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8f0x

Cryo-EM structure of Kap114 bound to H2A-H2B

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 106.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit beta-5

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1004 未记录 Histone H2A.2 × 1 （P04912） Histone H2B.2 × 1 （P02294） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F0X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6AHO Crystal structure of Kap114p 提交 2018-08-20 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1004（1004 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.43 M citric acid, 0.057 M BIS TRIS propane (pH 5.8), 17% PEG3350, 0.01 M Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate, and 3% v/v ethanol
分辨率 2.50 Å R-free 0.263
8F19 Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP) 提交 2022-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1004（1004 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.49 Å
8F1E Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP) and H2A-H2B 提交 2022-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1004（1004 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8H5B The cryo-EM structure of nuclear transport receptor Kap114p complex with yeast TATA-box binding protein 提交 2022-10-12 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1004（1004 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.03 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMB5_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1004； UniProt 1–1004

Histone H2A.2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P04912

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–132 未记录 Importin subunit beta-5 × 1 （P53067） Histone H2B.2 × 1 （P02294） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F0X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–132（131 aa）
链 G 2–132（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.09 Å R-free 0.255
4KUD Crystal structure of N-terminal acetylated Sir3 BAH domain D205N mutant in complex with yeast nucleosome core particle 提交 2013-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–132（132 aa）
链 G 1–132（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；289 K；16% PEG 400, 0.1M KCl, 0.01M CaCl2, 0.05M sodium citrate(pH4.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.20 Å R-free 0.237
7E9C Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–132（132 aa）
链 G 1–132（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7E9F Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–132（132 aa）
链 G 1–132（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8F1E Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP) and H2A-H2B 提交 2022-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–132（131 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 E 1–127（127 aa）
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 E 1–127（127 aa）
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A2_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–131； UniProt 2–132

Histone H2B.2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P02294

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–131 未记录 Importin subunit beta-5 × 1 （P53067） Histone H2A.2 × 1 （P04912） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F0X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ID3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS 提交 2001-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–130（130 aa）
链 H 1–130（130 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 2–131（130 aa）
链 H 2–131（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.09 Å R-free 0.255
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 d 37–129（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
7E9C Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–131（131 aa）
链 H 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7E9F Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–131（131 aa）
链 H 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8F1E Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP) and H2A-H2B 提交 2022-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–131（130 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 Q 1–131（131 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B2_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8f0x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8f0x
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8f0x
沉积日期 deposition_date2022-11-04
结构标题 titleCryo-EM structure of Kap114 bound to H2A-H2B
关键词 keywordsKaryopherin Beta Nuclear Transport Histone Histone Chaperone, PROTEIN TRANSPORT-STRUCTURAL PROTEIN complex; PROTEIN TRANSPORT/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.83 Å
零角强度 I(0) i0222504000.00
分子量 molecular_weight124270.0 kDa
排除体积 excluded_volume157510 ų
包络体积 envelope_volume210090 ų
水化壳体积 shell_volume49535 ų
包络直径 envelope_diameter109.3 Å
壳层 Rg shell_rg42.57 Å
包络 Rg envelope_rg33.66 Å
形状 Rg shape_rg34.82 Å
总 Rg total_rg35.44 Å
总原子数 total_atoms8743
残基数 n_residues1101
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.1 Å
Rg (实空间) rg_real35.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal222500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8405
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.2 Å
偏度 Skewness skewness0.029
峰度 Kurtosis kurtosis-0.677
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38880000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)