8qv3

Structure of the y-Tubulin Small Complex (yTuSC) as part of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping microtubule minus ends at the spindle pole body

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin gamma chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Spindle pole body component × 1 （A0A8H4C290） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4BVY6） Spindle pole body component 110 × 2 （A0A8H8UNQ3） Tubulin alpha-1 chain × 2 （P09733） Tubulin beta chain × 2 （A0A6A5PXT5） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H4BZN3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–473； UniProt 1–473 作者链 d； PDB构建体 1–473； UniProt 1–473

Spindle pole body component

物种未注明

UniProt A0A8H4C290

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Tubulin gamma chain × 2 （A0A8H4BZN3） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4BVY6） Spindle pole body component 110 × 2 （A0A8H8UNQ3） Tubulin alpha-1 chain × 2 （P09733） Tubulin beta chain × 2 （A0A6A5PXT5） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H4C290_YEASX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823

Spindle pole body component

物种未注明

UniProt A0A8H4BVY6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Tubulin gamma chain × 2 （A0A8H4BZN3） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4C290） Spindle pole body component 110 × 2 （A0A8H8UNQ3） Tubulin alpha-1 chain × 2 （P09733） Tubulin beta chain × 2 （A0A6A5PXT5） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H4BVY6_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–846； UniProt 1–846

Spindle pole body component 110

物种未注明

UniProt A0A8H8UNQ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Tubulin gamma chain × 2 （A0A8H4BZN3） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4C290） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4BVY6） Tubulin alpha-1 chain × 2 （P09733） Tubulin beta chain × 2 （A0A6A5PXT5） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H8UNQ3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Sc； PDB构建体 1–944； UniProt 1–944 作者链 Sd； PDB构建体 1–944； UniProt 1–944

Tubulin alpha-1 chain

物种未注明

UniProt P09733

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Tubulin gamma chain × 2 （A0A8H4BZN3） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4C290） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4BVY6） Spindle pole body component 110 × 2 （A0A8H8UNQ3） Tubulin beta chain × 2 （A0A6A5PXT5） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Ac； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 Ad； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt A0A6A5PXT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Tubulin gamma chain × 2 （A0A8H4BZN3） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4C290） Spindle pole body component × 1 （A0A8H4BVY6） Spindle pole body component 110 × 2 （A0A8H8UNQ3） Tubulin alpha-1 chain × 2 （P09733） Unknown protein × 1 Unknown protein × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6A5PXT5_YEASX
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Bc； PDB构建体 1–457； UniProt 1–457 作者链 Bd； PDB构建体 1–457； UniProt 1–457

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qv3
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Structure of the y-Tubulin Small Complex (yTuSC) as part of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping microtubule minus ends at the spindle pole body
关键词 keywords	Microtubule nucleation, MTOC, y-tubulin, SPB, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qv3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qv3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qv3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.82 Å
Rg（电子密度）	70.78 Å
总 Rg	70.61 Å
原子数	33812
残基数	4267
排除体积	598850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qv3__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin gamma chain
分子量 formula_weight	52671.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,d
原子数 atom_count	33813

