8f19

Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 112.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit beta-5

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1004 未记录 GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMB5_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1004; UniProt 1–1004

GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P32835

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–179 突变:Q71L Importin subunit beta-5 × 1 (P53067) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSP1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–179; UniProt 1–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8f19

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8f19
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8f19
沉积日期 deposition_date2022-11-04
结构标题 titleCryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP)
关键词 keywordsKaryopherin Beta, Nuclear Transport, GTPase, PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN complex; PROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.01
零角强度 I(0) i0218927000.00
分子量 molecular_weight123890.0 kDa
排除体积 excluded_volume157040 ų
包络体积 envelope_volume210860 ų
水化壳体积 shell_volume48599 ų
包络直径 envelope_diameter112.1
壳层 Rg shell_rg42.91
包络 Rg envelope_rg35.15
形状 Rg shape_rg36.00
总 Rg total_rg36.56
总原子数 total_atoms8717
残基数 n_residues1087
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.1
Rg (实空间) rg_real36.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real2.1890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal218900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6461
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.9
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.740
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44470000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)