SAXSdb — 8hn6

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hn6
沉积日期 deposition_date	2022-12-07
结构标题 title	Crystal structure of monoclonal antibody complexed with SARS-CoV-2 RBD
关键词 keywords	SARS-CoV-2, RBD, monoclonal antibody, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.92 Å
零角强度 I(0) i0	136550000.00
分子量 molecular_weight	92211.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115160 Å³
包络体积 envelope_volume	138660 Å³
水化壳体积 shell_volume	39967 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.39 Å
包络 Rg envelope_rg	27.86 Å
形状 Rg shape_rg	27.86 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	6499
残基数 n_residues	839
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9054
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.158
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.945

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of monoclonal antibody 3G10
分子量 formula_weight	12665.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7012

VQLVESGGGLVQPGESLRLSCAASGLTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYAGGSTFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDMAIYYCARDLSYYGMDVWGQGTTVTVSSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of monoclonal antibody 3G10
分子量 formula_weight	11831.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MDIQLTQFPFSLSASVGDRVTITCRASQGISTYLAWYQQKPGRAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQLLNSYPVHFGQGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21873.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

TNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	505

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8hn6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8hn6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8hn6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8hn6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	98.680 Å
晶胞边长 b length_b	105.730 Å
晶胞边长 c length_c	209.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	26.430 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2143

fit	/app/data/saxs_computation/hn/8hn6/8hn6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/8hn6/8hn6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hn/8hn6/8hn6.dat

Crystal structure of monoclonal antibody complexed with SARS-CoV-2 RBD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)