8gky

Human mitochondrial serine hydroxymethyltransferase (SHMT2) Y105F in complex with PLP, glycine and AGF359 inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gky
沉积日期 deposition_date	2023-03-20
最后修订 last_revision	2024-03-20
结构标题 title	Human mitochondrial serine hydroxymethyltransferase (SHMT2) Y105F in complex with PLP, glycine and AGF359 inhibitor
关键词 keywords	SHMT2 mutant, tetramer, glycine synthesis, inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.79 Å
零角强度 I(0) i0	171654000.00
分子量 molecular_weight	102820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128140 Å³
包络体积 envelope_volume	148550 Å³
水化壳体积 shell_volume	42586 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.80 Å
包络 Rg envelope_rg	28.20 Å
形状 Rg shape_rg	27.78 Å
总 Rg total_rg	28.61 Å
总原子数 total_atoms	7237
残基数 n_residues	920
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	171700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8957
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
分子量 formula_weight	54589.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
突变 mutation	Y105F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7258

MGSSHHHHHHSSGLVPRSNAAQTQTGEANRGWTGQESLSDSDPEMWELLQREKDRQCRGLELIASENFCSRAALEALGSCLNNKYSEGYPGKRFYGGAEVVDEIELLCQRRALEAFDLDPAQWGVNVQPYSGSPANLAVYTALLQPHDRIMGLDLPDGGHLTHGYMSDVKRISATSIFFESMPYKLNPKTGLIDYNQLALTARLFRPRLIIAGTSAYARLIDYARMREVCDEVKAHLLADMAHISGLVAAKVIPSPFKHADIVTTTTHKTLRGARSGLIFYRKGVKAVDPKTGREIPYTFEDRINFAVFPSLQGGPHNHAIAAVAVALKQACTPMFREYSLQVLKNARAMADALLERGYSLVSGGTDNHLVLVDLRPKGLDGARAERVLELVSITANKNTCPGDRSAITPGGLRLGAPALTSRQFREDDFRRVVDFIDEGVNIGLEVKSKTAKLQDFKSFLLKDSETSQRLANLRQRVEQFARAFPMPGFDEH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-{4-[3-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydro-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl)propyl]-2-fluorobenzoyl}-L-glutamic acid
分子量 formula_weight	459.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.971 Å
晶胞边长 b length_b	157.971 Å
晶胞边长 c length_c	206.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.770 Å
最低分辨率 resolution_low	48.515 Å
R 因子 r_factor	0.2008
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2428

fit	/app/data/saxs_computation/gk/8gky/8gky.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/8gky/8gky.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/8gky/8gky.dat

Human mitochondrial serine hydroxymethyltransferase (SHMT2) Y105F in complex with PLP, glycine and AGF359 inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction