8off

Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 2 （P62807） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H4 × 2 （P62805） BRCA1 associated RING domain 1 × 2 （M3WD26） Ubiquitin × 1 （P0CG48）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Ca； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 Cb； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

Homo sapiens

UniProt P62807

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H4 × 2 （P62805） BRCA1 associated RING domain 1 × 2 （M3WD26） Ubiquitin × 1 （P0CG48）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Ba； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 Bb； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Histone H2A type 1

Homo sapiens

UniProt P0C0S8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 2 （P62807） Histone H4 × 2 （P62805） BRCA1 associated RING domain 1 × 2 （M3WD26） Ubiquitin × 1 （P0CG48）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Aa； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 Ab； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 2 （P62807） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） BRCA1 associated RING domain 1 × 2 （M3WD26） Ubiquitin × 1 （P0CG48）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Da； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Db； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

BRCA1 associated RING domain 1

Felis catus

UniProt M3WD26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 2 （P62807） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H4 × 2 （P62805） Ubiquitin × 1 （P0CG48）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M3WD26_FELCA
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Ea； PDB构建体 1–773； UniProt 1–773 作者链 Eb； PDB构建体 1–773； UniProt 1–773

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	DNA (142-MER) × 2 Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 2 （P62807） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H4 × 2 （P62805） BRCA1 associated RING domain 1 × 2 （M3WD26）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Fa； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8off
沉积日期 deposition_date	2023-03-15
结构标题 title	Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)
关键词 keywords	BRCA1-BARD1, chromatin recognition, nucleosomes, ubiquitin, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8off__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8off__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8off__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.16 Å
Rg（电子密度）	40.69 Å
总 Rg	41.32 Å
原子数	14422
残基数	1435
排除体积	237540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8off__assembly_1__model_1`	13-meric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (142-MER)
分子量 formula_weight	108097.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,I
原子数 atom_count	14424

AATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCGCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCAATGTGTTCCATATGGAACACATTGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGCGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGCGTATT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15366.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ca,Cb

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
分子量 formula_weight	13937.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ba,Bb

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	14121.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab

MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Da,Db

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	BRCA1 associated RING domain 1
分子量 formula_weight	85897.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ea,Eb

MPGNRQLRVRSGNEPRPAPAMEPEGRGAWAHSRAAFDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDVKINRQLDSMIQLCSKLRNLLHDNKLSDLKEDTSRQNVFNDAENKKNSIKMWFSPRSKKVRYVVTKVSVQTQPQVIDDGNAQQASVYKFVSTSPPTSVPERAKKASTRSRKKQKKKTLAEINQEWNFEAEKEDGEPDSKEEFKEKLVSFCSQPSVIASPQTNGGIDLLASDSVTESECSRSLTEVSLPLAEQIESPETGSRNEDATPEKNACVDHLTSKQPLPSGHNGRPGRRSRRSSPVSKRCRSSIPGTSGQQMLLSENKPLPGCSSPPPSKRKVGDTLRRKNSNISDESMSLSPGTPPSTLNSPSYRRMMFSPSAVKLSPGSLTAVKRNHRGETLLHIASIKGDLPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHKALVNSTGYQNDSPLHDAAKNGHMDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYADGENMKSLLLLPEQNESSSTRHCSVTNTGQRRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKCAEFDSTVTHVIVPGDTVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLQRKACEQEEKYEIPEGPQRSRLNKEQLLPKLFDGCYFYFGGAFKHHPKDNLVKLVTAAGGQVLSRKPKPDSDVTQTINTVAYHAKADSDQRFCTQYIIYEDLSNHRPERVRQGKVWMAPSSWFIDCVMSFELLPLDS

来源 Source

来源生物 organism	Felis catus
通用名 common_name	domestic cat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9685
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Fa

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	359954

Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BRCA1 associated RING domain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8off__assembly_1__model_1

8off__assembly_1__model_1 | I(q)

8off__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer