8equ

Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, Saposin A nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 87.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF3a protein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–275 链 B； UniProt 1–275	未记录	Saposin-A × 2 （P07602） Saposin A, polyalanine model × 4 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EQU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XDC Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a 提交 2020-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）链 B 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 blot force, 5 second wait time, 3 second blot time	分辨率 2.90 Å
7KJR Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a 提交 2020-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–275（275 aa）链 B 1–275（275 aa）	未记录	PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 blot force 5 second wait time 3 second blot time	分辨率 2.08 Å
8EQJ Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like membrane environment, MSP1D1 nanodisc 提交 2022-10-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）链 B 1–275（275 aa）	未记录	PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8EQT Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in plasma membrane-like environment, MSP1D1 nanodisc 提交 2022-10-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）链 B 1–275（275 aa）	未记录	PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40 链 H 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40 链 H 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 36–40（5 aa）片段：UNP residues 36-40	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
9RU5 Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC 提交 2025-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 207–215（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP3A_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 B； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

Saposin-A

Homo sapiens

UniProt P07602

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 60–140 链 F； UniProt 60–140	未记录	ORF3a protein × 2 （P0DTC3） Saposin A, polyalanine model × 4 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8EQU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M12 NMR solution structure of human Saposin C 提交 2002-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 311–390（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）~10-20mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 U-15N \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-15N, U-13C \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-15N, U-13C \| 100% D20	分辨率未提供
1N69 Crystal structure of human saposin B 提交 2002-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 195–273（79 aa）链 B 195–273（79 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；295 K；POLYETHYLENE GLYCOL 3350, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K. THE CRYSTAL WAS TREATED WITH A MOTHER LIQUOR SOLUTION CONTAINING 0.1% HYDROGEN PEROXIDE PRIOR TO FREEZING.	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1N69 Crystal structure of human saposin B 提交 2002-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 195–273（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；295 K；POLYETHYLENE GLYCOL 3350, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K. THE CRYSTAL WAS TREATED WITH A MOTHER LIQUOR SOLUTION CONTAINING 0.1% HYDROGEN PEROXIDE PRIOR TO FREEZING.	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1SN6 NMR solution structure of human Saposin C in SDS micelles 提交 2004-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 311–390（80 aa）片段：Saposin C	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM sodium dodecyl sulfate U-2H; 0.01% sodium azide；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM sodium dodecyl sulfate U-2H; 0.01% sodium azide；压力 ambient NMR样品组成 1mM saposin C U-15N, U-13C; 25mM sodium dodecyl sulfate U-2H; 0.01% sodium azide; 90% H20, 10% D20 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 1mM saposin C U-15N; 25mM sodium dodecyl sulfate U-2H; 0.01% sodium azide; 90% H20, 10% D20 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 1mM saposin C U-15N, U-13C; 25mM sodium dodecyl sulfate U-2H; 0.01% sodium azide; 100% D20 \| 100% D20	分辨率未提供
2DOB Crystal Structure of Human Saposin A 提交 2006-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–140（81 aa）片段：Saposin A, residues 60-140	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 8K, Calcium Acetate, MES buffer, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
2DOB Crystal Structure of Human Saposin A 提交 2006-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–140（81 aa）片段：Saposin A, residues 60-140	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 8K, Calcium Acetate, MES buffer, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
2GTG Crystal Structure of Human Saposin C 提交 2006-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 311–391（81 aa）片段：saposin C, residues 311-391	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG400, Calcium Chloride, Sodium Hepes, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.283
2QYP Orthorhombic Crystal Structure of Human Saposin C Dimer in Open Conformation 提交 2007-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–392（82 aa）片段：Saposin-C Domain 链 B 311–392（82 aa）片段：Saposin-C Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；20 mM NaAcetate, 200 mM ammonium sulfate, 30% (v/v) pentaerythriol ethoxylate 15/4, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.290
2R0R Crystal Structure of Human Saposin D variant SapD K9E 提交 2007-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 407–484（78 aa）链 B 407–484（78 aa）	突变：K9E 突变：K9E	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；291 K；100 mM BisTris, 2.3 M ammonium sulfate, 100 mM urea, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
2R1Q Crystal Structure of Iodinated Human Saposin D in Space Group C2221 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 407–484（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；291 K；100 mM BisTris, 2.3 M ammonium sulfate, 100 mM urea, pH 5.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
2RB3 Crystal Structure of Human Saposin D 提交 2007-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 407–484（78 aa）链 D 407–484（78 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；291 K；100 mM BisTris, 2.3 M ammonium sulfate, 100 mM urea, pH 5.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
2RB3 Crystal Structure of Human Saposin D 提交 2007-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 407–484（78 aa）链 C 407–484（78 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；291 K；100 mM BisTris, 2.3 M ammonium sulfate, 100 mM urea, pH 5.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
2Z9A Crystal Structure of Human Saposin C Dimer in Open Conformation 提交 2007-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–389（79 aa）链 B 311–389（79 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；20 mM NaAcetate, 240 mM magnesium sulfate, 41% (v/v) pentaerythriol ethoxylate 15/4, pH 4.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
3BQP Crystal Structure of Human Saposin D (orthorhombic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 8K, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS.HCL BUFFER, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.30 Å R-free 0.234
3BQP Crystal Structure of Human Saposin D (orthorhombic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 8K, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS.HCL BUFFER, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.30 Å R-free 0.234
3BQQ Crystal Structure of Human Saposin D (triclinic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4K, ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
3BQQ Crystal Structure of Human Saposin D (triclinic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4K, ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
3BQQ Crystal Structure of Human Saposin D (triclinic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4K, ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
3BQQ Crystal Structure of Human Saposin D (triclinic) 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 405–484（80 aa）片段：SAPOSIN D, RESIDUES 405-484	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4K, ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
4DDJ Crystal structure of saposin A in complex with lauryldimethylamine-N-oxide (LDAO) 提交 2012-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–140（81 aa）片段：UNP residues 60-140	未记录	LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 40	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；300 K；1.6 M trisodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.280
4UEX Structure of human Saposin A at lysosomal pH 提交 2014-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–142（83 aa）片段：RESIDUES 60-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION: 400 NL DROP (200 NL PROTEIN AT 19.6 MG/ML IN 150 MM NACL, 50 MM TRIS PH 7.4 MIXED WITH 200 NL RESERVOIR SOLUTION) WAS EQUILIBRATED AGAINST A 80 UL RESERVOIR OF 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8 AND 25% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
4UEX Structure of human Saposin A at lysosomal pH 提交 2014-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–142（83 aa）片段：RESIDUES 60-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION: 400 NL DROP (200 NL PROTEIN AT 19.6 MG/ML IN 150 MM NACL, 50 MM TRIS PH 7.4 MIXED WITH 200 NL RESERVOIR SOLUTION) WAS EQUILIBRATED AGAINST A 80 UL RESERVOIR OF 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8 AND 25% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
4V2O Structure of saposin B in complex with chloroquine 提交 2014-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 195–273（79 aa）链 C 195–273（79 aa）	未记录	CLQ N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES, PH 6.0, 30% PEG6000	分辨率 2.13 Å R-free 0.254
4V2O Structure of saposin B in complex with chloroquine 提交 2014-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 195–273（79 aa）	未记录	CLQ N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES, PH 6.0, 30% PEG6000	分辨率 2.13 Å R-free 0.254
6SLR Structure of saposin B in complex with atovaquone 提交 2019-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 195–272（78 aa）链 C 195–272（78 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 AOQ 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES, 30% PEG6000	分辨率 2.38 Å R-free 0.278
6SLR Structure of saposin B in complex with atovaquone 提交 2019-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 195–272（78 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 AOQ 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES, 30% PEG6000	分辨率 2.38 Å R-free 0.278
9AVS Human alpha-galactosidase A in complex with saposin B 提交 2024-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 195–273（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；500 nL of protein (0.1 mM GLA plus 0.22 mM SapB) was mixed with 500 nL of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.0, 1 M Ammonium sulfate) and equilibrated against 70 uL reservoirs at 20 C.	分辨率 3.53 Å R-free 0.265
9AXG Human saposin B in the presence of globotriaosylceramide-NBD 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 195–273（79 aa）链 B 195–273（79 aa）	未记录	MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；500 nL of protein-lipid complex (0.82 mM SapB plus 0.87 mM Gb3-NBD) was mixed with 250 nL of reservoir solution (3.1-3.3 M malonate pH 5) and equilibrated against 70 uL reservoirs at 20 C.	分辨率 2.68 Å R-free 0.287
9EKO A chimeric hybrid protein fused with the FGFR3 Transmembrane Domain 提交 2024-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–139（61 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
9I63 Synthetic Human Saposin D glycoprotein 提交 2025-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 405–486（82 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4 M (NH4)2SO4, 0.2 M NH4OAc, 20 mM Tris pH 7.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.201
9I63 Synthetic Human Saposin D glycoprotein 提交 2025-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 405–486（82 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4 M (NH4)2SO4, 0.2 M NH4OAc, 20 mM Tris pH 7.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.201