MGGEIITLQAGQCGNHVGKFLWSQLAKEHAIGTDGLSQLPDSSTERDDDTKPFFRENSRNKFTPRAIMMDSEPSVIADVENTFRGFFDPRNTWVASDGASAGNSWANGYDIGTRNQDDILNKIDKEIDSTDNFEGFQLLHSVAGGTGSGLGSNLLEALCDRYPKKILTTYSVFPARSSEVVVQSYNTILALRRLIEDSDATVVFDNASLLNISGKVFRNPNIDLQHTNQLISTIISSVTNSIRFPSYMYSSMSSIYSTLIPSPELHFLSPSFTPFTSDYIHDDIAHKGHSSYDVMLDLLDPSNSLVSTAMNNPTYFNVYNTIIGNVEPRQISRAMTKLQQRIKFPSWSSSAMHVNIGRRSPYLPLQPNENEVSGMMLSNMSTVVNVFENACNTFDKVFAKGAFLNNYNVGDLFQSMQNVQDEFAESREVVQSLMEDYVAAEQDSYLDDVLVDDENMVGELEEDLDADGDHKLV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spindle pole body component
分子量 formula_weight	96940.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MEIKEVDDRAELLRYTNNIPLLGKLVNHQPLWSTNPKLKSFSLEKISAPDQRRVQEALVVKDLLNVLIGLEGTYIRYFNDYEPSDPETPIEFKIAKKMDPSFKTFSRRIVRYGKQYMILTRAYEKWSDTSFGMVLQRFAYEIRRFLEDVYLKTLVERLERDFNKVPNFSIRELEQIINETEVNKQMELLYNIYEEIFREIEERRTNQSSQEDFNNFMDSMKNESSLHLRLMVAFDTTVYPVPKGGAILKIFQQKILENLGDRSSVMFLKKLLNNISQDYCTMLYEWLTQGILNDPYQEFMTYDDLEGKTDNIFDTRDRAWDTQYFIRKDVLLRDCDSEEDKNLLFKMLRTGILLKVVRASLQIPTIPSNSSDITIQEINDFADLMEGSNLELYVDKCYSRANEIFLKLFFQGYDLINVLKHLQQIFLGYQSGHNVLKFLTKNMGELTKHYRNDNNANYDKLLQNFELERQSENPNNLMRQLLMIQFDTETLPQVLSHYLQIYPEVPENNSANDDSDPLMHANNFKNMNAILFDELSKERTGAYHGSNLELYTPKSAIYHLKFDINIPYPLNIIISRTCMIKYQIILRYQLVLQYHSRLLDETWMDLNKTPSWKYRGYSHTVKRRIVRATRVLHAKMNHFIKTIMEYFNQNVIDKEVYSLEKCYRNPTLAVAIQNELEGGLTNIMTNRCLSDLIPLQLQIFDIVYKFCKFIKSMRAKLCQLDPVLYEKHKSGMMKTLNEGYRTNNGGQEDVGYQEDAALELIQKLIEYISNASSIFRKCLINFTQELSTEKFDFYDSSSVDAAGIERVLYSIVPPRSASASSQR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Spindle pole body component
分子量 formula_weight	98336.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MELEPTLFGIIEALAPQLLSQSHLQTFVSDVVNLLRSSTKSATQLGPLIDFYKLQSLDSPETTIMWHKIEKFLDALFGIQNTDDMVKYLSVFQSLLPSNYRAKIVQKSSGLNMENLANHEHLLSPVRAPSIYTEASFENMDRFSERRSMVSSPNRYVPSSTYSSVTLRQLSNPYYVNTIPEEDILKYVSYTLLATTSALFPFDHEQIQIPSKIPNFESGLLHLIFEAGLLYQSLGYKVEKFRMLNISPMKKALIIEISEELQNYTAFVNNLVSSGTVVSLKSLYREIYENIIRLRIYCRFTEHLEELSGDTFLIELNIFKSHGDLTIRKIATNLFNSMISLYYEYLMNWLTKGLLRATYGEFFIAENTDTNGTDDDFIYHIPIEFNQERVPAFIPKELAYKIFMIGKSYIFLEKYCKEVQWTNEFSKKYHVLYQSNSYRGISTNFFEIINDQYSEIVNHTNQILNQKFHYRDVVFALKNILLMGKSDFMDALIEKANDILATPSDSLPNYKLTRVLQEAVQLSSLRHLMNSPRNSSVINGLDARVLDLGHGSVGWDVFTLDYILYPPLSLVLNVNRPFGRKEYLRIFNFLWRFKKNNYFYQKEMLKSNDIIRSFKKIRGYNPLIRDIINKLSRISILRTQFQQFNSKMESYYLNCIIEENFKEMTRKLQRTENKSQNQFDLIRLNNGTIELNGILTPKAEVLTKSSSSKPQKHAIEKTLNIDELESVHNTFLTNILSHKLFATNTSEISVGDYSGQPYPTSLVLLLNSVYEFVKVYCNLNDIGYEIFIKMNLNDHEASNGLLGKFNTNLKEIVSQYKNFKDRLYIFRADLKNDGDEELFLLSKSLR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Spindle pole body component 110
分子量 formula_weight	111987.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Sc,Sd

