8h9s

Human ATP synthase state 1 (combined)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 206.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h9s
沉积日期 deposition_date	2022-10-25
结构标题 title	Human ATP synthase state 1 (combined)
关键词 keywords	ATP synthase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.43 Å
零角强度 I(0) i0	4022540000.00
分子量 molecular_weight	553590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	701120 Å³
包络体积 envelope_volume	1019100 Å³
水化壳体积 shell_volume	130560 Å³
包络直径 envelope_diameter	237.8 Å
壳层 Rg shell_rg	64.54 Å
包络 Rg envelope_rg	65.82 Å
形状 Rg shape_rg	66.42 Å
总 Rg total_rg	66.42 Å
总原子数 total_atoms	38914
残基数 n_residues	5064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	206.0 Å
Rg (实空间) rg_real	65.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4013000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8006
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.537
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha	408800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.036

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
分子量 formula_weight	24658.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	38930

PVPPLPEYGGKVRYGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYALSKEIYVISAETFTALSVLGVMVYGIKKYGPFVADFADKLNEQKLAQLEEAKQASIQHIQNAIDTEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLYRVYKEVKNRLDYHISVQNMMRRKEQEHMINWVEKHVVQSISTQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVM

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	12606.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MILQRLFRFSSVIRSAVSVHLRRNIGVTAVAFNKELDPIQKLFVDKIREYKSKRQTSGGPVDASSEYQQELERELFKLKQMFGNADMNTFPTFKFEDPKFEVIEKPQA

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子量 formula_weight	18384.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AGRKLALKTIDWVAFAEIIPQNQKAIASSLKSWNETLTSRLAALPENPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPVPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEWVSLSKARIVEYEKEMEKMKNLIPFDQMTIEDLNEAFPETKLDKKKYPYWPHQPIENL

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	55276.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

QKTGTAEMSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKTRRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGSDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVVSQHQALLGTIRADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAGFEA

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	51822.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,D

AQTSPSPKAGAATGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHMGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHSS

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
分子量 formula_weight	30207.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARIYGLGSLALYEKADIKGPEDKKKHLLIGVSSDRGLCGAIHSSIAKQMKSEVATLTAAGKEVMLVGIGDKIRGILYRTHSDQFLVAFKEVGRKPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNKFRSVISYKTEEKPIFSLNTVASADSMSIYDDIDADVLQNYQEYNLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD

Entity 7 polymer

描述 description	ATPase inhibitor, mitochondrial
分子量 formula_weight	9540.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GSDQSENVDRGAGSIREAGGAFGKREQAEEERYFRAQSREQLAALKKHHEEEIVHHKKEIERLQKEIERHKQKIKMLKHDD

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase subunit O, mitochondrial
分子量 formula_weight	20904.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

FAKLVRPPVQVYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVAQILKEPKVAASVLNPYVKRSIKVKSLNDITAKERFSPLTTNLINLLAENGRLSNTQGVVSAFSTMMSVHRGEVPCTVTSASPLEEATLSELKTVLKSFLSQGQVLKLEAKTDPSILGGMIVRIGEKYVDMSVKTKIQKLGRAMREIV

Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
分子量 formula_weight	7611.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8

DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM

Entity 10 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta, mitochondrial
分子量 formula_weight	15029.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AEAAAAPAAASGPNQMSFTFASPTQVFFNGANVRQVDVPTLTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSIAVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQAELVGTADEATRAEIQIRIEANEALVKALE

Entity 11 polymer

描述 description	ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
分子量 formula_weight	5790.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MVAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAEKTSGSNVKIVKVKKE

Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	24833.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MNENLFASFIAPTILGLPAAVLIILFPPLLIPTSKYLINNRLITTQQWLIKLTSKQMMTMHNTKGRTWSLMLVSLIIFIATTNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLAMAIPLWAGTVIMGFRSKIKNALAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLLIQPMALAVRLTANITAGHLLMHLIGSATLAMSTINLPSTLIIFTILILLTILEIAVALIQAYVFTLLVSLYLHDNT

Entity 13 polymer

描述 description	ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial
分子量 formula_weight	6673.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MLQSIIKNIWIPMKPYYTKVYQEIWIGMGLMGFIVYKIRAADKRSKALKASAPAPGHH

Entity 14 polymer

描述 description	ATP synthase protein 8
分子量 formula_weight	8000.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MPQLNTTVWPTMITPMLLTLFLITQLKMLNTNYHLPPSPKPMKMKNYNKPWEPKWTKICSLHSLPPQS

Entity 15 polymer

描述 description	ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子量 formula_weight	10804.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

ASVGECPAPVPVKDKKLLEVKLGELPSWILMRDFSPSGIFGAFQRGYYRYYNKYINVKKGSISGITMVLACYVLFSYSFSYKHLKHERLRKYH

Entity 16 polymer

描述 description	ATP synthase subunit g, mitochondrial
分子量 formula_weight	11309.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

AQFVRNLVEKTPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPRAIQSLKKIVNSAQTGSFKQLTVKEAVLNGLVATEVLMWFYVGEIIGKRGIIGYDV

Entity 17 polymer

描述 description	ATP synthase subunit e, mitochondrial
分子量 formula_weight	7947.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MVPPVQVSPLIKLGRYSALFLGVAYGATRYNYLKPRAEEERRIAAEEKKKQDELKRIARELAEDDSILK

Entity 18 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 21 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68388

fit	/app/data/saxs_computation/h9/8h9s/8h9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/8h9s/8h9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/8h9s/8h9s.dat

Human ATP synthase state 1 (combined)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)