共 20 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 26–106； UniProt 60–140 作者链 F； PDB构建体 26–106； UniProt 60–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8equ
沉积日期 deposition_date	2022-10-09
最后修订 last_revision	2023-02-08
结构标题 title	Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, Saposin A nanodisc
关键词 keywords	Membrane protein, SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.52 Å
零角强度 I(0) i0	115144000.00
分子量 molecular_weight	81563.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101160 Å³
包络体积 envelope_volume	164780 Å³
水化壳体积 shell_volume	45369 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.98 Å
包络 Rg envelope_rg	28.82 Å
形状 Rg shape_rg	29.60 Å
总 Rg total_rg	30.26 Å
总原子数 total_atoms	5764
残基数 n_residues	858
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6909
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.007
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.603
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.500

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ORF3a protein
分子量 formula_weight	36489.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5764

MDLFMRIFTIGTVTLKQGEIKDATPSDFVRATATIPIQASLPFGWLIVGVALLAVFQSASKIITLKKRWQLALSKGVHFVCNLLLLFVTVYSHLLLVAAGLEAPFLYLYALVYFLQSINFVRIIMRLWLCWKCRSKNPLLYDANYFLCWHTNCYDYCIPYNSVTSSIVITSGDGTTSPISEHDYQIGGYTEKWESGVKDCVVLHSYFTSDYYQLYSTQLSTDTGVEHVTFFIYNKIVDEPEEHVQIHTIDGSSGVVNPVMEPIYDEPTTTTSVPLGGRGLEVLFQGPGSGQLVGSGGLEGGGGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Saposin-A
分子量 formula_weight	11677.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MGGHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMSLPCDICKDVVTAAGDMLKDNATEEEILVYLEKTCDWLPKPNMSASCKEIVDSYLPVILDIIKGEMSRPGEVCSALNLCES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Saposin A, polyalanine model
分子量 formula_weight	6741.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,G,H

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	135280

fit	/app/data/saxs_computation/eq/8equ/8equ.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/8equ/8equ.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/8equ/8equ.dat

Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, Saposin A nanodisc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF3a protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Saposin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)