8r80

SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r80
沉积日期 deposition_date	2023-11-27
结构标题 title	SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody
关键词 keywords	SARS-CoV-2, RBD, BA.2.86, XBB.1.5, XBB.1.5.10, XBB.1.5.70, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.43 Å
零角强度 I(0) i0	402987000.00
分子量 molecular_weight	161220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	200870 Å³
包络体积 envelope_volume	272130 Å³
水化壳体积 shell_volume	59414 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.20 Å
包络 Rg envelope_rg	37.95 Å
形状 Rg shape_rg	38.40 Å
总 Rg total_rg	38.87 Å
总原子数 total_atoms	11360
残基数 n_residues	1479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	403000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8582
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.130
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	XBB-9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23516.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	11366

QVQLVETGGGLVQPGGSLRLSCEASEIIVSANYMTWVRQAPGKGLEWVSLIYPGGTTYLSDSLKGRFTVSRDNSKNTMNLEMNSLRAGDTAVYYCARLIVGGIAGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	XBB-9 Fab light chain
分子量 formula_weight	23486.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCQATHDINKFLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGFGTTFTFTISSLQPEDIATYFCHQYENIPPIFGPGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	22935.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

HHHHHHTNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGKK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	anti-Fab nanobody
分子量 formula_weight	14848.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,J

MAGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.538 Å
晶胞边长 b length_b	126.398 Å
晶胞边长 c length_c	164.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	4.030 Å
最低分辨率 resolution_low	65.640 Å
R 因子 r_factor	0.2706
R_work r_work	0.2684
R_free r_free	0.3133

fit	/app/data/saxs_computation/r8/8r80/8r80.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r8/8r80/8r80.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r8/8r80/8r80.dat

SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)