8rdu

Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 236.1 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ShCas12k

Scytonema hofmannii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 25 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：32-meric（32）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 4–641	未记录	sgRNA × 1 Non-target strand - LE × 1 Target strand -LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （A0A139X9A4） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） ShTnsC × 14 （A0A8J0PCL3） TnsB × 8 （A0A979HMQ2） MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8RDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7PLA Cryo-EM structure of ShCas12k in complex with a sgRNA and a dsDNA target 提交 2021-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–641（641 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–641（641 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8RKT Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K Cas12k domain local-refinement map 提交 2023-12-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 4–641（638 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A8X6EH11_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 61–698； UniProt 4–641

Small ribosomal subunit protein uS15

Scytonema hofmannii

UniProt A0A139X9A4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 25 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：32-meric（32）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–89	未记录	sgRNA × 1 Non-target strand - LE × 1 Target strand -LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 ShCas12k × 1 （A0A8X6EH11） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） ShTnsC × 14 （A0A8J0PCL3） TnsB × 8 （A0A979HMQ2） MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8RKT Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K Cas12k domain local-refinement map 提交 2023-12-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–89（89 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A139X9A4_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–90； UniProt 1–89

TniQ

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8J0PCL5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 25 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：32-meric（32）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–167	未记录	sgRNA × 1 Non-target strand - LE × 1 Target strand -LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 ShCas12k × 1 （A0A8X6EH11） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （A0A139X9A4） ShTnsC × 14 （A0A8J0PCL3） TnsB × 8 （A0A979HMQ2） MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BD4 TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 R 1–167（167 aa）链 S 1–167（167 aa）链 T 1–167（167 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 Q 1–167（167 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8EA4 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration 提交 2022-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：31-meric	链 Q 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8RKT Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K Cas12k domain local-refinement map 提交 2023-12-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A8J0PCL5_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

ShTnsC

Scytonema hofmannii

UniProt A0A8J0PCL3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 25 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：32-meric（32）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 2–276 链 E； UniProt 2–276 链 F； UniProt 2–276 链 G； UniProt 2–276 链 H； UniProt 2–276 链 I； UniProt 2–276 链 J； UniProt 2–276 链 K； UniProt 2–276 链 L； UniProt 2–276 链 M； UniProt 2–276 链 N； UniProt 2–276 链 O； UniProt 2–276 链 P； UniProt 2–276 链 Q； UniProt 2–276	未记录	sgRNA × 1 Non-target strand - LE × 1 Target strand -LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 ShCas12k × 1 （A0A8X6EH11） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （A0A139X9A4） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） TnsB × 8 （A0A979HMQ2） MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BD4 TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–276（276 aa）链 B 1–276（276 aa）链 C 1–276（276 aa）链 D 1–276（276 aa）链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8BD5 Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）链 H 1–276（276 aa）链 I 1–276（276 aa）链 J 1–276（276 aa）链 K 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8BD6 Cas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex. 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：pentadecameric	链 R 1–276（276 aa）链 S 1–276（276 aa）链 T 1–276（276 aa）链 U 1–276（276 aa）链 V 1–276（276 aa）链 W 1–276（276 aa）链 X 1–276（276 aa）链 Y 1–276（276 aa）链 Z 1–276（276 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric	链 A 1–276（276 aa）链 B 1–276（276 aa）链 C 1–276（276 aa）链 D 1–276（276 aa）链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）链 H 1–276（276 aa）链 I 1–276（276 aa）链 J 1–276（276 aa）链 K 1–276（276 aa）链 L 1–276（276 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8EA4 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration 提交 2022-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：31-meric	链 A 1–276（276 aa）链 B 1–276（276 aa）链 C 1–276（276 aa）链 D 1–276（276 aa）链 E 1–276（276 aa）链 F 1–276（276 aa）链 G 1–276（276 aa）链 H 1–276（276 aa）链 I 1–276（276 aa）链 J 1–276（276 aa）链 K 1–276（276 aa）链 L 1–276（276 aa）链 M 1–276（276 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8RKU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsC domain local-refinement map 提交 2023-12-30	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 D 2–276（275 aa）链 E 2–276（275 aa）链 F 2–276（275 aa）链 G 2–276（275 aa）链 H 2–276（275 aa）链 I 2–276（275 aa）链 J 2–276（275 aa）链 K 2–276（275 aa）链 L 2–276（275 aa）链 M 2–276（275 aa）链 N 2–276（275 aa）链 O 2–276（275 aa）链 P 2–276（275 aa）链 Q 2–276（275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8J0PCL3_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 E； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 F； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 G； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 H； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 I； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 J； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 K； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 L； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 M； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 N； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 O； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 P； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276 作者链 Q； PDB构建体 2–276； UniProt 2–276

