8h9k

Human ATP synthase state 2 subregion 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 196.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h9k
沉积日期 deposition_date	2022-10-25
结构标题 title	Human ATP synthase state 2 subregion 2
关键词 keywords	ATP synthase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.06 Å
零角强度 I(0) i0	33067100.00
分子量 molecular_weight	47862.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60509 Å³
包络体积 envelope_volume	121880 Å³
水化壳体积 shell_volume	22164 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.04 Å
包络 Rg envelope_rg	58.49 Å
形状 Rg shape_rg	57.10 Å
总 Rg total_rg	56.03 Å
总原子数 total_atoms	3381
残基数 n_residues	421
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5752
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.657
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1588000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.087; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.066; Smooth: 0.149

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
分子量 formula_weight	24658.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	3381

PVPPLPEYGGKVRYGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYALSKEIYVISAETFTALSVLGVMVYGIKKYGPFVADFADKLNEQKLAQLEEAKQASIQHIQNAIDTEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLYRVYKEVKNRLDYHISVQNMMRRKEQEHMINWVEKHVVQSISTQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVM

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	12606.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MILQRLFRFSSVIRSAVSVHLRRNIGVTAVAFNKELDPIQKLFVDKIREYKSKRQTSGGPVDASSEYQQELERELFKLKQMFGNADMNTFPTFKFEDPKFEVIEKPQA

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子量 formula_weight	18384.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AGRKLALKTIDWVAFAEIIPQNQKAIASSLKSWNETLTSRLAALPENPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPVPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEWVSLSKARIVEYEKEMEKMKNLIPFDQMTIEDLNEAFPETKLDKKKYPYWPHQPIENL

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	37480

fit	/app/data/saxs_computation/h9/8h9k/8h9k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/8h9k/8h9k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/8h9k/8h9k.dat

Human ATP synthase state 2 subregion 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)