SAXSdb — 8i9j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein E3

Vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 9–70 链 C； UniProt 96–183	未记录	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase × 1 （P19525）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 6.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E3_VACCW
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–62； UniProt 9–70 作者链 C； PDB构建体 1–88； UniProt 96–183

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase

Homo sapiens

UniProt P19525

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–170	未记录	RNA-binding protein E3 × 1 （P21605） RNA-binding protein E3 × 1 （P21605）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 6.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I9J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QU6 STRUCTURE OF THE DOUBLE-STRANDED RNA-BINDING DOMAIN OF THE PROTEIN KINASE PKR REVEALS THE MOLECULAR BASIS OF ITS DSRNA-MEDIATED ACTIVATION 提交 1999-07-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–170（170 aa）片段：DSRNA-BINDING N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K	分辨率未提供
2A19 PKR kinase domain- eIF2alpha- AMP-PNP complex. 提交 2005-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 258–551（294 aa）片段：PKR kinase domain 链 C 258–551（294 aa）片段：PKR kinase domain	突变：DEL(338-350) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：DEL(338-350) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.286
2A1A PKR kinase domain-eIF2alpha Complex 提交 2005-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 258–551（294 aa）	突变：residue 3-175 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
3UIU Crystal structure of Apo-PKR kinase domain 提交 2011-11-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–551（298 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 254-551	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M NaF, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.305
3UIU Crystal structure of Apo-PKR kinase domain 提交 2011-11-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–551（298 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 254-551	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M NaF, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.305
6D3K Crystal structure of unphosphorylated human PKR kinase domain in complex with ADP 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551) 链 B 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 6% v/v PEG400, 2.0 M ammonium sulfate, protein was complexed with AMP-PNP and Mg2+ prior to crystallization	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
6D3K Crystal structure of unphosphorylated human PKR kinase domain in complex with ADP 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551) 链 C 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 6% v/v PEG400, 2.0 M ammonium sulfate, protein was complexed with AMP-PNP and Mg2+ prior to crystallization	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
6D3L Crystal structure of unphosphorylated human PKR 提交 2018-04-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate, 1:3 molar ratio of dp8 (heparin) was added to protein prior to crystallization	分辨率 3.10 Å R-free 0.347
6D3L Crystal structure of unphosphorylated human PKR 提交 2018-04-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 229–551（323 aa）片段：kinase domain (229-551)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate, 1:3 molar ratio of dp8 (heparin) was added to protein prior to crystallization	分辨率 3.10 Å R-free 0.347
6NPY Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 260–266（7 aa）	突变：L54R,V58K,P59T,K87A,A99V,S100C,E103T,D104G	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7OBK Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with PKR phosphopeptide 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 541–551（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH7.3, 25%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.183
7OBL Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with PKR phosphopeptide and stabilizer Fusicoccin-A 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 541–551（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FSC FUSICOCCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH7.3, 25%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
8BI7 Binary structure of 14-3-3s and PKR phosphopeptide 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 541–551（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 25% PEG400, 5% glycerol	分辨率 1.40 Å R-free 0.188
8IZN Structural study of Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase (PKR) and Non-structural protein 1 (NS1) complex 提交 2023-04-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–170（170 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 6.67 Å
8QEL PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 258–337（80 aa）链 B 357–541（185 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UH3 (3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 10% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate	分辨率 2.45 Å R-free 0.278

共 12 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E2AK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–175； UniProt 1–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i9j
沉积日期 deposition_date	2023-02-07
结构标题 title	The PKR and E3L complex
关键词 keywords	E3L, PKR, Vaccinia Virus, VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE complex; VIRAL PROTEIN/TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.23 Å
零角强度 I(0) i0	23234800.00
分子量 molecular_weight	36599.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45579 Å³
包络体积 envelope_volume	66073 Å³
水化壳体积 shell_volume	19705 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.95 Å
包络 Rg envelope_rg	31.79 Å
形状 Rg shape_rg	33.27 Å
总 Rg total_rg	33.17 Å
总原子数 total_atoms	4446
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	508900.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.556; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.749; Smooth: 0.852

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-binding protein E3
分子量 formula_weight	7041.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4446

RSNAEIVCEAIKTIGIEGATAAQLTRQLNMEKREVNKALYDLQRSAMVYSSDDIPPRWFMTT

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
分子量 formula_weight	19705.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSHMEMAGDLSAGFFMEELNTYRQKQGVVLKYQELPNSGPPHDRRFTFQVIIDGREFPEGEGRSKKEAKNAAAKLAVEILNKEKKAVSPLLLTTTNSSEGLSMGNYIGLINRIAQKKRLTVNYEQCASGVHGPEGFHYKCKMGQKEYSIGTGSTKQEAKQLAAKLAYLQILSEETGSGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA-binding protein E3
分子量 formula_weight	9916.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EDHKSFDDVIPAKKIIDWKGANPVTVINEYCQITRRDWSFRIESVGPSNSPTFYACVDIDGRVFDKADGKSKRDAKNNAAKLAVDKLL

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	6.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	307424

fit	/app/data/saxs_computation/i9/8i9j/8i9j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i9/8i9j/8i9j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i9/8i9j/8i9j.dat

The PKR and E3L complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)