SAXSdb — 8dfa

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dfa
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	type I-C Cascade bound to ssDNA target
关键词 keywords	CRISPR, type I-C, Cascade, ssDNA target, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.18 Å
零角强度 I(0) i0	1837350000.00
分子量 molecular_weight	339750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	417410 Å³
包络体积 envelope_volume	615620 Å³
水化壳体积 shell_volume	90884 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.3 Å
壳层 Rg shell_rg	56.33 Å
包络 Rg envelope_rg	58.63 Å
形状 Rg shape_rg	59.19 Å
总 Rg total_rg	59.07 Å
总原子数 total_atoms	46813
残基数 n_residues	2919
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.4 Å
Rg (实空间) rg_real	58.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1834000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7877
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.498
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	257600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.826; Smooth: 0.028

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	pre-crRNA processing endonuclease
分子量 formula_weight	25977.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	46813

MTHGAVKTYGIRLRVWGDYACFTRPEMKVERVSYDVMPPSAARGILEAIHWKPAIRWIVDRIHVLRPIVFDNVRRNEVSSKIPKPNPATAMRDRKPLYFLVDDGSNRQQRAATLLRNVDYVIEAHFELTDKAGAEDNAGKHLDIFRRRARAGQSFQQPCLGCREFPASFELLEGDVPLSCYAGEKRDLGYMLLDIDFERDMTPLFFKAVMEDGVITPPSRTSPEVRA

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, TM1801 family
分子量 formula_weight	32358.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G,H

MTAIANRYEFVLLFDVENGNPNGDPDAGNMPRIDPETGHGLVTDVCLKRKIRNHVALTKEGAERFNIYIQEKAILNETHERAYTACDLKPEPKKLPKKVEDAKRVTDWMCTNFYDIRTFGAVMTTEVNCGQVRGPVQMAFARSVEPVVPQEVSITRMAVTTKAEAEKQQGDNRTMGRKHIVPYGLYVAHGFISAPLAEKTGFSDEDLTLFWDALVNMFEHDRSAARGLMSSRKLIVFKHQNRLGNAPAHKLFDLVKVSRAEGSSGPARSFADYAVTVGQAPEGVEVKEML

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子量 formula_weight	68123.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MILQALHGYYQRMSADPDAGMPPYGTSMENISFALVLDAKGTLRGIEDLREQEGKKLRPRKMLVPIAEKKGNGIKPNFLWENTSYILGVDAKGKQERTDKCHAAFIAHIKAYCDTADQDLAAVLQFLEHGEKDLSAFPVSEEVIGSNIVFRIEGEPGFVHERPAARQAWANCLNRREQGLCGQCLITGERQKPIAQLHPSIKGGRDGVRGAQAVASIVSFNNTAFESYGKEQSINAPVSQEAAFSYVTALNYLLNPSNRQKVTIADATVVFWAERSSPAEDIFAGMFDPPSTTAKPESSNGTPPEDSEEGSQPDTARDDPHAAARMHDLLVAIRSGKRATDIMPDMDESVRFHVLGLSPNAARLSVRFWEVDTVGHMLDKVGRHYRELEIIPQFNNEQEFPSLSTLLRQTAVLNKTENISPVLAGGLFRAMLTGGPYPQSLLPAVLGRIRAEHARPEDKSRYRLEVVTYYRAALIKAYLIRNRKLEVPVSLDPARTDRPYLLGRLFAVLEKAQEDAVPGANATIKDRYLASASANPGQVFHMLLKNASNHTAKLRKDPERKGSAIHYEIMMQEIIDNISDFPVTMSSDEQGLFMIGYYHQRKALFTKKNKEN

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子量 formula_weight	14018.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

VSLDPARTDRPYLLGRLFAVLEKAQEDAVPGANATIKDRYLASASANPGQVFHMLLKNASNHTAKLRKDPERKGSAIHYEIMMQEIIDNISDFPVTMSSDEQGLFMIGYYHQRKALFTKKNKEN

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	RNA (46-MER)
分子量 formula_weight	14817.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GGAUUGAAACGCCAUGCUCAGGCUGGCGAGUGGGCGCCACUCUCCA

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	TS
分子量 formula_weight	5517.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	N

TCGCCAGCCTGAGCATGG

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	174004

fit	/app/data/saxs_computation/df/8dfa/8dfa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/8dfa/8dfa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/8dfa/8dfa.dat

type I-C Cascade bound to ssDNA target

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)