SAXSdb — 8ho5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Falcilysin

Plasmodium falciparum 3D7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 59–1193	未记录	XUN (2S)-1-(2,3-dimethyl-1H-indol-1-yl)-3-{[(1S,2S)-2-methylcyclohexyl]amino}propan-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.039M Bicine, 0.061M TRIZMA base pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HO5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3S5H Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1193（1193 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；11% PEG6000,10%PEG400,0.1M ADA, 20mM Mg acetate,20 mM Co acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
3S5I Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1193（1193 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；11% PEG6000, 10%PEG400, 0.1M ADA, 20mM Mg acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 1.74 Å R-free 0.197
3S5K Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1193（1193 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；20% PEG6000, 0.1M MES, 5 M Zn acetate,0.1% - mercaptoethanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.316
3S5M Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1193（1193 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；11% PEG6000, 10% PEG400, 0.1M ADA, 20 mM Mg acetate, 20 mM Zn acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.214
7DI7 Falcilysin in complex with chloroquine 提交 2020-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1193（1135 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 CLQ N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 8.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.82 Å R-free 0.198
7DIA Falcilysin in complex with mefloquine 提交 2020-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1193（1135 aa）	未记录	H8O (S)-[2,8-bis(trifluoromethyl)quinolin-4-yl]-[(2S)-piperidin-2-yl]methanol × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3 YMZ (11R,12S)- Mefloquine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
7DIJ Falcilysin in complex with MK-4815 提交 2020-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1193（1135 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 H8F 2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.206
8HO4 Falcilysin in complex with MMV000848 提交 2022-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1193（1135 aa）	未记录	XUH (2R)-1-(9H-carbazol-9-yl)-3-(cyclopentylamino)propan-2-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.05 M Sodium HEPES, 0.05M MOPS pH 7.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20,000	分辨率 1.96 Å R-free 0.206
8WXW Falcilysin in complex with hemoglobin alpha chain peptide 提交 2023-10-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–1193（1135 aa）	突变：E132Q	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；4% w/v PEG 1500, 20% v/v glycerol	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
8WXZ Falcilysin in complex with hemoglobin beta chain peptide 提交 2023-10-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–1193（1135 aa）	突变：E132Q	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACY ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.12M monosaccharides, 0.1M imidazole/MES monohydrate pH 6.5, 20% v/v PEG 500, 10% w/v PEG 20000	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
8WYT Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset 提交 2023-10-31	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1193（1135 aa）	未记录	H8F 2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8WYU Open Falcilysin, from MK-4815-treated dataset 提交 2023-10-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–1193（1133 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8WYX Partially closed falcilysin, from free falcilysin dataset 提交 2023-10-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–1192（1134 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8WYY Open falcilysin, from free falcilysin dataset 提交 2023-10-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–1193（1133 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FCLN_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–1158； UniProt 59–1193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ho5
沉积日期 deposition_date	2022-12-09
结构标题 title	Falcilysin in complex with MMV665806
关键词 keywords	Falcilysin, MMV665806, Inhibitor, Complex, PROTEIN BINDING, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.04 Å
零角强度 I(0) i0	234364000.00
分子量 molecular_weight	126050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159590 Å³
包络体积 envelope_volume	198180 Å³
水化壳体积 shell_volume	52389 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.27 Å
包络 Rg envelope_rg	29.46 Å
形状 Rg shape_rg	30.03 Å
总 Rg total_rg	30.95 Å
总原子数 total_atoms	8892
残基数 n_residues	1075
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	234400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8939
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.975

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Falcilysin
分子量 formula_weight	135039.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9777

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMEWIHEKSPKHNSYDIIEKRYNEEFKMTYTVYQHKKAKTQVISLGTNDPLDVEQAFAFYVKTLTHSGKGIPHILEHSVLSGSKNYNYKNSIGLLEKGTLHTHLNAYTFNDRTVYMAGSMNNKDFFNIMGVYMDSVFQPNVLENKYIFETEGWTYEVEKLKEDEKGKAEIPQMKDYKVSFNGIVYNEMKGALSSPLEDLYHEEMKYMFPDNVHSNNSGGDPKEITNLTYEEFKEFYYKNYNPKKVKVFFFSKNNPTELLNFVDQYLGQLDYSKYRDDAVESVEYQTYKKGPFYIKKKYGDHSEEKENLVSVAWLLNPKVDKTNNHNNNHSNNQSSENNGYSNGSHSSDLSLENPTDYFVLLIINNLLIHTPESVLYKALTDCGLGNNVIDRGLNDSLVQYIFSIGLKGIKRNNEKIKNFDKVHYEVEDVIMNALKKVVKEGFNKSAVEASINNIEFILKEANLKTSKSIDFVFEMTSKLNYNRDPLLIFEFEKYLNIVKNKIKNEPMYLEKFVEKHFINNAHRSVILLEGDENYAQEQENLEKQELKKRIENFNEQEKEQVIKNFEELSKYKNAEESPEHLNKFPIISISDLNKKTLEVPVNVYFTNINENNNIMETYNKLKTNEHMLKDNMDVFLKKYVLKNDKHNTNNNNNNNNNMDYSFTETKYEGNVPILVYEMPTTGIVYLQFVFSLDHLTVDELAYLNLFKTLILENKTNKRSSEDFVILREKNIGSMSANVALYSKDDHLNVTDKYNAQALFNLEMHVLSHKCNDALNIALEAVKESDFSNKKKVIDILKRKINGMKTTFSEKGYAILMKYVKAHLNSKHYAHNIIYGYENYLKLQEQLELAENDFKTLENILVRIRNKIFNKKNLMVSVTSDYGALKHLFVNSNESLKNLVSYFEENDKYINDMQNKVNDPTVMGWNEEIKSKKLFDEEKVKKEFFVLPTFVNSVSMSGILFKPGEYLDPSFTVIVAALKNSYLWDTVRGLNGAYGVFADIEYDGSVVFLSARDPNLEKTLATFRESAKGLRKMADTMTENDLLRYIINTIGTIDKPRRGIELSKLSFLRLISNESEQDRVEFRKRIMNTKKEDFYKFADLLESKVNEFEKNIVIITTKEKANEYIANVDGEFKKVLIE

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-1-(2,3-dimethyl-1H-indol-1-yl)-3-{[(1S,2S)-2-methylcyclohexyl]amino}propan-2-ol
分子量 formula_weight	314.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	843

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.890 Å
晶胞边长 b length_b	106.290 Å
晶胞边长 c length_c	126.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.003 Å
最低分辨率 resolution_low	49.020 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1768
R_free r_free	0.1890

fit	/app/data/saxs_computation/ho/8ho5/8ho5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ho/8ho5/8ho5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ho/8ho5/8ho5.dat

Falcilysin in complex with MMV665806

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Falcilysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction