8khf

Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (membrane domain)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 129.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8khf
沉积日期 deposition_date	2023-08-21
结构标题 title	Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (membrane domain)
关键词 keywords	ATP synthase, Human, cryo-EM, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.04 Å
零角强度 I(0) i0	372484000.00
分子量 molecular_weight	172020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221560 Å³
包络体积 envelope_volume	292510 Å³
水化壳体积 shell_volume	61660 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.24 Å
包络 Rg envelope_rg	39.24 Å
形状 Rg shape_rg	39.04 Å
总 Rg total_rg	39.42 Å
总原子数 total_atoms	12120
残基数 n_residues	1596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	80070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.811

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
分子量 formula_weight	7611.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8
原子数 atom_count	12128

DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
分子量 formula_weight	30207.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARIYGLGSLALYEKADIKGPEDKKKHLLIGVSSDRGLCGAIHSSIAKQMKSEVATLTAAGKEVMLVGIGDKIRGILYRTHSDQFLVAFKEVGRKPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNKFRSVISYKTEEKPIFSLNTVASADSMSIYDDIDADVLQNYQEYNLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta, mitochondrial
分子量 formula_weight	15029.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AEAAAAPAAASGPNQMSFTFASPTQVFFNGANVRQVDVPTLTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSIAVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQAELVGTADEATRAEIQIRIEANEALVKALE

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
分子量 formula_weight	5790.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MVAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAEKTSGSNVKIVKVKKE

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
分子量 formula_weight	24658.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

PVPPLPEYGGKVRYGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYALSKEIYVISAETFTALSVLGVMVYGIKKYGPFVADFADKLNEQKLAQLEEAKQASIQHIQNAIDTEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLYRVYKEVKNRLDYHISVQNMMRRKEQEHMINWVEKHVVQSISTQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVM

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子量 formula_weight	18384.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AGRKLALKTIDWVAFAEIIPQNQKAIASSLKSWNETLTSRLAALPENPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPVPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEWVSLSKARIVEYEKEMEKMKNLIPFDQMTIEDLNEAFPETKLDKKKYPYWPHQPIENL

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	24833.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MNENLFASFIAPTILGLPAAVLIILFPPLLIPTSKYLINNRLITTQQWLIKLTSKQMMTMHNTKGRTWSLMLVSLIIFIATTNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLAMAIPLWAGTVIMGFRSKIKNALAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLLIQPMALAVRLTANITAGHLLMHLIGSATLAMSTINLPSTLIIFTILILLTILEIAVALIQAYVFTLLVSLYLHDNT

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial
分子量 formula_weight	6673.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MLQSIIKNIWIPMKPYYTKVYQEIWIGMGLMGFIVYKIRAADKRSKALKASAPAPGHH

Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase protein 8
分子量 formula_weight	8000.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MPQLNTTVWPTMITPMLLTLFLITQLKMLNTNYHLPPSPKPMKMKNYNKPWEPKWTKICSLHSLPPQS

Entity 10 polymer

描述 description	ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子量 formula_weight	10804.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

ASVGECPAPVPVKDKKLLEVKLGELPSWILMRDFSPSGIFGAFQRGYYRYYNKYINVKKGSISGITMVLACYVLFSYSFSYKHLKHERLRKYH

Entity 11 polymer

描述 description	ATP synthase subunit g, mitochondrial
分子量 formula_weight	11309.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

AQFVRNLVEKTPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPRAIQSLKKIVNSAQTGSFKQLTVKEAVLNGLVATEVLMWFYVGEIIGKRGIIGYDV

Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit e, mitochondrial
分子量 formula_weight	7947.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MVPPVQVSPLIKLGRYSALFLGVAYGATRYNYLKPRAEEERRIAAEEKKKQDELKRIARELAEDDSILK

Entity 13 non-polymer

描述 description	Bedaquiline
分子量 formula_weight	555.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	84037

fit	/app/data/saxs_computation/kh/8khf/8khf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/8khf/8khf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/8khf/8khf.dat

Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (membrane domain)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)