8f2j

Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 176.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f2j
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain
关键词 keywords	;Neutralizing antibody, SARS-CoV-2, WRAIR-2134, receptor binding domain, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.42 Å
零角强度 I(0) i0	1148630000.00
分子量 molecular_weight	278830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347060 Å³
包络体积 envelope_volume	522150 Å³
水化壳体积 shell_volume	86177 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.9 Å
壳层 Rg shell_rg	54.00 Å
包络 Rg envelope_rg	49.90 Å
形状 Rg shape_rg	51.43 Å
总 Rg total_rg	51.48 Å
总原子数 total_atoms	19657
残基数 n_residues	2556
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1149000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6871
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.452
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.131
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2230
最高正则化参数 α highest_alpha	70740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 0.883; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.655

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	WRAIR-2134 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25186.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,H,I
原子数 atom_count	19674

EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFIFSSYGMYWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLSSSSGWDDYYYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	WRAIR-2134 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	22809.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,L

SYELTQPPSVSVSPGQTASITCSGDKLGDKYACWYQQKPGQSPVLVIYQDSKRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAMDEADYYCQAWDSSTSYVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	23073.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E,G,K

NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	143.190 Å
晶胞边长 b length_b	154.430 Å
晶胞边长 c length_c	165.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.160 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2088
R_free r_free	0.2453

fit	/app/data/saxs_computation/f2/8f2j/8f2j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/8f2j/8f2j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/8f2j/8f2j.dat

Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)