8rj4

E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rj4
沉积日期 deposition_date	2023-12-20
结构标题 title	E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis
关键词 keywords	ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE, ENERGY METABOLISM, AP4A HYDROLYSIS, POTENTIAL MOONLIGHTING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.24 Å
零角强度 I(0) i0	159434000.00
分子量 molecular_weight	97865.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121230 Å³
包络体积 envelope_volume	160400 Å³
水化壳体积 shell_volume	39212 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.26 Å
包络 Rg envelope_rg	36.20 Å
形状 Rg shape_rg	36.23 Å
总 Rg total_rg	36.49 Å
总原子数 total_atoms	6844
残基数 n_residues	856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	159400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8153
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.119
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.794; Smooth: 0.688

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenylate kinase
分子量 formula_weight	23620.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7329

MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNGFLLDGFPRTIPQADAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPKVEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKYAKVDGTKPVAEVRADLEKILG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	472

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	73.385 Å
晶胞边长 b length_b	76.290 Å
晶胞边长 c length_c	93.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.110 Å
最低分辨率 resolution_low	44.710 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/rj/8rj4/8rj4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rj/8rj4/8rj4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rj/8rj4/8rj4.dat

E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction