8gt1

Crystal structure of human cardiac alpha actin A108G mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha cardiac muscle 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–377	突变：A108G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Actin-binding protein fragmin P × 1 （Q94707） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.35 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GT1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8GSU Crystal structure of human cardiac alpha actin (WT_ADP-Pi) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.191
8GSW Crystal structure of human cardiac alpha actin A108G mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	突变：A108G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.40 Å R-free 0.196
8GT2 Crystal structure of human cardiac alpha actin P109A mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	突变：P109A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
8GT3 Crystal structure of human cardiac alpha actin P109A mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	突变：P109A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.196
8GT4 Crystal structure of human cardiac alpha actin Q137A mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	突变：Q137A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8GT5 Crystal structure of human cardiac alpha actin Q137A mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–377（375 aa）	突变：Q137A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
8ZB7 Human left ventricle ATM complex 提交 2024-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 7–377（371 aa）链 B 7–377（371 aa）链 C 7–377（371 aa）链 D 7–377（371 aa）链 E 7–377（371 aa）链 F 7–377（371 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å
8ZI9 Human left ventricle actin and myosin complex 提交 2024-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 7–377（371 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8ZJ1 Human left ventricle F-actin 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 7–377（371 aa）链 C 7–377（371 aa）链 D 7–377（371 aa）链 E 7–377（371 aa）链 F 7–377（371 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9B3Q The structure of the human cardiac F-actin mutant A331P 提交 2024-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）链 E 1–377（377 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；2 mmolL-1 Tris (pH 8), 0.2 mmolL-1 CaCl2, 0.2 mmolL-1 ATP, 0.5 mmolL-1 b-mercaptoethanol, 0.002% NaN3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9B3R The structure of human cardiac F-actin 提交 2024-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）链 E 1–377（377 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；2 mmolL-1 Tris (pH 8), 0.2 mmolL-1 CaCl2, 0.2 mmolL-1 ATP, 0.5 mmolL-1 b-mercaptoethanol, 0.002% NaN3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9BPH CRYO-EM STRUCTURE OF CARDIAC MUSCLE ALPHA-ACTIN M305L HCM MUTANT 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–377（375 aa）链 B 3–377（375 aa）链 C 3–377（375 aa）链 D 3–377（375 aa）	突变：M305L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M305L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M305L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M305L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
9BPM CRYO-EM STRUCTURE OF CARDIAC MUSCLE ALPHA-ACTIN A331P HCM MUTANT 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–377（375 aa）链 B 3–377（375 aa）链 C 3–377（375 aa）链 D 3–377（375 aa）	突变：A331P 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：A331P 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：A331P 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：A331P 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
9ZBL Helical Reconstruction of the Human Cardiac F-Actin-Tropomyosin Complex 提交 2025-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–377（377 aa）链 B 1–377（377 aa）链 C 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）链 E 1–377（377 aa）链 F 1–377（377 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting was performed with a blot force of 3 and a blot time of 3 s.	分辨率 2.79 Å
9ZBP Helical Reconstruction of the Complex of Pseudo-Acetylated Human Cardiac Actin (K326/328Q) and Tropomyosin 提交 2025-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–377（377 aa）链 B 1–377（377 aa）链 C 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）链 E 1–377（377 aa）链 F 1–377（377 aa）	突变：K326Q, K328Q 突变：K326Q, K328Q 突变：K326Q, K328Q 突变：K326Q, K328Q 突变：K326Q, K328Q 突变：K326Q, K328Q	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting was performed with a blot force of 3 and a blot time of 3 s.	分辨率 3.12 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–391； UniProt 3–377

