SAXSdb — 8j9r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UBR4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1660–1729	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M Bis-Tris (pH5.6), 29% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350), 0.2 M lithium sulfate monohydrate	分辨率 1.65 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8J9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1660–1729（70 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.18 Å R-free 0.269
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1660–1729（70 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.18 Å R-free 0.269
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1660–1729（70 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.18 Å R-free 0.269
9D9Z Structure of human UBR4-KCMF1-CaM E3 ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI) 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–5183（5182 aa）链 B 2–5183（5182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 20 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HXW Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (composite map) 提交 2025-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–4781（4781 aa）链 B 1–4781（4781 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9NWD Human E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex (N-terminal) 提交 2025-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–5183（5183 aa）链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9NWE E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex 提交 2025-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–5183（5182 aa）链 B 2–5183（5182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9QWS Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term dimer interface focused refinement) 提交 2025-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–5183（5183 aa）链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9QWU Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (CALM1 focused refinement) 提交 2025-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–5183（5183 aa）链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9QWX Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (N-term focused refinement) 提交 2025-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–5183（5183 aa）链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9QWZ Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (BP focused refinement) 提交 2025-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
9QX0 Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term focused refinement) 提交 2025-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–5183（5183 aa）链 B 1–5183（5183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBR4_HUMAN
Isoform	Q5T4S7-5
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–74； UniProt 1660–1729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j9r
沉积日期 deposition_date	2023-05-04
结构标题 title	Crystal structure of UBR box of YIFS-UBR4
关键词 keywords	E3 ligase, UBR box, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.24 Å
零角强度 I(0) i0	1697310.00
分子量 molecular_weight	8362.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10196 Å³
包络体积 envelope_volume	11067 Å³
水化壳体积 shell_volume	8537 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.6 Å
壳层 Rg shell_rg	16.68 Å
包络 Rg envelope_rg	11.67 Å
形状 Rg shape_rg	11.32 Å
总 Rg total_rg	12.36 Å
总原子数 total_atoms	1072
残基数 n_residues	72
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.8 Å
Rg (实空间) rg_real	12.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8760e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1697000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8750
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.249
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	245700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
分子量 formula_weight	8422.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1212

YIFSKLCTFTITQKEFMNQHWYHCHTCKMVDGVGVCTVCAKVCHKDHEISYAKYGSFFCDCGAKEDGSCLALVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	36.580 Å
晶胞边长 b length_b	38.280 Å
晶胞边长 c length_c	55.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	27.700 Å
R 因子 r_factor	0.2368
R_work r_work	0.2342
R_free r_free	0.2871

fit	/app/data/saxs_computation/j9/8j9r/8j9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/8j9r/8j9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/8j9r/8j9r.dat

Crystal structure of UBR box of YIFS-UBR4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UBR4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction