SAXSdb — 8pyr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pyr
沉积日期 deposition_date	2023-07-26
结构标题 title	Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex
关键词 keywords	Cdk7, Cyclin H, Mat1, CDK activating kinase, kinase, phosphorylation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.42 Å
零角强度 I(0) i0	396320000.00
分子量 molecular_weight	165520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208350 Å³
包络体积 envelope_volume	268160 Å³
水化壳体积 shell_volume	56678 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.36 Å
包络 Rg envelope_rg	38.75 Å
形状 Rg shape_rg	39.39 Å
总 Rg total_rg	39.85 Å
总原子数 total_atoms	11640
残基数 n_residues	1455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	396300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8923
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	73860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.888

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 7
分子量 formula_weight	39250.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12032

MALDVKSRAKRYEKLDFLGEGQFATVYKARDKNTNQIVAIKKIKLGHRSEAKDGINRTALREIKLLQELSHPNIIGLLDAFGHKSNISLVFDFMETDLEVIIKDNSLVLTPSHIKAYMLMTLQGLEYLHQHWILHRDLKPNNLLLDENGVLKLADFGLAKSFGSPNRAYTHQVVTRWYRAPELLFGARMYGVGVDMWAVGCILAELLLRVPFLPGDSDLDQLTRIFETLGTPTEEQWPDMCSLPDYVTFKSFPGIPLHHIFSAAGDDLLDLIQGLFLFNPCARITATQALKMKYFSNRPGPTPGCQLPRPNCPVETLKEQSNPALAIKRKRTEALEQGGLPKKLIF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-H
分子量 formula_weight	37695.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MYHNSSQKRHWTFSSEEQLARLRADANRKFRCKAVANGKVLPNDPVFLEPHEEMTLCKYYEKRLLEFCSVFKPAMPRSVVGTACMYFKRFYLNNSVMEYHPRIIMLTCAFLACKVDEFNVSSPQFVGNLRESPLGQEKALEQILEYELLLIQQLNFHLIVHNPYRPFEGFLIDLKTRYPILENPEILRKTADDFLNRIALTDAYLLYTPSQIALTAILSSASRAGITMESYLSESLMLKENRTCLSQLLDIMKSMRNLVKKYEPPRSEEVAVLKQKLERCHSAELALNVITKKRKGYEDDDYVSKKSKHEEEEWTDDDLVESL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	CDK-activating kinase assembly factor MAT1
分子量 formula_weight	9043.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSGQHISLAPIHKLEEALYEYQPLQIETYGPHVPELEMLGRLGYLNHVRAASPQDLAGGYTSSLACHRALQDAFSGLFWQPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody (VHH-RD7-04)
分子量 formula_weight	12443.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVASGFTFKNFYMGWVRQAPDKGLEWVATINSGGEIQSYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNNLRPEDTAVYYCSKQSSTPAKGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	384

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	119.860 Å
晶胞边长 b length_b	77.866 Å
晶胞边长 c length_c	121.872 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	48.050 Å
R 因子 r_factor	0.2226
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2415

fit	/app/data/saxs_computation/py/8pyr/8pyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/py/8pyr/8pyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/py/8pyr/8pyr.dat

Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)