SAXSdb — 8e2j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diablo IAP-binding mitochondrial protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 56–239 链 B； UniProt 56–239	未记录	Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8E2J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FEW CRYSTAL STRUCTURE OF SMAC/DIABLO 提交 2000-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–239（184 aa）片段：SMAC/DIABLO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；276 K；Dioxane, Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
1FEW CRYSTAL STRUCTURE OF SMAC/DIABLO 提交 2000-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–239（184 aa）片段：SMAC/DIABLO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；276 K；Dioxane, Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
1G3F NMR STRUCTURE OF A 9 RESIDUE PEPTIDE FROM SMAC/DIABLO COMPLEXED TO THE BIR3 DOMAIN OF XIAP 提交 2000-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 56–64（9 aa）片段：9 RESIDUE PEPTIDE	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；300 K；压力 1 NMR样品组成 1 mM protein/peptide complex, 120 mM NaCl, 1mM DTT, 10mM phosphate \| 90% h20, 10% d20	分辨率未提供
1G73 CRYSTAL STRUCTURE OF SMAC BOUND TO XIAP-BIR3 DOMAIN 提交 2000-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–217（162 aa）片段：RESIDUES 1-162	突变：F33D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；100 mM Citrate, pH5.5 5% PEG4000 10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1G73 CRYSTAL STRUCTURE OF SMAC BOUND TO XIAP-BIR3 DOMAIN 提交 2000-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 56–217（162 aa）片段：RESIDUES 1-162	突变：F33D	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；100 mM Citrate, pH5.5 5% PEG4000 10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1TW6 Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 9mer peptide derived from Smac 提交 2004-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；lithium sulfate, Bis-tris, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.171
1TW6 Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 9mer peptide derived from Smac 提交 2004-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9	未记录	ZN ZINC ION × 1 LI LITHIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；lithium sulfate, Bis-tris, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.171
1TW6 Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 9mer peptide derived from Smac 提交 2004-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9 链 D 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9	未记录	ZN ZINC ION × 4 LI LITHIUM ION × 2 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；lithium sulfate, Bis-tris, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.171
1TW6 Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 9mer peptide derived from Smac 提交 2004-06-30	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9 链 D 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9	未记录	ZN ZINC ION × 2 LI LITHIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；lithium sulfate, Bis-tris, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.171
1TW6 Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 9mer peptide derived from Smac 提交 2004-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–64（9 aa）片段：Smac residues 1-9	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；lithium sulfate, Bis-tris, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.171
1XB0 Structure of the BIR domain of IAP-like protein 2 提交 2004-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 56–62（7 aa）链 H 56–62（7 aa）链 I 56–62（7 aa）链 J 56–62（7 aa）链 K 56–62（7 aa）链 L 56–62（7 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；295 K；5% PEG3000, 100mM sodium acetate, 100mM Zinc acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1XB1 The Structure of the BIR domain of IAP-like protein 2 提交 2004-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 56–62（7 aa）链 H 56–62（7 aa）链 I 56–62（7 aa）链 J 56–62（7 aa）链 K 56–62（7 aa）链 L 56–62（7 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 23	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；295 K；5% PEG3000, 100mM Na acetate, 100mM Zinc acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
1XB1 The Structure of the BIR domain of IAP-like protein 2 提交 2004-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 G 56–62（7 aa）链 H 56–62（7 aa）链 I 56–62（7 aa）链 J 56–62（7 aa）链 K 56–62（7 aa）链 L 56–62（7 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 46	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；295 K；5% PEG3000, 100mM Na acetate, 100mM Zinc acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
3UIH crystal structure of human Survivin in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 56–70（15 aa）片段：unp residues 1-15 链 Q 56–70（15 aa）片段：unp residues 1-15	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M potassium thiocyanate, 10% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
3UIJ Crystal structure of human Survivin K62Y/H80W mutant in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 56–70（15 aa）片段：unp residues 1-15 链 Q 56–70（15 aa）片段：unp residues 1-15	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium bromide, 12% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.71 Å R-free 0.242
4TX5 Crystal structure of Smac-DIABLO (in space group P65) 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–239（184 aa）片段：UNP Residues 56-239 链 B 56–239（184 aa）片段：UNP Residues 56-239	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；30% MPD, 0.1 M Sodium Acetate, 0.02 M Calcium Chloride.	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
6JX6 Tetrameric form of Smac 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 56–239（184 aa）链 B 56–239（184 aa）链 C 56–239（184 aa）链 D 56–239（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；296 K；200mM Potassium Phosphate Monobasic, 20% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.264
8ATO Structure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 bound to the regulator SMAC 提交 2022-08-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 56–239（184 aa）链 D 56–239（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8AUW Cryo-EM structure of human BIRC6 in complex with SMAC. 提交 2022-08-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 56–239（184 aa）链 D 56–239（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
8E2I Cryo-EM structure of BIRC6/Smac 提交 2022-08-15	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 56–239（184 aa）链 F 56–239（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DBLOH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–185； UniProt 56–239 作者链 B； PDB构建体 2–185； UniProt 56–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e2j
沉积日期 deposition_date	2022-08-15
结构标题 title	Cryo-EM structure of BIRC6/Smac (from local refinement 1)
关键词 keywords	Ubiquitin, E3 ligase, Apoptosis, Autophagy, IAP, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.25 Å
零角强度 I(0) i0	40067200.00
分子量 molecular_weight	47144.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57783 Å³
包络体积 envelope_volume	85840 Å³
水化壳体积 shell_volume	23180 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.81 Å
包络 Rg envelope_rg	39.07 Å
形状 Rg shape_rg	36.30 Å
总 Rg total_rg	35.99 Å
总原子数 total_atoms	6466
残基数 n_residues	460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6498
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.764
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.024
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4007000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.188; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.031; Smooth: 0.848

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diablo IAP-binding mitochondrial protein
分子量 formula_weight	22161.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6466

MAVPIAQKSEPHSLSSEALMRRAVSLVTDSTSTFLSQTTYALIEAITEYTKAVYTLTSLYRQYTSLLGKMNSEEEDEVWQVIIGARAEMTSKHQEYLKLETTWMTAVGLSEMAAEAAYQTGADQASITARNHIQLVKLQVEEVHQLSRKAETKLAEAQIEELRQKTQEEGEERAESEQEAYLREDHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
分子量 formula_weight	4869.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192025

fit	/app/data/saxs_computation/e2/8e2j/8e2j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/8e2j/8e2j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/8e2j/8e2j.dat

Cryo-EM structure of BIRC6/Smac (from local refinement 1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diablo IAP-binding mitochondrial protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)