SAXSdb — 8p0v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coiled-coil domain-containing protein 93

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） DENN domain-containing protein 10 × 1 （Q8TCE6） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCD93_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–631； UniProt 1–631

Coiled-coil domain-containing protein 22

物种未注明

UniProt O60826

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） DENN domain-containing protein 10 × 1 （Q8TCE6） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCD22_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–627； UniProt 1–627

DENN domain-containing protein 10

物种未注明

UniProt Q8TCE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEN10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–357； UniProt 1–357

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

物种未注明

UniProt Q9UBQ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） DENN domain-containing protein 10 × 1 （Q8TCE6） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

物种未注明

UniProt Q7Z3J2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） DENN domain-containing protein 10 × 1 （Q8TCE6） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP35L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–963； UniProt 1–963

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p0v
沉积日期 deposition_date	2023-05-10
结构标题 title	Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex
关键词 keywords	Coiled-coil, DENND domain, alpha solenoid, calponin homology, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8p0v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8p0v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8p0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.12 Å
Rg（电子密度）	58.27 Å
总 Rg	57.96 Å
原子数	9072
残基数	1802
排除体积	147850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8p0v__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coiled-coil domain-containing protein 93
分子量 formula_weight	73319.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	9072

MGLPRGPEGQGLPEVETREDEEQNVKLTEILELLVAAGYFRARIKGLSPFDKVVGGMTWCITTCNFDVDVDLLFQENSTIGQKIALSEKIVSVLPRMKCPHQLEPHQIQGMDFIHIFPVVQWLVKRAIETKEEMGDYIRSYSVSQFQKTYSLPEDDDFIKRKEKAIKTVVDLSEVYKPRRKYKRHQGAEELLDEESRIHATLLEYGRRYGFSRQSKMEKAEDKKTALPAGLSATEKADAHEEDELRAAEEQRIQSLMTKMTAMANEESRLTASSVGQIVGLCSAEIKQIVSEYAEKQSELSAEESPEKLGTSQLHRRKVISLNKQIAQKTKHLEELRASHTSLQARYNEAKKTLTELKTYSEKLDKEQAALEKIESKADPSILQNLRALVAMNENLKSQEQEFKAHCREEMTRLQQEIENLKAERAPRGDEKTLSSGEPPGTLTSAMTHDEDLDRRYNMEKEKLYKIRLLQARRNREIAILHRKIDEVPSRAELIQYQKRFIELYRQISAVHKETKQFFTLYNTLDDKKVYLEKEISLLNSIHENFSQAMASPAARDQFLRQMEQIVEGIKQSRMKMEKKKQENKMRRDQLNDQYLELLEKQRLYFKTVKEFKEEGRKNEMLLSKVKAKAS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coiled-coil domain-containing protein 22
