8q6i

Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q6i
沉积日期 deposition_date	2023-08-11
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution)
关键词 keywords	Cholera toxin, Vibrio cholerae, Bacterial toxin, E. coli heat-labile enterotoxin, Chimera, Holotoxin, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.79 Å
零角强度 I(0) i0	120561000.00
分子量 molecular_weight	84977.0 kDa
排除体积 excluded_volume	105750 Å³
包络体积 envelope_volume	124850 Å³
水化壳体积 shell_volume	37874 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.94 Å
包络 Rg envelope_rg	26.81 Å
形状 Rg shape_rg	26.81 Å
总 Rg total_rg	27.50 Å
总原子数 total_atoms	5967
残基数 n_residues	741
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7012
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.119
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin subunit A
分子量 formula_weight	27256.0 kDa
突变 mutation	D229E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6874

NDDKLYRADSRPPDEIKQSGGLMPRGQSEYFDRGTQMNINLYDHARGTQTGFVRHDDGYVSTSISLRSAHLVGQTILSGHSTYYIYVIATAPNMFNVNDVLGAYSPHPDEQEVSALGGIPYSQIYGWYRVHFGVLDEQLHRNRGYRDRYYSNLDIAPAADGYGLAGFPPEHRAWREEPWIHHAPPGCGNAPRSSMSNTCDEKTQSLGVKFLDEYQSKVKRQIFSGYQSEIDTHNRIKDEL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae O1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	127906
宿主生物 host_organism	Vibrio natriegens

Entity 2 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin subunit B
分子量 formula_weight	11623.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H

TPQNITDLCAEYHNTQIHTLNDKIFSYTESLAGKREMAIITFKNGATFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRIAYLTEAKVEKLCVWNNKTPHAIAAISMAN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae O1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	127906
宿主生物 host_organism	Vibrio natriegens

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	408

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.308 Å
晶胞边长 b length_b	91.091 Å
晶胞边长 c length_c	72.291 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.603 Å
最低分辨率 resolution_low	48.840 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2215

fit	/app/data/saxs_computation/q6/8q6i/8q6i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q6/8q6i/8q6i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q6/8q6i/8q6i.dat

Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)