8ema

mouse full length B cell receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 233.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

Mus musculus

UniProt P01872-2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–475 链 B; UniProt 1–475 未记录 Anti-human Langerin 2G3 lambda chain × 2 (G0YP42) B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 (P11911,P21578) B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 (P15530) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHM_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 141–615; UniProt 1–475 作者链 B; PDB构建体 141–615; UniProt 1–475

Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

Mus musculus

UniProt P06328

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–117 链 B; UniProt 1–117 未记录 Anti-human Langerin 2G3 lambda chain × 2 (G0YP42) B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 (P11911,P21578) B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 (P15530) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HVM49_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 B; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117

Anti-human Langerin 2G3 lambda chain

Mus musculus

UniProt G0YP42

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–234 链 R; UniProt 1–234 未记录 Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 (P06328,P01872-2) B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 (P11911,P21578) B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 (P15530) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0YP42_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234 作者链 R; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234

B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

Aliivibrio fischeri

UniProt P11911

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–172 未记录 Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 (P06328,P01872-2) Anti-human Langerin 2G3 lambda chain × 2 (G0YP42) B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 (P15530) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD79A_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 9–180; UniProt 1–172

B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

Aliivibrio fischeri

UniProt P21578

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–194 未记录 Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 (P06328,P01872-2) Anti-human Langerin 2G3 lambda chain × 2 (G0YP42) B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 (P15530) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUXY_ALIFS
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 185–378; UniProt 1–194

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

Mus musculus

UniProt P15530

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–228 未记录 Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 (P06328,P01872-2) Anti-human Langerin 2G3 lambda chain × 2 (G0YP42) B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 (P11911,P21578) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD79B_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–228; UniProt 1–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ema

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ema
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ema
沉积日期 deposition_date2022-09-27
结构标题 titlemouse full length B cell receptor
关键词 keywordsCOMPLEX, MEMBRANE PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier68.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.26
零角强度 I(0) i0629881000.00
分子量 molecular_weight211040.0 kDa
排除体积 excluded_volume264560 ų
包络体积 envelope_volume471490 ų
水化壳体积 shell_volume64894 ų
包络直径 envelope_diameter252.8
壳层 Rg shell_rg55.49
包络 Rg envelope_rg67.16
形状 Rg shape_rg70.31
总 Rg total_rg69.67
总原子数 total_atoms14871
残基数 n_residues1911
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax233.5
Rg (实空间) rg_real69.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.92
I(0) (实空间) i0_real6.2980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal626800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7680
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary50.8
偏度 Skewness skewness0.514
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha22940000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.612; Smooth: 0.295

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)