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The crystal structure of nanobody Nb4 in complex with receptor binding domain (RBD) of BA.1 Spike protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k3k
沉积日期 deposition_date	2023-07-16
结构标题 title	The crystal structure of nanobody Nb4 in complex with receptor binding domain (RBD) of BA.1 Spike protein
关键词 keywords	Nanobody, Receptor binding domain, SARS-CoV-2, Complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.87 Å
零角强度 I(0) i0	24905000.00
分子量 molecular_weight	37797.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47030 Å³
包络体积 envelope_volume	60496 Å³
水化壳体积 shell_volume	21831 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.8 Å
壳层 Rg shell_rg	29.64 Å
包络 Rg envelope_rg	26.58 Å
形状 Rg shape_rg	24.79 Å
总 Rg total_rg	25.68 Å
总原子数 total_atoms	2671
残基数 n_residues	337
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7825
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.675
峰度 Kurtosis kurtosis	0.236
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4035000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.547; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.580; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	28329.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2696

RVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGFNCYFPLKSYSFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTGTGLNDIFEAQKIEWHEGSLEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody Nb4
分子量 formula_weight	17057.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSSSAVQLQASGGGFVQPGGSLRLSCAASGWAETFGHMGWFRQAPGKEREFVSAIDWWDTVHYYADSVKGRFTISRDNSKNTVYLQMNSLRAEDTATYYCAYWDMDYLQNSIPVDYWGQGTQVTVSSAGRAGEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.110 Å
晶胞边长 b length_b	76.110 Å
晶胞边长 c length_c	251.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	35.370 Å
R 因子 r_factor	0.2286
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2692

fit	/app/data/saxs_computation/k3/8k3k/8k3k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/8k3k/8k3k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/8k3k/8k3k.dat

The crystal structure of nanobody Nb4 in complex with receptor binding domain (RBD) of BA.1 Spike protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)