SAXSdb — 8q6h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 531–828	突变：R409Q,R412Q	MG MAGNESIUM ION × 1 KI7 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.94 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Q6H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N73 Solution structure of the ACBD3:PI4KB complex 提交 2015-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 5–80（76 aa）片段：UNP residues 5-80	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5LX2 Lt 14-3-3 in complex with PI4KIIIB peptide 提交 2016-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 304–309（6 aa）片段：UNP residues 304-309	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES, PEG 8000, ethylene glycol	分辨率 2.58 Å R-free 0.263
8Q6F HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 4) 提交 2023-08-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 531–828（298 aa）	突变：R409Q,R412Q	KHR 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-2,5-dimethyl-7-(pyridin-4-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.51 Å R-free 0.224
8Q6G HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 8) 提交 2023-08-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 531–828（298 aa）	突变：R409Q,R412Q	KIH 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.54 Å R-free 0.221

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UniProt名称	A0A0B4J1S8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 127–424； UniProt 531–828

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

Homo sapiens

UniProt Q9UBF8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 291–415	突变：R409Q,R412Q	MG MAGNESIUM ION × 1 KI7 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.94 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Q6H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–407（287 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784 链 A 508–784（277 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784	突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.94 Å R-free 0.259
4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 121–407（287 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784 链 C 508–784（277 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784	突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.94 Å R-free 0.259
4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–407（287 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784 链 E 508–784（277 aa）片段：RESIDUES 121-407,508-784	突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.94 Å R-free 0.259
4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 121–303（183 aa）链 A 319–421（103 aa）链 A 522–799（278 aa）链 C 121–303（183 aa）链 C 319–421（103 aa）链 C 522–799（278 aa）链 O 121–303（183 aa）链 O 319–421（103 aa）链 O 522–799（278 aa）链 S 121–303（183 aa）链 S 319–421（103 aa）链 S 522–799（278 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE	分辨率 6.00 Å R-free 0.359
4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 121–303（183 aa）链 G 319–421（103 aa）链 G 522–799（278 aa）链 I 121–303（183 aa）链 I 319–421（103 aa）链 I 522–799（278 aa）链 M 121–303（183 aa）链 M 319–421（103 aa）链 M 522–799（278 aa）链 Q 121–303（183 aa）链 Q 319–421（103 aa）链 Q 522–799（278 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE	分辨率 6.00 Å R-free 0.359
4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 W 121–303（183 aa）链 W 319–421（103 aa）链 W 522–799（278 aa）链 Y 121–303（183 aa）链 Y 319–421（103 aa）链 Y 522–799（278 aa）链 c 121–303（183 aa）链 c 319–421（103 aa）链 c 522–799（278 aa）链 g 121–303（183 aa）链 g 319–421（103 aa）链 g 522–799（278 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE	分辨率 6.00 Å R-free 0.359
4WAE Phosphatidylinositol 4-kinase III beta crystallized with ATP 提交 2014-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP residues 130-422, UNP residues 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP residues 130-422, UNP residues 523-799	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 3.32 Å R-free 0.244
4WAG Phosphatidylinositol 4-kinase III beta crystallized with MI103 inhibitor 提交 2014-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP residues 128-422, UNP residues 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP residues 128-422, UNP residues 523-799	未记录	3K7 6-chloro-3-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-methylimidazo[1,2-b]pyridazin-8-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 3.41 Å R-free 0.251
5C46 Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta in complex with GTP gamma S loaded Rab11 提交 2015-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–248（128 aa）链 E 288–407（120 aa）链 E 508–784（277 aa）	突变：S294A 突变：S294A 突变：S294A	SO4 SULFATE ION × 2 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol	分辨率 2.65 Å R-free 0.246
5C4G Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with the inhibitor BQR695 in complex with GDP loaded Rab11 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–248（128 aa）链 E 288–407（120 aa）链 E 508–784（277 aa）	突变：S294A 突变：S294A 突变：S294A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 BQR N~2~-[7-(3,4-dimethoxyphenyl)quinoxalin-2-yl]-N-methylglycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
5EUQ Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with a potent and selective inhibitor in complex with GDP loaded Rab11 提交 2015-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–248（128 aa）链 E 523–799（277 aa）	突变：S294A 突变：S294A	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 5S8 ~{N}-[5-[3-[[(4-hydroxyphenyl)amino]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]-4-methoxy-phenyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl]cyclopentanecarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5FBL PI4KB in complex with Rab11 and the MI356 Inhibitor 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799	未记录	5W9 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-(4-methoxy-3-morpholin-4-ylsulfonyl-phenyl)-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M Lithium chloride, 0.1M Citric acid pH=5, 10% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.37 Å R-free 0.269
5FBQ PI4KB in complex with Rab11 and the MI358 Inhibitor 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799	未记录	5W6 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[3-[4-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]sulfonyl-4-methoxy-phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris PH=7, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 3.79 Å R-free 0.302
5FBR PI4KB in complex with Rab11 and the MI359 Inhibitor 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799	未记录	5W7 ~{N}-[2-[[3-[3-[(4-azanylcyclohexyl)sulfamoyl]-4-methoxy-phenyl]-6-chloranyl-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15M amonium sulfate, 0.1M MES pH=6, 15% PEG 4000	分辨率 3.28 Å R-free 0.264
5FBV PI4KB in complex with Rab11 and the MI364 Inhibitor 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799 链 A 523–799（277 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-799	未记录	5W3 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[3-(2-hydroxyethylsulfamoyl)-4-methoxy-phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethy l]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15M amonium sulfate, 0.1M MEW pH=6, 15% PEG 4000	分辨率 3.29 Å R-free 0.281
5FBW PI4KB in complex with Rab11 and the MI369 Inhibitor 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–422（295 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-729,UNP Residues 128-422, 523-729 链 A 191–467（277 aa）片段：UNP Residues 128-422, 523-729,UNP Residues 128-422, 523-729	未记录	5W8 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[4-methoxy-3-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]sulfamoyl]phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH=6.5, 20% (w/v) PEG 8000	分辨率 3.49 Å R-free 0.283
5NAS Crystal structure of human 14-3-3 zeta in complex with PI4KIIIB peptide 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 289–297（9 aa）片段：UNP residues 289-297 链 D 289–297（9 aa）片段：UNP residues 289-297	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；MES, PEG, ethylene glycol	分辨率 2.08 Å R-free 0.231
6GL3 Crystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta (PI4KIIIbeta) in complex with ligand 44 提交 2018-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 317–428（112 aa）链 A 532–798（267 aa）	未记录	EMW (3~{S})-4-(6-azanyl-1-methyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)-~{N}-(4-methoxy-2-methyl-phenyl)-3-methyl-piperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 22% (w/v) PEG3350, 10 mM Manganese(II)chloride	分辨率 2.77 Å R-free 0.333
6GL3 Crystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta (PI4KIIIbeta) in complex with ligand 44 提交 2018-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 317–428（112 aa）链 B 532–798（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 22% (w/v) PEG3350, 10 mM Manganese(II)chloride	分辨率 2.77 Å R-free 0.333
8Q6F HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 4) 提交 2023-08-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 291–415（125 aa）	突变：R409Q,R412Q	KHR 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-2,5-dimethyl-7-(pyridin-4-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.51 Å R-free 0.224
8Q6G HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 8) 提交 2023-08-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 291–415（125 aa）	突变：R409Q,R412Q	KIH 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.54 Å R-free 0.221
8VOF GI targeted CpPI4K inhibitor 提交 2024-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–407（287 aa）	突变：L294A,L374Y,P597Y	A1ADE methyl 2-chloro-5-(methyl{(8R)-3-[4-(methylcarbamoyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-5-carbonyl}amino)benzoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.5M ammonium sulfate, 0.088M sodium citrate, 0.875M lithium sulfate, 2.4% glycerol, 2.5% ethylene glycol, 50mM HEPES pH 6.8	分辨率 3.00 Å R-free 0.270

