8dje

CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA COMPLEXED WITH 3-[(CYCLOPROPYLMETHYL)AMINO] -N-(4-PHENYLPYRIDIN-3-YL)IMIDAZO[1,2-B]PYRIDAZINE-8-CARBOX AMIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

Homo sapiens

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–420 未记录 U6S (4S)-3-[(cyclopropylmethyl)amino]-N-(4-phenylpyridin-3-yl)imidazo[1,2-b]pyridazine-8-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;0.1 M MES pH 6.0, 20.0 %w/v PEG6K, 0.2 M NH4Cl 分辨率 2.37 Å R-free 0.227
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–420 未记录 U6S (4S)-3-[(cyclopropylmethyl)amino]-N-(4-phenylpyridin-3-yl)imidazo[1,2-b]pyridazine-8-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;0.1 M MES pH 6.0, 20.0 %w/v PEG6K, 0.2 M NH4Cl 分辨率 2.37 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSK3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–441; UniProt 1–420 作者链 B; PDB构建体 22–441; UniProt 1–420

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dje

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dje
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dje
沉积日期 deposition_date2022-06-30
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA COMPLEXED WITH 3-[(CYCLOPROPYLMETHYL)AMINO] -N-(4-PHENYLPYRIDIN-3-YL)IMIDAZO[1,2-B]PYRIDAZINE-8-CARBOX AMIDE
关键词 keywordsKINASE, GSK3B, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.61
零角强度 I(0) i085315600.00
分子量 molecular_weight75638.0 kDa
排除体积 excluded_volume95872 ų
包络体积 envelope_volume117790 ų
水化壳体积 shell_volume35252 ų
包络直径 envelope_diameter99.9
壳层 Rg shell_rg35.11
包络 Rg envelope_rg27.63
形状 Rg shape_rg27.61
总 Rg total_rg28.36
总原子数 total_atoms5386
残基数 n_residues690
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.8
Rg (实空间) rg_real28.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real8.5320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85320000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.2
偏度 Skewness skewness0.327
峰度 Kurtosis kurtosis-0.380
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34160000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)