SAXSdb — 8jps

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Atypical chemokine receptor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 46–312 链 B； UniProt 46–312	未记录	C-C motif chemokine 7 × 2 （P80098）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JPS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 14–43（30 aa）片段：unp residues 14-43	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 14–43（30 aa）片段：unp residues 14-43 链 D 14–43（30 aa）片段：unp residues 14-43	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 14–43（30 aa）片段：unp residues 14-43	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 14–43（30 aa）片段：unp residues 14-43	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
7P93 Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a sulfated ACKR1 N-terminal peptide 提交 2021-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 34–46（13 aa）链 M 34–46（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.204
8YNF Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CXCL8 提交 2024-03-11	构建体不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–336（335 aa）链 B 2–336（335 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACKR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 46–312 作者链 B； PDB构建体 1–267； UniProt 46–312

C-C motif chemokine 7

Homo sapiens

UniProt P80098

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 31–93 链 D； UniProt 31–93	未记录	Atypical chemokine receptor 1 × 2 （Q16570）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JPS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BO0 MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN-3, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；303 K	分辨率未提供
1NCV DETERMINATION CC-CHEMOKINE MCP-3, NMR, 7 STRUCTURES 提交 1997-02-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–99（76 aa）链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；290 K	分辨率未提供
4ZKC The chemokine binding protein of orf virus complexed with CCL7 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）片段：UNP residues 24-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 2.0M ammonium citrate	分辨率 3.15 Å R-free 0.327
7S58 Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)	分辨率 1.82 Å R-free 0.244
7S58 Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)	分辨率 1.82 Å R-free 0.244
7S58 Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)	分辨率 1.82 Å R-free 0.244
7S58 Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)	分辨率 1.82 Å R-free 0.244
7S59 Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chimera made of human chemokines CCL7 and CCL8 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 2 39–99（61 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant)	分辨率 2.39 Å R-free 0.268
7S59 Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chimera made of human chemokines CCL7 and CCL8 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 4 39–99（61 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant)	分辨率 2.39 Å R-free 0.268
7SCU Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL7 提交 2021-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Na Acet 4.6 pH (Buffer),2 M NaCl (Precipitant)	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
8FJ3 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL7(Y13A) 提交 2022-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）	突变：Y13A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2 M NH2SO4, 0.1 Na acetate, pH 4.8	分辨率 2.07 Å R-free 0.229
8FK6 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed to Human Chemokine CCL7 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.74 Å R-free 0.223
8FK8 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(L39P) Complexed to Human Chemokine CCL7 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.96 Å R-free 0.263

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–63； UniProt 31–93 作者链 D； PDB构建体 1–63； UniProt 31–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jps
沉积日期 deposition_date	2023-06-12
结构标题 title	Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map)
关键词 keywords	GPCR, SIGNALING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.30 Å
零角强度 I(0) i0	59766100.00
分子量 molecular_weight	65531.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83976 Å³
包络体积 envelope_volume	117940 Å³
水化壳体积 shell_volume	31863 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.46 Å
包络 Rg envelope_rg	33.63 Å
形状 Rg shape_rg	32.28 Å
总 Rg total_rg	32.77 Å
总原子数 total_atoms	4616
残基数 n_residues	640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7927
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.670
峰度 Kurtosis kurtosis	0.287
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5996000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.607; Smooth: 0.767

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Atypical chemokine receptor 1
分子量 formula_weight	28073.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4616

EAAAPCHSCNLLDDSALPFFILTSVLGILASSTVLFMLFRPLFRWQLCPGWPVLAQLAVGSALFSIVVPVLAPGLGSTRSSALCSLGYCVWYGSAFAQALLLGCHASLGHRLGAGQVPGLTLGLTVGIWGVAALLTLPVTLASGASGGLCTLIYSTELKALQATHTVACLAIFVLLPLGLFGAKGLKKALGMGPGPWMNILWAWFIFWWPHGVVLGLDFLVRSKLLLLSTCLAQQALDLLLNLAEALAILHCVATPLLLALFCHQAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-C motif chemokine 7
分子量 formula_weight	7594.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

STTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	308174

fit	/app/data/saxs_computation/jp/8jps/8jps.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/8jps/8jps.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/8jps/8jps.dat

Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Atypical chemokine receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-C motif chemokine 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)