SAXSdb — 8io2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

Synechococcus sp. (strain ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–472 链 B； UniProt 2–472 链 C； UniProt 2–472 链 D； UniProt 2–472 链 E； UniProt 2–472 链 F； UniProt 2–472 链 G； UniProt 2–472 链 H； UniProt 2–472	未记录	Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic × 9 （Q9SR19）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8IO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RBL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301 提交 1993-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 6–472（467 aa）链 B 6–472（467 aa）链 C 6–472（467 aa）链 D 6–472（467 aa）链 E 6–472（467 aa）链 F 6–472（467 aa）链 G 6–472（467 aa）链 H 6–472（467 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1RSC STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE 提交 1994-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	XBP XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2WVW Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å
3RG6 Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco 提交 2011-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）链 L 1–472（472 aa）链 M 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8IOL The complex of Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-11	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_SYNP6
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 D； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 E； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 F； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 G； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 H； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472

Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SR19

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 73–437 链 J； UniProt 73–437 链 K； UniProt 73–437 链 L； UniProt 73–437 链 M； UniProt 73–437 链 N； UniProt 73–437 链 O； UniProt 73–437 链 P； UniProt 73–437 链 Q； UniProt 73–437	未记录	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （P00880）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8IO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WT3 The N-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana 提交 2014-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 62–274（213 aa）片段：Raf1 alpha-domain, UNP residues 62-274	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES-NaOH pH 6.0 and 26% (w/v) PEG-6000	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
4WT4 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form I 提交 2014-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449 链 C 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.289
4WT4 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form I 提交 2014-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449 链 D 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.289
4WT5 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form II 提交 2014-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 A 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449 链 B 281–449（169 aa）片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；200 mM KH2PO4 and 20% (w/v) PEG-5000MME	分辨率 2.57 Å R-free 0.279
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 E 62–449（388 aa）链 N 62–449（388 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 D 62–449（388 aa）链 E 62–449（388 aa）链 R 62–449（388 aa）链 S 62–449（388 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 E 62–264（203 aa）链 F 62–264（203 aa）链 G 62–264（203 aa）链 L 287–437（151 aa）链 M 287–437（151 aa）链 N 287–437（151 aa）链 O 287–437（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAF2_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 J； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 K； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 L； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 M； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 N； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 O； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 P； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437 作者链 Q； PDB构建体 1–346； UniProt 73–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8io2
沉积日期 deposition_date	2023-03-10
结构标题 title	The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL)
关键词 keywords	Rubisco assembly intermediate, CHAPERONE, LYASE; LYASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.99 Å
零角强度 I(0) i0	3754790000.00
分子量 molecular_weight	519280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	651240 Å³
包络体积 envelope_volume	936460 Å³
水化壳体积 shell_volume	130770 Å³
包络直径 envelope_diameter	216.8 Å
壳层 Rg shell_rg	62.25 Å
包络 Rg envelope_rg	58.76 Å
形状 Rg shape_rg	57.99 Å
总 Rg total_rg	58.10 Å
总原子数 total_atoms	36624
残基数 n_residues	4721
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.2 Å
Rg (实空间) rg_real	57.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3755000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.080
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	324900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.846

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	52385.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	36624

PKTQSAAGYKAGVKDYKLTYYTPDYTPKDTDLLAAFRFSPQPGVPADEAGAAIAAESSTGTWTTVWTDLLTDMDRYKGKCYHIEPVQGEENSYFAFIAYPLDLFEEGSVTNILTSIVGNVFGFKAIRSLRLEDIRFPVALVKTFQGPPHGIQVERDLLNKYGRPMLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFQRWRDRFLFVADAIHKSQAETGEIKGHYLNVTAPTCEEMMKRAEFAKELGMPIIMHDFLTAGFTANTTLAKWCRDNGVLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKCLRLSGGDHLHSGTVVGKLEGDKASTLGFVDLMREDHIEADRSRGVFFTQDWASMPGVLPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGATANRVALEACVQARNEGRDLYREGGDILREAGKWSPELAAALDLWKEIKFEFETMDKL

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus sp. (strain ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic
分子量 formula_weight	38436.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P,Q

SPIPTQFRSLDSAGKIEILAGRMALWFEYAPLISSLYTDGFTPPTIEELTGISSIEQNRLIVGAQVRDSILQSIHEPELISAFDTGGAELLYEIRLLSTTQRVAAATFIIDRNIDSKGAQDLARAIKDYPNRRGDVGWLDFDYNLPGDCLSFLYYRQSRENKNPSDQRTSMLLQALGVAESEKAKNRLNTELYGDRIPVVRLKFGEVAEATSVVVLPVCKAEEGEKKILEAPMEIIAGGDFKVVEAEKGWKRWVVLPSWNPVAAIGKGGVAVSFRDDRKVLPWDGKEEPLLVVADRVRNVVEADDGYYLVVAENGLKLEKGSDLKAREVKESLGMVVLVVRPPRED

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	535498

fit	/app/data/saxs_computation/io/8io2/8io2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/8io2/8io2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/8io2/8io2.dat

The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)