNA 1	pre-crRNA processing endonuclease × 1 （Q72WF9） CRISPR-associated protein, CT1133 family × 1 （Q72WF8） CRISPR-associated protein, CT1133 family × 2 （Q72WF8） RNA (47-MER) × 1 DNA (40-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72WF7_DESVH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 C； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 D； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 E； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 F； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 G； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 H； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

CRISPR-associated protein, CT1133 family

Desulfovibrio vulgaris

UniProt Q72WF8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 11 DNA 2 RNA 1	pre-crRNA processing endonuclease × 1 （Q72WF9） CRISPR-associated protein, TM1801 family × 7 （Q72WF7） RNA (47-MER) × 1 DNA (40-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72WF8_DESVH
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–612； UniProt 1–612 作者链 J； PDB构建体 1–124； UniProt 489–612 作者链 K； PDB构建体 1–124； UniProt 489–612

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dej
沉积日期 deposition_date	2022-06-20
结构标题 title	D. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target
关键词 keywords	type I-C Cascade, dsDNA bound, CRISPR, Cascade, type I-C, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dej__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dej__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.46 Å
Rg（电子密度）	61.29 Å
总 Rg	61.19 Å
原子数	26197
残基数	3110
排除体积	455280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dej__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	pre-crRNA processing endonuclease
分子量 formula_weight	26035.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	26197

MTHGAVKTYGIRLRVWGDYACFTRPEMKVERVSYDVMPPSAARGILEAIHWKPAIRWIVDRIHVLRPIVFDNVRRNEVSSKIPKPNPATAMRDRKPLYFLVDDGSNRQQRAATLLRNVDYVIEAHFELTDKAGAEDNAGKHLDIFRRRARAGQSFQQPCLGCREFPASFELLEGDVPLSCYAGEKRDLGYMLLDIDFERDMTPLFFKAVMEDDVITPPSRTSPEVRA

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, TM1801 family
分子量 formula_weight	32358.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G,H

MTAIANRYEFVLLFDVENGNPNGDPDAGNMPRIDPETGHGLVTDVCLKRKIRNHVALTKEGAERFNIYIQEKAILNETHERAYTACDLKPEPKKLPKKVEDAKRVTDWMCTNFYDIRTFGAVMTTEVNCGQVRGPVQMAFARSVEPVVPQEVSITRMAVTTKAEAEKQQGDNRTMGRKHIVPYGLYVAHGFISAPLAEKTGFSDEDLTLFWDALVNMFEHDRSAARGLMSSRKLIVFKHQNRLGNAPAHKLFDLVKVSRAEGSSGPARSFADYAVTVGQAPEGVEVKEML

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子量 formula_weight	68123.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MILQALHGYYQRMSADPDAGMPPYGTSMENISFALVLDAKGTLRGIEDLREQEGKKLRPRKMLVPIAEKKGNGIKPNFLWENTSYILGVDAKGKQERTDKCHAAFIAHIKAYCDTADQDLAAVLQFLEHGEKDLSAFPVSEEVIGSNIVFRIEGEPGFVHERPAARQAWANCLNRREQGLCGQCLITGERQKPIAQLHPSIKGGRDGVRGAQAVASIVSFNNTAFESYGKEQSINAPVSQEAAFSYVTALNYLLNPSNRQKVTIADATVVFWAERSSPAEDIFAGMFDPPSTTAKPESSNGTPPEDSEEGSQPDTARDDPHAAARMHDLLVAIRSGKRATDIMPDMDESVRFHVLGLSPNAARLSVRFWEVDTVGHMLDKVGRHYRELEIIPQFNNEQEFPSLSTLLRQTAVLNKTENISPVLAGGLFRAMLTGGPYPQSLLPAVLGRIRAEHARPEDKSRYRLEVVTYYRAALIKAYLIRNRKLEVPVSLDPARTDRPYLLGRLFAVLEKAQEDAVPGANATIKDRYLASASANPGQVFHMLLKNASNHTAKLRKDPERKGSAIHYEIMMQEIIDNISDFPVTMSSDEQGLFMIGYYHQRKALFTKKNKEN

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子量 formula_weight	14018.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

VSLDPARTDRPYLLGRLFAVLEKAQEDAVPGANATIKDRYLASASANPGQVFHMLLKNASNHTAKLRKDPERKGSAIHYEIMMQEIIDNISDFPVTMSSDEQGLFMIGYYHQRKALFTKKNKEN

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA (47-MER)
分子量 formula_weight	15147.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GGAUUGAAACGCCAUGCUCAGGCUGGCGAGUGGGCGCCACUCUCCAA

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12376.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CTGGAGGAGTTTTCGCCATGCTCAGACTGGCGAGTTCGCG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (48-MER)
分子量 formula_weight	14806.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	N

AAGAGTGGCGCGCACTCGCCAGCCTGAGCATGGCGAAAACTCCTCCAG

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	96964

D. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pre-crRNA processing endonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein, TM1801 family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein, CT1133 family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dej__assembly_1__model_1

8dej__assembly_1__model_1 | I(q)

8dej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)