8qek

Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Capsid protein × 12 （A1YTP2） Baseplate hub assembly protein × 6 （A1YTN9） Capsid protein × 6 （A1YTN7） Putative neck protein × 12 （A1YTN6） Major tail sheath protein × 18 （A0A0U1WZ79） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U1WIV9_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–563； UniProt 1–563 作者链 p； PDB构建体 1–563； UniProt 1–563

Capsid protein

物种未注明

UniProt A1YTP2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Portal protein × 12 （A0A0U1WIV9） Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Baseplate hub assembly protein × 6 （A1YTN9） Capsid protein × 6 （A1YTN7） Putative neck protein × 12 （A1YTN6） Major tail sheath protein × 18 （A0A0U1WZ79） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1YTP2_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 G； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Baseplate hub assembly protein

物种未注明

UniProt A1YTN9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Portal protein × 12 （A0A0U1WIV9） Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Capsid protein × 12 （A1YTP2） Capsid protein × 6 （A1YTN7） Putative neck protein × 12 （A1YTN6） Major tail sheath protein × 18 （A0A0U1WZ79） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1YTN9_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

Capsid protein

物种未注明

UniProt A1YTN7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Portal protein × 12 （A0A0U1WIV9） Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Capsid protein × 12 （A1YTP2） Baseplate hub assembly protein × 6 （A1YTN9） Putative neck protein × 12 （A1YTN6） Major tail sheath protein × 18 （A0A0U1WZ79） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1YTN7_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292

Putative neck protein

物种未注明

UniProt A1YTN6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Portal protein × 12 （A0A0U1WIV9） Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Capsid protein × 12 （A1YTP2） Baseplate hub assembly protein × 6 （A1YTN9） Capsid protein × 6 （A1YTN7） Major tail sheath protein × 18 （A0A0U1WZ79） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1YTN6_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302 作者链 c； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302

Major tail sheath protein

物种未注明

UniProt A0A0U1WZ79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 12	Portal protein × 12 （A0A0U1WIV9） Anchor DNA forward strand (120-MER) × 6 Anchor DNA reverse strand (120-MER) × 6 Capsid protein × 12 （A1YTP2） Baseplate hub assembly protein × 6 （A1YTN9） Capsid protein × 6 （A1YTN7） Putative neck protein × 12 （A1YTN6） ZINC ION × 18	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U1WZ79_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–587； UniProt 1–587 作者链 I； PDB构建体 1–587； UniProt 1–587 作者链 O； PDB构建体 1–587； UniProt 1–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qek
沉积日期 deposition_date	2023-08-31
结构标题 title	Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite)
关键词 keywords	phage, neck, tail, connector, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qek__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qek__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qek__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	135.90 Å
总 Rg	136.40 Å
原子数	194880
残基数	22230
排除体积	3371400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qek__assembly_1__model_1`	78-meric （78）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	64155.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p,D
原子数 atom_count	32480

MADLFKQFRLGKDYGNNSTIAQVPIDEGLQANIKKIEQDNKEYQDLTKSLYGQQQAYAEPFIEMMDTNPEFRDKRSYMKNEHNLHDVLKKFGNNPILNAIILTRSNQVAMYCQPARYSEKGLGFEVRLRDLDAEPGRKEKEEMKRIEDFIVNTGKDKDVDRDSFQTFCKKIVRDTYIYDQVNFEKVFNKNNKTKLEKFIAVDPSTIFYATDKKGKIIKGGKRFVQVVDKRVVASFTSRELAMGIRNPRTELSSSGYGLSEVEIAMKEFIAYNNTESFNDRFFSHGGTTRGILQIRSDQQQSQHALENFKREWKSSLSGINGSWQIPVVMADDIKFVNMTPTANDMQFEKWLNYLINIISALYGIDPAEIGFPNRGGATGSKGGSTLNEADPGKKQQQSQNKGLQPLLRFIEDLVNRHIISEYGDKYTFQFVGGDTKSATDKLNILKLETQIFKTVNEAREEQGKKPIEGGDIILDASFLQGTAQLQQDKQYNDGKQKERLQMMMSLLEGDNDDSEEGQSTDSSNDDKEIGTDAQIKGDDNVYRTQTSNKGQGRKGEKSSDFKH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anchor DNA forward strand (120-MER)
分子量 formula_weight	36242.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

TACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATCTACACTTATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Anchor DNA reverse strand (120-MER)
分子量 formula_weight	37791.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

GATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTAGATAAGTGTA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	15943.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G

MASEAKQTVHTGNTVLLMIKGKPVGRAQSASGQREYGTTGVYEIGSIMPQEHVYLRYEGTITVERLRMKKENFADLGYASLGEEILKKDIIDILVVDNLTKQVIISYHGCSANNYNETWQTNEIVTEEIEFSYLTASDKART

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Baseplate hub assembly protein
分子量 formula_weight	31799.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAITSVDSYLLSEIKPRLNTVLENCYIIDEVLKDFDYQTRESFKEAFCGKNAQHEVTVGFNFPKFKNNYEAHYLIQLGQGQETKNSLGSIQSSYFEATGDTLVESSTAIREDDKLVFTVSKPIGELIKVEDIEFAKYDNLQVEGNKVSFKYQTNEDYENYNANIIFTEKKNDSKGLVKGFTVEEQVTVVGLSFNVDVARCLDAVLKMILISMRDSIEEQQTFQLQNLSFGDIAPIIEDGDSMIFGRPTIIKYTSSLDLDYTITQDINKLTFKERKDWK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	33757.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MEKPYMIGANSNPNVINKSTTYTTTTQADEQDKPKYTTRLEFDTIDMIRFINDRGIKVLWEEAYFCPCLNPDTGHPRVDCPRCHGKGIAYLPPKETIMAIQSQEKGTNQLDIGILDTGTAIGTTQLEKRISYRDRFTVPEVLMPQQMIYFVNKDRIKKGIPLYYDVKEITYIATQDGTVYEEDYEIKNNRLYLNEKYENHTVTLKILMTLRYVVSDILKESRYQYTKFNQPKSKFENLPQKLLLKREDVIVLQDPYKVNDGIEEDLEIQVDDPKASASNPSNLGGFFGGAFK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Putative neck protein
分子量 formula_weight	34191.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,c

MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILERAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPTALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWGNLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Major tail sheath protein
分子量 formula_weight	64559.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I,O

MAVEPFPRRPITRPHASIEVDTSGIGGSAGSSEKVFCLIGQAEGGEPNTVYELRNYSQAKRLFRSGELLDAIELAWGSNPNYTAGRILAMRIEDAKPASAEIGGLKITSKIYGNVANNIQVGLEKNTLSDSLRLRVIFQDDRFNEVYDNIGNIFTIKYKGEEANATFSVEHDEETQKASRLVLKVGDQEVKSYDLTGGAYDYTNAIITDINQLPDFEAKLSPFGDKNLESSKLDKIENANIKDKAVYVKAVFGDLEKQTAYNGIVSFEQLNAEGEVPSNVEVEAGEESATVTATSPIKTIEPFELTKLKGGTNGEPPATWADKLDKFAHEGGYYIVPLSSKQSVHAEVASFVKERSDAGEPMRAIVGGGFNESKEQLFGRQASLSNPRVSLVANSGTFVMDDGRKNHVPAYMVAVALGGLASGLEIGESITFKPLRVSSLDQIYESIDLDELNENGIISIEFVRNRTNTFFRIVDDVTTFNDKSDPVKAEMAVGEANDFLVSELKVQLEDQFIGTRTINTSASIIKDFIQSYLGRKKRDNEIQDFPAEDVQVIVEGNEARISMTVYPIRSFKKISVSLVYKQQTLQA

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17304

Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baseplate hub assembly protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative neck protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Major tail sheath protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qek__assembly_1__model_1

8qek__assembly_1__model_1 | I(q)

8qek__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)