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1AG2
PRION PROTEIN DOMAIN PRP(121-231) FROM MOUSE, NMR, 2 MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
提交 1997-03-31
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
123–225(103 aa)
片段:DOMAIN 121 - 231
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293 K
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分辨率未提供
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1XYX
mouse prion protein fragment 121-231
提交 2004-11-11
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
片段:C-terminal domain
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293 K;离子强度(mmCIF原始值)10;压力 ambient
NMR样品组成
1mM mPrP(121-231) U-15N,13C; 10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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1Y15
Mouse Prion Protein with mutation N174T
提交 2004-11-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
片段:C-terminal domain
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突变:N174T
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293 K;离子强度(mmCIF原始值)10;压力 ambient
NMR样品组成
1mM mPrP(121-231) U-15N,13C; 10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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1Y16
mouse prion protein with mutations S170N and N174T
提交 2004-11-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
片段:C-terminal domain
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突变:S170N, N174T
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293 K;离子强度(mmCIF原始值)10;压力 ambient
NMR样品组成
1mM mprp(121-213) S170N,N174T U-15N,13C;10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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2K5O
Mouse Prion Protein (121-231) with Mutation S170N
提交 2008-06-30
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;298.2 K;离子强度(mmCIF原始值)0.01;压力 ambient
NMR样品组成
0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Prion Protein, 10% D2O, 90% H2O, 10mM [U-2H] sodium acetate, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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2KFM
Mouse Prion Protein (121-231) with Mutations Y225A and Y226A
提交 2009-02-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
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突变:Y225A,Y226A
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293.1 K;离子强度(mmCIF原始值)0.01;压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-100% 2H] sodium acetate-1, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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2KFO
Mouse Prion Protein (121-231) with Mutation V166A
提交 2009-02-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
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突变:V166A
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;293.1 K;离子强度(mmCIF原始值)0.01;压力 ambient
NMR样品组成
1.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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2KU5
Mouse Prion Protein (121-231) with mutation D167S
提交 2010-02-12
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
片段:UNP residues 119-231
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突变:D167S
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 10;298 K;压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-2H] sodium acetate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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2KU6
Mouse Prion Protein (121-231) with mutations D167S and N173K
提交 2010-02-12
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
120–231(112 aa)
片段:UNP residues 119-231
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突变:D167S, N173K
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 10;298 K;压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-2H] sodium acetate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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3NVG
MIHFGN segment 137-142 from mouse prion
提交 2010-07-08
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 10
PDB 声明:decameric
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链 A
137–142(6 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;100mM HEPES 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
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分辨率 1.48 Å
R-free 0.205
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3NVH
MIHFGND segment 137-143 from mouse prion
提交 2010-07-08
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 10
PDB 声明:decameric
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链 A
137–143(7 aa)
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未记录
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TFA trifluoroacetic acid × 10
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;100mM HEPES ph 7.0, 10% PEG 1200, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.61 Å
R-free 0.197
|
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4H88
Structure of POM1 FAB fragment complexed with mouse PrPc Fragment 120-230
提交 2012-09-21
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
120–230(111 aa)
片段:C-TERM FRAGMENT
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未记录
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NA SODIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate
, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å
R-free 0.234
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4J8R
Structure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to the POM2 Fab antibody fragment
提交 2013-02-14
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 I
67–82(16 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;28% PEG 1000, 0.1M HEPES, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.30 Å
R-free 0.257
|
|
4J8R
Structure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to the POM2 Fab antibody fragment
提交 2013-02-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 J
67–82(16 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;28% PEG 1000, 0.1M HEPES, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.257
|
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4MA7
Crystal structure of mouse prion protein complexed with Promazine
提交 2013-08-15
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
116–229(114 aa)
片段:UNP residues 116-229
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未记录
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P2Z Promazine × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.97 Å
R-free 0.247
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4MA8
Crystal structure of mouse prion protein complexed with Chlorpromazine
提交 2013-08-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 C
116–229(114 aa)
片段:UNP residues 116-229
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未记录
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Z80 3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.20 Å
R-free 0.236
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6AQ7
Structure of POM6 FAB fragment complexed with mouse PrPc
提交 2017-08-18
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
127–225(99 aa)
片段:UNP residues 127-225
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未记录
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GOL GLYCEROL × 2
TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.2M Sodium malonate pH 7.0, 12% PEG8000 along with 5mM TCEP, 5mM Praseodymium acetate and ethanol
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分辨率 1.83 Å
R-free 0.230
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6HER
Mouse prion protein in complex with Nanobody 484
提交 2018-08-20
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
117–226(110 aa)
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未记录
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SO4 SULFATE ION × 3
GOL GLYCEROL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;0.1 M Tris pH 8, 1.5 M ammonium sulfate
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分辨率 1.20 Å
R-free 0.195
|
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6HHD
Mouse Prion Protein in complex with Nanobody 484
提交 2018-08-28
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 A
118–225(108 aa)
链 C
118–224(107 aa)
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未记录
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CL CHLORIDE ION × 3
SO4 SULFATE ION × 4
GOL GLYCEROL × 1
NA SODIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.0, 15% w/v PEG 40000.
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分辨率 2.10 Å
R-free 0.245
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7QIG
Infectious mouse-adapted RML scrapie prion fibril purified from terminally-infected mouse brains
提交 2021-12-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
94–225(132 aa)
链 B
94–225(132 aa)
链 C
94–225(132 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å
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7RVD
Segment from the mouse/cow prion protein 168-176 QYSNQNNFV
提交 2021-08-18
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
167–175(9 aa)
片段:UNP residues 167-175
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;0.5 M zinc acetate, 15% ethanol, 0.2 M MES, pH 6
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分辨率 1.00 Å
R-free 0.250
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7TD6
aRML prion fibril
提交 2021-12-30
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
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链 1
1–254(254 aa)
链 A
1–254(254 aa)
链 B
1–254(254 aa)
链 C
1–254(254 aa)
链 D
1–254(254 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å
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8A00
Infectious mouse-adapted ME7 scrapie prion fibril purified from terminally-infected mouse brains
提交 2022-05-26
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
94–229(136 aa)
链 B
94–229(136 aa)
链 C
94–229(136 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.60 Å
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8EFU
a22L prion fibril
提交 2022-09-09
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 A
1–231(231 aa)
链 B
1–231(231 aa)
链 C
1–231(231 aa)
链 D
1–231(231 aa)
链 E
1–231(231 aa)
|
突变:S233Stop
突变:S233Stop
突变:S233Stop
突变:S233Stop
突变:S233Stop
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Sample suspended in 20 mM Tris pH 7.4, 100 mM containing 0.02% amphipol 8-35
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å
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