8fi9

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fi9
沉积日期 deposition_date	2022-12-15
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001
关键词 keywords	viral protein, SARS-CoV-2, coronavirus, immune system, antibody, nonhuman primate, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.54 Å
零角强度 I(0) i0	950980000.00
分子量 molecular_weight	254490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	316640 Å³
包络体积 envelope_volume	480690 Å³
水化壳体积 shell_volume	72249 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.9 Å
壳层 Rg shell_rg	57.31 Å
包络 Rg envelope_rg	55.08 Å
形状 Rg shape_rg	56.50 Å
总 Rg total_rg	56.71 Å
总原子数 total_atoms	17941
残基数 n_residues	2272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.2 Å
Rg (实空间) rg_real	56.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	950500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6417
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.764

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	23073.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,K,O
原子数 atom_count	17945

NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	SARS-CoV-2, 2019-nCoV, COVID-19 virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	WRAIR-5001 Fab Light chain
分子量 formula_weight	22972.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,I,L,N

SYELTQPRSVSVSPGQTARITCGGDNIASKNVHWYQQKLAQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGVEAGDEADYYCQVWDSYSGHHVLFGGGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVEVAWKADGSAVNAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTSDQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPAECS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	WRAIR-5001 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	24118.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,J,Q

QVQLVQSGAEVKKPGASVKLSCKASGYTFTSYSINWVRQAPGQGLEWMGWVNPSNGVTVYAQKFQGRVTMTRDTSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCARERDQLVVYFDHWGQGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVEIKTC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	141.508 Å
晶胞边长 b length_b	115.565 Å
晶胞边长 c length_c	142.167 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.2543
R_work r_work	0.2521
R_free r_free	0.2958

fit	/app/data/saxs_computation/fi/8fi9/8fi9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/8fi9/8fi9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/8fi9/8fi9.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)