8ev3

Ytm1 associated 60S nascent ribosome (-Fkbp39) State 1B

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ev3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ev3
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8ev3
沉积日期 deposition_date2022-10-19
结构标题 titleYtm1 associated 60S nascent ribosome (-Fkbp39) State 1B
关键词 keywords60S Ribosome, nucleophosmin, ribosome biogenesis, fkbp, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier80.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron83.09
零角强度 I(0) i038003800000.00
分子量 molecular_weight1235900.0 kDa
排除体积 excluded_volume1371300 ų
包络体积 envelope_volume2307700 ų
水化壳体积 shell_volume229500 ų
包络直径 envelope_diameter300.0
壳层 Rg shell_rg81.32
包络 Rg envelope_rg83.06
形状 Rg shape_rg83.31
总 Rg total_rg82.57
总原子数 total_atoms84738
残基数 n_residues8281
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.1
Rg (实空间) rg_real76.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real3.6470e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal79.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37840000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9142
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary82.5
偏度 Skewness skewness0.379
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5179
最高正则化参数 α highest_alpha2444000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.024

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (42)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8ev3301
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id8ev3K01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790 — Ribosomal protein L1/L10, domain II
结构域编号 domain_id8ev3N01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Ribosomal protein L15e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein L15
结构域编号 domain_id8ev3x01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10480 — Brix domain

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)