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8hxa

Cryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 159.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NFkB inhibitor

Monkeypox virus

UniProt Q3I8Y9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–220 链 B； UniProt 18–220 链 C； UniProt 18–220 链 D； UniProt 18–220 链 E； UniProt 18–220 链 F； UniProt 18–220 未记录 T-lymphocyte activation antigen CD80 × 6 （P33681） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.04 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HXB Cryo-EM structure of MPXV M2 hexamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–220（203 aa）
链 B 18–220（203 aa）
链 C 18–220（203 aa）
链 D 18–220（203 aa）
链 E 18–220（203 aa）
链 F 18–220（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8HXC Cryo-EM structure of MPXV M2 heptamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 18–220（203 aa）
链 B 18–220（203 aa）
链 C 18–220（203 aa）
链 D 18–220（203 aa）
链 E 18–220（203 aa）
链 F 18–220（203 aa）
链 G 18–220（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q3I8Y9_MONPV
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 C； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 D； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 E； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 F； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220

T-lymphocyte activation antigen CD80

Homo sapiens

UniProt P33681

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 35–234 链 H； UniProt 35–234 链 I； UniProt 35–234 链 J； UniProt 35–234 链 K； UniProt 35–234 链 L； UniProt 35–234 未记录 NFkB inhibitor × 6 （Q3I8Y9） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.04 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DR9 CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF B7-1 (CD80) 提交 2000-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–234（200 aa） 片段：EXTRACELLULAR REGION
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, Na Hepes, CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 35–242（208 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 35-242
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.257
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 35–242（208 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 35-242
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.257
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 35–140（106 aa）
突变：H52Y, A60E, E69D, M81L, V102M, A105G, D124G NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000
分辨率 3.15 Å R-free 0.291
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 35–140（106 aa）
突变：H52Y, A60E, E69D, M81L, V102M, A105G, D124G NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000
分辨率 3.15 Å R-free 0.291
8FXW Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (hexameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 35–235（201 aa）
链 E 35–235（201 aa）
链 G 35–235（201 aa）
链 H 35–235（201 aa）
链 J 35–235（201 aa）
链 L 35–235（201 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8FXZ Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (heptameric ring) 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 C 35–235（201 aa）
链 E 35–235（201 aa）
链 G 35–235（201 aa）
链 H 35–235（201 aa）
链 J 35–235（201 aa）
链 L 35–235（201 aa）
链 N 35–235（201 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD80_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234 作者链 H； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234 作者链 I； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234 作者链 J； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234 作者链 K； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234 作者链 L； PDB构建体 1–200； UniProt 35–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hxa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hxa
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hxa
沉积日期 deposition_date2023-01-04
结构标题 titleCryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1
关键词 keywordsM2, complex, immune evasion, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.16 Å
零角强度 I(0) i0642187000.00
分子量 molecular_weight211250.0 kDa
排除体积 excluded_volume263800 ų
包络体积 envelope_volume400250 ų
水化壳体积 shell_volume60106 ų
包络直径 envelope_diameter161.8 Å
壳层 Rg shell_rg60.86 Å
包络 Rg envelope_rg51.93 Å
形状 Rg shape_rg54.13 Å
总 Rg total_rg54.42 Å
总原子数 total_atoms14790
残基数 n_residues1842
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.6 Å
Rg (实空间) rg_real54.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real6.4220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal642300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8435
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.5 Å
偏度 Skewness skewness0.018
峰度 Kurtosis kurtosis-0.785
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13090000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.076
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)