MDEASHLPNGSLKNMEFTPVGFIKSKRNTTQTQVVSPTKVPNANNGDENEGPVKKRQRRSIDDTIDSTRLFSEASQFDDSFPEIKANIPPSPRSGNVDKSRKRNLIDDLKKDVPMSQPLKEQEVREHQMKKERFDRALESKLLGKRHITYANSDISNKELYINEIKSLKHEIKELRKEKNDTLNNYDTLEEETDDLKNRLQALEKELDAKNKIVNSRKVDDHSGCIEEREQMERKLAELERKLKTVKDQVLELENNSDVQSLKLRSKEDELKNLMNELNELKSNAEEKDTQLEFKKNELRKRTNELNELKIKSDEMDLQLKQKQNESKRLKDELNELETKFSENGSQSSAKENELKMLKNKIAELEEEISTKNSQLIAKEGKLASLMAQLTQLESKLNQRDSQLGSREEELKKTNDKLQKDIRIAREETVSKDERIIDLQKKVKQLENDLFVIKKTHSESKTITDNELESKDKLIKILENDLKVAQEKYSKMEKELKEREFNYKISESKLEDEKTTLNEKISNLAAENSQLKNKIEDNSTATHHMKENYEKQLESLRKDIEEYKESAKDSEDKIEELKIRIAENSAKVSEKRSKDIKQKDEQISDLTQNLKLQEDEISSLKSIIDRYKKDFNQLKSEQSNIQHDLNLQILNLENKLIESEDELKSLRDSQKIEIENWKRKYNNLSLENDRLLTEKESASDKEREISILNRKLDEMDKEKWNLQESKEKYKRELQKVITANDRLRREKEELNENSNNIRIMEDKMTRIKKNYLSEITSLQEENRRLEERLILNERRKDNDSTMQLNDIISYYKLKYHSEVRHNNDLKVINDYLNKVLALGTRRLRLDTRKGEHSLNISLPDDDELDRDYYNSHVYTRYHDYEYPLRFNLNRRGPYFERRLSFKTVALLVLACVRMKRIAFYRRSDDNRLRILRDRIESSSGRISW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1 chain
分子量 formula_weight	49853.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ad,Ac

MREVISINVGQAGCQIGNACWELYSLEHGIKPDGHLEDGLSKPKGGEEGFSTFFHETGYGKFVPRAIYVDLEPNVIDEVRNGPYKDLFHPEQLISGKEDAANNYARGHYTVGREILGDVLDRIRKLADQCDGLQGFLFTHSLGGGTGSGLGSLLLEELSAEYGKKSKLEFAVYPAPQVSTSVVEPYNTVLTTHTTLEHADCTFMVDNEAIYDMCKRNLDIPRPSFANLNNLIAQVVSSVTASLRFDGSLNVDLNEFQTNLVPYPRIHFPLVSYSPVLSKSKAFHESNSVSEITNACFEPGNQMVKCDPRDGKYMATCLLYRGDVVTRDVQRAVEQVKNKKTVQLVDWCPTGFKIGICYEPPTATPNSQLATVDRAVCMLSNTTSIAEAWKRIDRKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFTEAREDLAALERDYIEVGADSYAEEEEF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	50967.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Bd,Bc

MREIIHISTGQCGNQIGAAFWETICGEHGLDFNGTYHGHDDIQKERLNVYFNEASSGKWVPRSINVDLEPGTIDAVRNSAIGNLFRPDNYIFGQSSAGNVWAKGHYTEGAELVDSVMDVIRREAEGCDSLQGFQITHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEFPDRMMATFSVLPSPKTSDTVVEPYNATLSVHQLVEHSDETFCIDNEALYDICQRTLKLNQPSYGDLNNLVSSVMSGVTTSLRYPGQLNSDLRKLAVNLVPFPRLHFFMVGYAPLTAIGSQSFRSLTVPELTQQMFDAKNMMAAADPRNGRYLTVAAFFRGKVSVKEVEDEMHKVQSKNSDYFVEWIPNNVQTAVCSVAPQGLDMAATFIANSTSIQELFKRVGDQFSAMFKRKAFLHWYTSEGMDELEFSEAESNMNDLVSEYQQYQEATVEDDEEVDENGDFGAPQNQDEPITENFE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Unknown protein
分子量 formula_weight	5720.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Uc

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Unknown protein
分子量 formula_weight	5294.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ud

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31720

Structure of the y-Tubulin Small Complex (yTuSC) as part of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping microtubule minus ends at the spindle pole body

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spindle pole body component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spindle pole body component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spindle pole body component 110

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin alpha-1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qv3__assembly_1__model_1

8qv3__assembly_1__model_1 | I(q)

8qv3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)