TnsB

Scytonema hofmannii

UniProt A0A979HMQ2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 25 DNA 6 RNA 1 PDB 声明：32-meric（32）与全部聚合物数一致	链 R； UniProt 2–584 链 S； UniProt 2–584 链 T； UniProt 2–584 链 U； UniProt 2–584 链 r； UniProt 2–584 链 s； UniProt 2–584 链 t； UniProt 2–584 链 u； UniProt 2–584	未记录	sgRNA × 1 Non-target strand - LE × 1 Target strand -LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 ShCas12k × 1 （A0A8X6EH11） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （A0A139X9A4） TniQ × 1 （A0A8J0PCL5） ShTnsC × 14 （A0A8J0PCL3） MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8RKV Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsB domain local-refinement map 提交 2023-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 R 2–584（583 aa）链 S 2–584（583 aa）链 T 2–584（583 aa）链 U 2–584（583 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A979HMQ2_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 S； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 T； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 U； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 r； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 s； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 t； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 u； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rdu
沉积日期 deposition_date	2023-12-08
结构标题 title	Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map
关键词 keywords	CRISPR-associated Transposon genome editing transposition, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	80.47 Å
零角强度 I(0) i0	13836600000.00
分子量 molecular_weight	872440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1041900 Å³
包络体积 envelope_volume	1688900 Å³
水化壳体积 shell_volume	185860 Å³
包络直径 envelope_diameter	315.9 Å
壳层 Rg shell_rg	71.28 Å
包络 Rg envelope_rg	80.62 Å
形状 Rg shape_rg	80.42 Å
总 Rg total_rg	80.49 Å
总原子数 total_atoms	60568
残基数 n_residues	6629
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	236.1 Å
Rg (实空间) rg_real	76.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3320e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7230e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13700000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5192
最高正则化参数 α highest_alpha	1402000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 0.982; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.079

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	sgRNA
分子量 formula_weight	84006.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	61430

GGAUAUUAAUAGCGCCGCAAUUCAUGCUGCUUGCAGCCUCUGAAUUUUGUUAAAUGAGGGUUAGUUUGACUGUAUAAAUACAGUCUUGCUUUCUGACCCUGGUAGCUGCUCACCCUGAUGCUGCUGUCAAUAGACAGGAUAGGUGCGCUCCCAGCAAUAAGGGCGCGGAUGUACUGCUGUAGUGGCUACUGAAUCACCCCCGAUCAAGGGGGAACCCUCCAAAAGGUGGGUUGAAAGGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-target strand - LE
分子量 formula_weight	20961.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

GTGAAGGTTCTCTTCAGTATTAATAAGGCCACTGTTAAAACGTACTATATAGACATCTCCACAAAAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Target strand -LE
分子量 formula_weight	40822.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

AATTAAATAGTCACAATGACATTAATCTGTCACCGACGACAGATAATTTGTCACTGTACACTACGCCTTTTGTGGAGATGTCTAATATCTACGTTTTAACAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCAACCTTCAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	LE
分子量 formula_weight	23238.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	4

AAAAAAAAAAAAAAATGTACAGTGACAAATTATCTGTCGTCGGTGACAGATTAATGTCATTGTGACTATTTAATT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RE
分子量 formula_weight	22876.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

AAAAAAAAAAAAAAATGTACAGTGACTAATTATATGTCGTTGTGACAAATTATTGTCATCAGTAAAATCCTTAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Non-target strand - RE
分子量 formula_weight	24402.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

ATAAGGATTTTACTGATGACAATAATTTGTCACAACGACATATAATTAGTCACTGTACACGTAGAGACGTAGCAATGCT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Target strand
分子量 formula_weight	4560.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	7