分子量 formula_weight	70856.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEEADRILIHSLRQAGTAVPPDVQTLRAFTTELVVEAVVRCLRVINPAVGSGLSPLLPLAMSARFRLAMSLAQACMDLGYPLELGYQNFLYPSEPDLRDLLLFLAERLPTDASEDADQPAGDSAILLRAIGSQIRDQLALPWVPPHLRTPKLQHLQGSALQKPFHASRLVVPELSSRGEPREFQASPLLLPVPTQVPQPVGRVASLLEHHALQLCQQTGRDRPGDEDWVHRTSRLPPQEDTRAQRQRLQKQLTEHLRQSWGLLGAPIQARDLGELLQAWGAGAKTGAPKGSRFTHSEKFTFHLEPQAQATQVSDVPATSRRPEQVTWAAQEQELESLREQLEGVNRSIEEVEADMKTLGVSFVQAESECRHSKLSTAEREQALRLKSRAVELLPDGTANLAKLQLVVENSAQRVIHLAGQWEKHRVPLLAEYRHLRKLQDCRELESSRRLAEIQELHQSVRAAAEEARRKEEVYKQLMSELETLPRDVSRLAYTQRILEIVGNIRKQKEEITKILSDTKELQKEINSLSGKLDRTFAVTDELVFKDAKKDDAVRKAYKYLAALHENCSQLIQTIEDTGTIMREVRDLEEQIETELGKKTLSNLEKIREDYRALRQENAGLLGRVREA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DENN domain-containing protein 10
分子量 formula_weight	40563.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAAAEVADTQLMLGVGLIEKDTNGEVLWVWCYPSTTATLRNLLLRKCCLTDENKLLHPFVFGQYRRTWFYITTIEVPDSSILKKVTHFSIVLTAKDFNPEKYAAFTRILCRMYLKHGSPVKMMESYIAVLTKGICQSEENGSFLSKDFDARKAYLAGSIKDIVSQFGMETVILHTALMLKKRIVVYHPKIEAVQEFTRTLPALVWHRQDWTILHSYVHLNADELEALQMCTGYVAGFVDLEVSNRPDLYDVFVNLAESEITIAPLAKEAMAMGKLHKEMGQLIVQSAEDPEKSESHVIQDIALKTREIFTNLAPFSEVSADGEKRVLNLEALKQKRFPPATENFLYHLAAAEQMLKI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	20531.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	VPS35 endosomal protein-sorting factor-like
分子量 formula_weight	109700.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAVFPWHSRNRNYKAEFASCRLEAVPLEFGDYHPLKPITVTESKTKKVNRKGSTSSTSSSSSSSVVDPLSSVLDGTDPLSMFAATADPAALAAAMDSSRRKRDRDDNSVVGSDFEPWTNKRGEILARYTTTEKLSINLFMGSEKGKAGTATLAMSEKVRTRLEELDDFEEGSQKELLNLTQQDYVNRIEELNQSLKDAWASDQKVKALKIVIQCSKLLSDTSVIQFYPSKFVLITDILDTFGKLVYERIFSMCVDSRSVLPDHFSPENANDTAKETCLNWFFKIASIRELIPRFYVEASILKCNKFLSKTGISECLPRLTCMIRGIGDPLVSVYARAYLCRVGMEVAPHLKETLNKNFFDFLLTFKQIHGDTVQNQLVVQGVELPSYLPLYPPAMDWIFQCISYHAPEALLTEMMERCKKLGNNALLLNSVMSAFRAEFIATRSMDFIGMIKECDESGFPKHLLFRSLGLNLALADPPESDRLQILNEAWKVITKLKNPQDYINCAEVWVEYTCKHFTKREVNTVLADVIKHMTPDRAFEDSYPQLQLIIKKVIAHFHDFSVLFSVEKFLPFLDMFQKESVRVEVCKCIMDAFIKHQQEPTKDPVILNALLHVCKTMHDSVNALTLEDEKRMLSYLINGFIKMVSFGRDFEQQLSFYVESRSMFCNLEPVLVQLIHSVNRLAMETRKVMKGNHSRKTAAFVRACVAYCFITIPSLAGIFTRLNLYLHSGQVALANQCLSQADAFFKAAISLVPEVPKMINIDGKMRPSESFLLEFLCNFFSTLLIVPDHPEHGVLFLVRELLNVIQDYTWEDNSDEKIRIYTCVLHLLSAMSQETYLYHIDKVDSNDSLYGGDSKFLAENNKLCETVMAQILEHLKTLAKDEALKRQSSLGLSFFNSILAHGDLRNNKLNQLSVNLWHLAQRHGCADTRTMVKTLEYIKKQSKQPDMTHLTELALRLPLQTRT

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	125000

Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coiled-coil domain-containing protein 93

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coiled-coil domain-containing protein 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DENN domain-containing protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8p0v__assembly_1__model_1

8p0v__assembly_1__model_1 | I(q)

8p0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (3)

Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coiled-coil domain-containing protein 93

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Coiled-coil domain-containing protein 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DENN domain-containing protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8p0v__assembly_1__model_1

8p0v__assembly_1__model_1 | I(q)

8p0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (3)