8j1n

Structure of human UCP1 in the DNP-bound state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j1n
沉积日期 deposition_date	2023-04-13
结构标题 title	Structure of human UCP1 in the DNP-bound state
关键词 keywords	UCP1, SLC25A7, thermogenin, SLC25, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.82 Å
零角强度 I(0) i0	35372700.00
分子量 molecular_weight	46856.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59031 Å³
包络体积 envelope_volume	70667 Å³
水化壳体积 shell_volume	24609 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.05 Å
包络 Rg envelope_rg	26.37 Å
形状 Rg shape_rg	25.84 Å
总 Rg total_rg	26.37 Å
总原子数 total_atoms	3292
残基数 n_residues	414
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.664
峰度 Kurtosis kurtosis	0.133
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4787000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.560; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.591; Smooth: 0.996

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1
分子量 formula_weight	39468.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3292

MSRLEEELRRRLTEGSGGWSHPQFEKGSGDYKDDDDKGSGWSHPQFEKLEVLFQGPMGGLTASDVHPTLGVQLFSAGIAACLADVITFPLDTAKVRLQVQGECPTSSVIRYKGVLGTITAVVKTEGRMKLYSGLPAGLQRQISSASLRIGLYDTVQEFLTAGKETAPSLGSKILAGLTTGGVAVFIGQPTEVVKVRLQAQSHLHGIKPRYTGTYNAYRIIATTEGLTGLWKGTTPNLMRSVIINCTELVTYDLMKEAFVKNNILADDVPCHLVSALIAGFCATAMSSPVDVVKTRFINSPPGQYKSVPNCAMKVFTNEGPTAFFKGLVPSFLRLGSWNVIMFVCFEQLKRELSKSRQTMDCAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Sybody 12F2
分子量 formula_weight	15004.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGFPVMYYNMHWYRQAPGKEREWVAAIESTGWWAHYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVKDFGWRWEAYDYWGQGTQVTVSSLEHHHHHH

Entity 3 non-polymer

描述 description	2,4-DINITROPHENOL
分子量 formula_weight	184.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8j1nB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	709625

fit	/app/data/saxs_computation/j1/8j1n/8j1n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/8j1n/8j1n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/8j1n/8j1n.dat

Structure of human UCP1 in the DNP-bound state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)