AGCATTGCTACGTCT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	ShCas12k
分子量 formula_weight	79479.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKENLYFQGGSSQITIQARLISFESNRQQLWKLMADLNTPLINELLCQLGQHPDFEKWQQKGKLPSTVVSQLCQPLKTDPRFAGQPSRLYMSAIHIVDYIYKSWLAIQKRLQQQLDGKTRWLEMLNSDAELVELSGDTLEAIRVKAAEILAIAMPASESDSASPKGKKGKKEKKPSSSSPKRSLSKTLFDAYQETEDIKSRSAISYLLKNGCKLTDKEEDSEKFAKRRRQVEIQIQRLTEKLISRMPKGRDLTNAKWLETLLTATTTVAEDNAQAKRWQDILLTRSSSLPFPLVFETNEDMVWSKNQKGRLCVHFNGLSDLIFEVYCGNRQLHWFQRFLEDQQTKRKSKNQHSSGLFTLRNGHLVWLEGEGKGEPWNLHHLTLYCCVDNRLWTEEGTEIVRQEKADEITKFITNMKKKSDLSDTQQALIQRKQSTLTRINNSFERPSQPLYQGQSHILVGVSLGLEKPATVAVVDAIANKVLAYRSIKQLLGDNYELLNRQRRQQQYLSHERHKAQKNFSPNQFGASELGQHIDRLLAKAIVALARTYKAGSIVLPKLGDMREVVQSEIQAIAEQKFPGYIEGQQKYAKQYRVNVHRWSYGRLIQSIQSKAAQTGIVIEEGKQPIRGSPHDKAKELALSAYNLRLTRRS

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS15
分子量 formula_weight	10376.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SMALTQERKQEIIVNYQVHETDTGSADVQVAMLTERINRLSLHLQANKKDHSSRRGLLKLIGQRKRLLAYIQKDSREKYQALIGRLGIRG

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	TniQ
分子量 formula_weight	20468.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIEAPDVKPWLFLIKPYEGESLSHFLGRFRRANHLSASGLGTLAGIGAIVARWERFHFNPRPSQQELEAIASVVEVDAQRLAQMLPPAGVGMQHEPIRLCGACYAESPCHRIEWQYKSVWKCDRHQLKILAKCPNCQAPFKMPALWEDGCCHRCRMPFAEMAKLQKVGSEFELENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	ShTnsC
分子量 formula_weight	31400.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q

STEAQAIAKQLGGVKPDDEWLQAEIARLKGKSIVPLQQVKTLHDWLDGKRKARKSCRVVGESRTGKTVACDAYRYRHKPQQEAGRPPTVPVVYIRPHQKCGPKDLFKKITEYLKYRVTKGTVSDFRDRTIEVLKGCGVEMLIIDEADRLKPETFADVRDIAEDLGIAVVLVGTDRLDAVIKRDEQVLERFRAHLRFGKLSGEDFKNTVEMWEQMVLKLPVSSNLKSKEMLRILTSATEGYIGRLDEILREAAIRSLSRGLKKIDKAVLQEVAKEYK

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	TnsB
分子量 formula_weight	66592.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U,r,s,t,u

SNSQQNPDLAVHPLAIPMEGLLGESATTLEKNVIATQLSEEAQVKLEVIQSLLEPCDRTTYGQKLREAAEKLNVSLRTVQRLVKNWEQDGLVGLTQTSRADKGKHRIGEFWENFITKTYKEGNKGSKRMTPKQVALRVEAKARELKDSKPPNYKTVLRVLAPILEKQQKAKSIRSPGWRGTTLSVKTREGKDLSVDYSNHVWQCDHTRVDVLLVDQHGEILSRPWLTTVIDTYSRCIMGINLGFDAPSSGVVALALRHAILPKRYGSEYKLHCEWGTYGKPEHFYTDGGKDFRSNHLSQIGAQLGFVCHLRDRPSEGGVVERPFKTLNDQLFSTLPGYTGSNVQERPEDAEKDARLTLRELEQLLVRYIVDRYNQSIDARMGDQTRFERWEAGLPTVPVPIPERDLDICLMKQSRRTVQRGGCLQFQNLMYRGEYLAGYAGETVNLRFDPRDITTILVYRQENNQEVFLTRAHAQGLETEQLALDEAEAASRRLRTAGKTISNQSLLQEVVDRDALVATKKSRKERQKLEQTVLRSAAVDESNRESLPSQIVEPDEVESTETVHSQYEDIEVWDYEQLREEYGF

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 16 Entity 16 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	862

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	258000

fit	/app/data/saxs_computation/rd/8rdu/8rdu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/8rdu/8rdu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/8rdu/8rdu.dat

Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ShCas12k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ribosomal subunit protein uS15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TniQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ShTnsC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TnsB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)