8rji

HLA A*2402-NF9_5R pMHC complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 155.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rji
沉积日期 deposition_date	2023-12-21
最后修订 last_revision	2025-01-01
结构标题 title	HLA A*2402-NF9_5R pMHC complex
关键词 keywords	HUMAN, MHC, Covid-19, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.26 Å
零角强度 I(0) i0	520077000.00
分子量 molecular_weight	179580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221230 Å³
包络体积 envelope_volume	320010 Å³
水化壳体积 shell_volume	61889 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.46 Å
包络 Rg envelope_rg	43.96 Å
形状 Rg shape_rg	45.25 Å
总 Rg total_rg	45.41 Å
总原子数 total_atoms	12676
残基数 n_residues	1540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	520000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.129
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.690

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31778.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	13033

GSHSMRYFSTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDEETGKVKAHSQTDRENLRIALRYYNQSEAGSHTLQMMFGCDVGSDGRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHVAEQQRAYLEGTCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	1310.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,L,I

NYNYRYRLF

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	357

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.281 Å
晶胞边长 b length_b	77.018 Å
晶胞边长 c length_c	111.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	54.800 Å
R 因子 r_factor	0.2193
R_work r_work	0.2169
R_free r_free	0.2652

fit	/app/data/saxs_computation/rj/8rji/8rji.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rj/8rji/8rji.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rj/8rji/8rji.dat

HLA A*2402-NF9_5R pMHC complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)