SAXSdb — 8k2w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nb6 × 1 CHOLESTEROL × 1 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 1 ;N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 27–131； UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

Homo sapiens

UniProt P41145

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nb6 × 1 CHOLESTEROL × 1 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 1 ;N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPRK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 379–400； UniProt 252–273

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

Homo sapiens

UniProt P49682

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nb6 × 1 CHOLESTEROL × 1 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 1 ;N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXCR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 139–378； UniProt 1–240 作者链 R； PDB构建体 401–507； UniProt 255–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k2w
沉积日期 deposition_date	2023-07-14
结构标题 title	Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487
关键词 keywords	G protein coupled receptor, chemokine receptor, CXCR3, AMG487, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8k2w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8k2w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8k2w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.58 Å
Rg（电子密度）	28.91 Å
总 Rg	29.20 Å
原子数	3143
残基数	386
排除体积	57321 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8k2w__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nb6
分子量 formula_weight	18665.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	3143

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMAQVQLQESGGGLVQAGESLRLSCAASGTIFRLYDMGWYRRVSGNQRELVASITSGGSTKYGDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMSSLKPEDTAVYYCNAEYRTGIWEELLDGWGQGTQVTVSSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
分子量 formula_weight	56327.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKGSADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLLVPRGSMVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILARLKSVRLLSGSREKDRNLRRITRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
分子量 formula_weight	468.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide ;
分子量 formula_weight	603.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	834686

Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8k2w__assembly_1__model_1

8k2w__assembly_1__model_1 | I(q)

8k2w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8k2w__assembly_1__model_1

8k2w__assembly_1__model_1 | I(q)

8k2w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)