SAXSdb — 8q7s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q7s
沉积日期 deposition_date	2023-08-16
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01
关键词 keywords	SARS-CoV-2, VHH Antibody, Nanobody, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.85 Å
零角强度 I(0) i0	826830000.00
分子量 molecular_weight	234170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290950 Å³
包络体积 envelope_volume	416570 Å³
水化壳体积 shell_volume	74424 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.85 Å
包络 Rg envelope_rg	46.25 Å
形状 Rg shape_rg	47.82 Å
总 Rg total_rg	48.09 Å
总原子数 total_atoms	16486
残基数 n_residues	2133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.2 Å
Rg (实空间) rg_real	48.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	826900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8319
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.196
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.627
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21949.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M
原子数 atom_count	16729

EGSNLCPFGEVFDATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCG

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	VHH Antibody Re21H01
分子量 formula_weight	12350.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N

GSQVQLVESGGALVQPGGSLRLSCVASGFTFSSFAMGWYRQAPGKECEWVATITITGGSTNYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCNPDPGCRGGGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 3 polymer

描述 description	VHH Antibody Ma6F06
分子量 formula_weight	14052.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O

EGSQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCETSGITLDYYAIGWFLQVPGKEREGVACMRNWDGSTLYAPSVKGRFTISRDADKEVAYLEMNSLKSEDTGVYYCAAGPLPPGHSCRIPTPLGYDDWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE
分子量 formula_weight	162.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	220

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7. 引用文献 (6)

;Nanobodies to multiple spike variants and inhalation of nanobody-containing aerosols neutralize SARS-CoV-2 in cell culture and hamsters. ;

Antiviral Res. (2023)

PMID: 38065245 · DOI: 10.1016/j.antiviral.2023.105778 PRIMARY

Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.

Acta Crystallogr D Struct Biol (2019)

PMID: 31588918 · DOI: 10.1107/S2059798319011471

Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2012)

PMID: 22505256 · DOI: 10.1107/S0907444912001308

XDS

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2010)

PMID: 20124692 · DOI: 10.1107/S0907444909047337

Features and development of Coot.

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2010)

PMID: 20383002 · DOI: 10.1107/S0907444910007493

Solving structures of protein complexes by molecular replacement with Phaser.

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2007)

PMID: 17164524 · DOI: 10.1107/S0907444906045975

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晶胞边长 a length_a	66.235 Å
晶胞边长 b length_b	100.836 Å
晶胞边长 c length_c	192.173 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.250 Å
R 因子 r_factor	0.2336
R_work r_work	0.2325
R_free r_free	0.2827

fit	/app/data/saxs_computation/q7/8q7s/8q7s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q7/8q7s/8q7s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q7/8q7s/8q7s.dat

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (6)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)