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PI4KB_HUMAN
Isoform	Q9UBF8-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–126； UniProt 291–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q6h
沉积日期 deposition_date	2023-08-11
结构标题 title	HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 11)
关键词 keywords	LIPID KINASE, TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, COVALENT INHIBITOR., TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.28 Å
零角强度 I(0) i0	32382200.00
分子量 molecular_weight	44677.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56344 Å³
包络体积 envelope_volume	68918 Å³
水化壳体积 shell_volume	24786 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.11 Å
包络 Rg envelope_rg	23.69 Å
形状 Rg shape_rg	23.26 Å
总 Rg total_rg	24.17 Å
总原子数 total_atoms	3139
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8643
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.201
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5296000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 4-kinase beta
分子量 formula_weight	48403.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.67
突变 mutation	R409Q,R412Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3420

GRTASNPKVENEDEPVRLAPEREFIKSLMAIGKRLATLPTKEQKTQRLISELSLLNHKLPARVWLPTAGFDHHVVRVPHTQAVVLNSKDKAPYLIYVEVLECENFDTTSVPARIPENRIQSTQSVETAFKRDPEDPSAVALKEPWQEKVRRIREGSPYGHLPNWRLLSVIVKCGDDLRQELLAFQVLKQLQSIWEQERVPLWIKPYKILVISADSGMIEPVVNAVSIHQVKKQSQLSLLDYFLQEHGSYTTEAFLSAQRNFVQSCAGYCLVCYLLQVKDRHNGNILLDAEGHIIHIDFGFILSSSPRNLGFETSAFKLTTEFVDVMGGLDGDMFNYYKMLMLQGLIAARKHMDKVVQIVEIMQQGSQLPCFHGSSTIRNLKERFHMSMTEEQLQLLVEQMVDGSMRSITTKLYDGFQYLTNGIM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine
分子量 formula_weight	554.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.839 Å
晶胞边长 b length_b	67.845 Å
晶胞边长 c length_c	107.033 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1727
R_work r_work	0.1695
R_free r_free	0.2368

fit	/app/data/saxs_computation/q6/8q6h/8q6h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q6/8q6h/8q6h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q6/8q6h/8q6h.dat

HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 11)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)