Actin-binding protein fragmin P

Physarum polycephalum

UniProt Q94707

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–160	未记录	Actin, alpha cardiac muscle 1 × 1 （P68032） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.35 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8GT1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KWZ Crystal structure of fragmin F3 domain with calcium ion 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–371（96 aa）链 B 276–371（96 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM MES-NaOH (pH 6.0), 20% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.216
6LJC Crystal structure of fragmin F2-F3 domains (calcium and magnesium condition) 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 162–371（210 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350, ammonium sulphate, calcium chloride, magnesium chloride	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
6LJD Crystal structure of fragmin F2-F3 domains (calcium condition) 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 162–371（210 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350, ammonium sulphate, calcium chloride	分辨率 2.15 Å R-free 0.219
7W4Z Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (AMPPNP-form) 提交 2021-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Na2HPO4, 19% PEG3350	分辨率 1.15 Å R-free 0.158
7W50 Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (ADP-Pi-form) 提交 2021-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Na2HPO4, 18% PEG3350	分辨率 1.15 Å R-free 0.162
7W51 Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (ADP-form) 提交 2021-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M HEPES-NaOH, pH 8.0, 16% PEG3350	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–160（146 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–160（146 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 15–160（146 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 15–160（146 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
8GSU Crystal structure of human cardiac alpha actin (WT_ADP-Pi) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.191
8GSW Crystal structure of human cardiac alpha actin A108G mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.40 Å R-free 0.196
8GT2 Crystal structure of human cardiac alpha actin P109A mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
8GT3 Crystal structure of human cardiac alpha actin P109A mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.196
8GT4 Crystal structure of human cardiac alpha actin Q137A mutant (AMPPNP state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8GT5 Crystal structure of human cardiac alpha actin Q137A mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain 提交 2022-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Disodium Hydrogenphosphate, HEPES	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
9L2N Crystal structure of Cytochalasin D bound to a filamentous conformation actin 提交 2024-12-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–160（160 aa）	突变：N13A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CY9 (3S,3aR,4S,6S,6aR,7E,10S,12R,13E,15R,15aR)-3-benzyl-6,12-dihydroxy-4,10,12-trimethyl-5-methylidene-1,11-dioxo-2,3,3a,4,5,6,6a,9,10,11,12,15-dodecahydro-1H-cycloundeca[d]isoindol-15-yl acetate × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 and 20 mM Na2HPO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.204

共 15 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q94707_PHYPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–162； UniProt 1–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gt1
沉积日期 deposition_date	2022-09-07
结构标题 title	Crystal structure of human cardiac alpha actin A108G mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain
关键词 keywords	actin dynamics, ATP hydrolysis, mutagenesis, MD simulation, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.07 Å
零角强度 I(0) i0	56770800.00
分子量 molecular_weight	58229.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72559 Å³
包络体积 envelope_volume	85144 Å³
水化壳体积 shell_volume	29133 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.94 Å
包络 Rg envelope_rg	24.60 Å
形状 Rg shape_rg	24.08 Å
总 Rg total_rg	24.88 Å
总原子数 total_atoms	4092
残基数 n_residues	513
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.1 Å
Rg (实空间) rg_real	25.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.243
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha cardiac muscle 1
分子量 formula_weight	43630.5 kDa
突变 mutation	A108G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5141

MGWSHPQFEKGGIEGRDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEGPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-binding protein fragmin P
分子量 formula_weight	18253.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMQKQKEYNIADSNIANLGTELEKKVKLEASQHEDAWKGAGKQVGVEIWRIQQFKVVPVPKKHHGSFYTGDSYIVLSTYHPKTNPDKLAYDVHFWLGAFTTQDEAGTAAYKTVELDDYLGGLPVQYREVQGYESERFLSLFPKGGLRILDGGVETGFHHVE

来源 Source

来源生物 organism	Physarum polycephalum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5791
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	870

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.135 Å
晶胞边长 b length_b	90.925 Å
晶胞边长 c length_c	114.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.230 Å
R 因子 r_factor	0.1848
R_work r_work	0.1839
R_free r_free	0.2024

fit	/app/data/saxs_computation/gt/8gt1/8gt1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/8gt1/8gt1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/8gt1/8gt1.dat

Crystal structure of human cardiac alpha actin A108G mutant (ADP-Pi state) in complex with fragmin F1 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha cardiac muscle 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-binding protein fragmin P

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)