SAXSdb — 8hrd

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hrd
沉积日期 deposition_date	2022-12-15
结构标题 title	Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab
关键词 keywords	complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.36 Å
零角强度 I(0) i0	3105290000.00
分子量 molecular_weight	467010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	583080 Å³
包络体积 envelope_volume	918160 Å³
水化壳体积 shell_volume	125050 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.5 Å
壳层 Rg shell_rg	63.67 Å
包络 Rg envelope_rg	59.14 Å
形状 Rg shape_rg	61.31 Å
总 Rg total_rg	61.58 Å
总原子数 total_atoms	32925
残基数 n_residues	4316
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.5 Å
Rg (实空间) rg_real	61.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3106000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	177000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.776

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	25194.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,K,T
原子数 atom_count	33039

RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	IMCAS74 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25335.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,C,L,W

QVQLVQSGAQLKKPGESLKISCKGSGYNFSRYWIAWVRHMPGKGLEVMGIIYPDDSDTRYSPSVRGQVTISADKSTSIVYLQWSSLKASDTGIYYCARFGAGMTGMPRYFDTTRWFDPWGQGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	IMCAS74 Fab light chain
分子量 formula_weight	22698.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,E,M,X

DQSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCLGGSSNIGAGYDVHWYQHLPGAAPKLLISGNSNRPSGVPARFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDNDLSQVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	W14 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25102.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G,N,Y

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSSGSISGTSYYWDWIRQPPGKGLEWIGTIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSPVTAAGTAVYYCARRTFYYDRSGQKVVEPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	W14 Fab light chain
分子量 formula_weight	23441.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,Q,Z

EIVLTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYEASSLENGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNSYSLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	196.662 Å
晶胞边长 b length_b	270.048 Å
晶胞边长 c length_c	118.156 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	63.060 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2122
R_free r_free	0.2439

fit	/app/data/saxs_computation/hr/8hrd/8hrd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/8hrd/8hrd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/8hrd/8hrd.dat

Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)