← 返回搜索
8fxy

Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 157.5 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPXV040 protein

Cowpox virus (Brighton Red)

UniProt Q8QN22

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–218 链 B； UniProt 18–218 链 D； UniProt 18–218 链 F； UniProt 18–218 链 I； UniProt 18–218 链 K； UniProt 18–218 未记录 T-lymphocyte activation antigen CD86 × 6 （P42081） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8FXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8FXW Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (hexameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–220（203 aa）
链 B 18–220（203 aa）
链 D 18–220（203 aa）
链 F 18–220（203 aa）
链 I 18–220（203 aa）
链 K 18–220（203 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8FXX Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (heptameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 18–218（201 aa）
链 B 18–218（201 aa）
链 D 18–218（201 aa）
链 F 18–218（201 aa）
链 I 18–218（201 aa）
链 K 18–218（201 aa）
链 M 18–218（201 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8FXZ Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (heptameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 18–220（203 aa）
链 B 18–220（203 aa）
链 D 18–220（203 aa）
链 F 18–220（203 aa）
链 I 18–220（203 aa）
链 K 18–220（203 aa）
链 M 18–220（203 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8QN22_CWPXB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218 作者链 B； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218 作者链 D； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218 作者链 F； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218 作者链 I； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218 作者链 K； PDB构建体 4–204； UniProt 18–218

T-lymphocyte activation antigen CD86

Homo sapiens

UniProt P42081

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 26–243 链 E； UniProt 26–243 链 G； UniProt 26–243 链 H； UniProt 26–243 链 J； UniProt 26–243 链 L； UniProt 26–243 未记录 CPXV040 protein × 6 （Q8QN22） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8FXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1I85 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CTLA-4/B7-2 COMPLEX 提交 2001-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–134（109 aa） 片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN
链 B 26–134（109 aa） 片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG20K, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.300
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–134（109 aa） 片段：Ig V-type domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.278
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–134（109 aa） 片段：Ig V-type domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.278
5YXK High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group 提交 2017-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–134（109 aa） 片段：Ig-like V-type
链 B 26–134（109 aa） 片段：Ig-like V-type
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
5YXK High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group 提交 2017-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 26–134（109 aa） 片段：Ig-like V-type
链 D 26–134（109 aa） 片段：Ig-like V-type
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
8FXX Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (heptameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 C 26–134（109 aa）
链 E 26–134（109 aa）
链 G 26–134（109 aa）
链 H 26–134（109 aa）
链 J 26–134（109 aa）
链 L 26–134（109 aa）
链 N 26–134（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8HXB Cryo-EM structure of MPXV M2 hexamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 26–238（213 aa）
链 H 26–238（213 aa）
链 I 26–238（213 aa）
链 J 26–238（213 aa）
链 K 26–238（213 aa）
链 L 26–238（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8HXC Cryo-EM structure of MPXV M2 heptamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 26–238（213 aa）
链 I 26–238（213 aa）
链 J 26–238（213 aa）
链 K 26–238（213 aa）
链 L 26–238（213 aa）
链 M 26–238（213 aa）
链 N 26–238（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD86_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243 作者链 E； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243 作者链 G； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243 作者链 H； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243 作者链 J； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243 作者链 L； PDB构建体 2–219； UniProt 26–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fxy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fxy
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fxy
沉积日期 deposition_date2023-01-25
结构标题 titleCryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring)
关键词 keywords;poxvirus M2 protein, OPG038, T-cell costimulation, poxviral immune evasion domain PIE, B7.2, Structural Genomics, CSGID, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.40 Å
零角强度 I(0) i0685992000.00
分子量 molecular_weight214880.0 kDa
排除体积 excluded_volume266600 ų
包络体积 envelope_volume425890 ų
水化壳体积 shell_volume62735 ų
包络直径 envelope_diameter166.7 Å
壳层 Rg shell_rg62.10 Å
包络 Rg envelope_rg52.71 Å
形状 Rg shape_rg55.45 Å
总 Rg total_rg55.43 Å
总原子数 total_atoms15276
残基数 n_residues1836
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax157.5 Å
Rg (实空间) rg_real55.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal686200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8407
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary73.1 Å
偏度 Skewness skewness0.009
峰度 Kurtosis kurtosis-0.789
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13260000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.002
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)