8rl5

DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent DNA helicase Q5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 12–453 链 B； UniProt 12–453	未记录	Gluebody G5-006 × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8RL5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BK0 Crystal structure of the KIX domain of human RECQL5 (domain-swapped dimer) 提交 2013-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 515–620（106 aa）片段：KIX DOMAIN, RESIDUES 515-620 链 B 515–620（106 aa）片段：KIX DOMAIN, RESIDUES 515-620	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2, 50% PEG 200	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
5LB3 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；23% PEG6K, 0.15M lithium chloride, 2.5% ethylene glycol	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5LB3 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；23% PEG6K, 0.15M lithium chloride, 2.5% ethylene glycol	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5LB5 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form). 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–453（444 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
5LB5 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form). 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 10–453（444 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
5LB5 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form). 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 10–453（444 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
5LB5 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form). 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 10–453（444 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
5LB8 Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–526（516 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；17.5% Peg 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, 0.1M Hepes pH 7.0, 10% ethelene glycol	分辨率 3.40 Å R-free 0.322
5LB8 Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 11–526（516 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；17.5% Peg 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, 0.1M Hepes pH 7.0, 10% ethelene glycol	分辨率 3.40 Å R-free 0.322
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 6SV 1-cyclohexyl-3-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 11–453（443 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 11–453（443 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMN Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-048 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.275
7ZMN Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-048 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.275
7ZMO Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-052 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M ammonium sulfate -- 0.5% PEG8000 -- 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 3.75 Å R-free 0.306
7ZMO Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-052 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M ammonium sulfate -- 0.5% PEG8000 -- 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 3.75 Å R-free 0.306
7ZMP Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-055 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4M sodium malonate	分辨率 3.63 Å R-free 0.359
7ZMP Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-055 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4M sodium malonate	分辨率 3.63 Å R-free 0.359
7ZMQ Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M tris pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
7ZMQ Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M tris pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
7ZMR Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-011 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.292
7ZMR Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-011 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.292
7ZMS Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G4-043 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–453（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
7ZMT Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M sodium formate -- 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.291
7ZMT Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M sodium formate -- 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.291
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–453（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
8QQ2 RNAPII elongation complex bound to RECQ5 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 R 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.20 Å
8QW8 In condensate RNAPII elongation complex bound to RECQ5 提交 2023-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 R 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
8QW9 RNAPII elongation complex bound to RECQ5_R502E 提交 2023-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 R 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
8RL6 DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006 - RECQL5 local refinement 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–453（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8RL9 RECQL5:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–453（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8RLA RECQL5:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - RECQL5 local refinement 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–453（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9EI1 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the absence of nucleotide 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–991（991 aa）	突变：D157A	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9EI2 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to an apo RECQL5 helicase (RECQL5 IRI Module focused-classified) 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 1–991（991 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9EI3 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of AMPPNP 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–991（991 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9EI4 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of ADP 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 U 1–991（991 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9HVO Structure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex 提交 2024-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric	链 O 1–991（991 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HVQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex 提交 2024-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric	链 O 1–991（991 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.00 Å
9HWG Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 O 1–991（991 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 28 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RECQ5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–442； UniProt 12–453 作者链 B； PDB构建体 1–442； UniProt 12–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rl5
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006
关键词 keywords	DNA helicase, Di-Gluebody, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.68 Å
零角强度 I(0) i0	198958000.00
分子量 molecular_weight	108980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133880 Å³
包络体积 envelope_volume	198590 Å³
水化壳体积 shell_volume	42104 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.15 Å
包络 Rg envelope_rg	40.03 Å
形状 Rg shape_rg	40.65 Å
总 Rg total_rg	40.96 Å
总原子数 total_atoms	14373
残基数 n_residues	1112
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.5 Å
Rg (实空间) rg_real	41.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8389
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.492
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.209
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.754; Smooth: 0.910

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gluebody G5-006
分子量 formula_weight	13775.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L
原子数 atom_count	14373

SMAQVQLVENGGGCVKAGGSLRLSCAASGSIFSINRMTWYRQAPGKEREWVAAITSGGSTNYADSVKGRFTISRDNAENTVYLQMNSLKPEDTAVYYCEAYGTYTLAPTGEGEYDDYWGQGTQVMVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase Q5
分子量 formula_weight	49203.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

PERRVRSTLKKVFGFDSFKTPLQESATMAVVKGNKDVFVCMPTGAGKSLCYQLPALLAKGITIVVSPLIALIQDQVDHLLTLKVRVSSLNSKLSAQERKELLADLEREKPQTKILYITPEMAASSSFQPTLNSLVSRHLLSYLVVDEAHCVSQWGHDFRPDYLRLGALRSRLGHAPCVALTATATPQVQEDVFAALHLKKPVAIFKTPCFRANLFYDVQFKELISDPYGNLKDFCLKALGQEADKGLSGCGIVYCRTREACEQLAIELSCRGVNAKAYHAGLKASERTLVQNDWMEEKVPVIVATISFGMGVDKANVRFVAHWNIAKSMAGYYQESGRAGRDGKPSWCRLYYSRNDRDQVSFLIRKEVAKLQEKRGNKASDKATIMAFDALVTFCEELGCRHAAIAKYFGDALPACAKGCDHCQNPTAVRRRLEALERSSSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	146540

fit	/app/data/saxs_computation/rl/8rl5/8rl5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rl/8rl5/8rl5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rl/8rl5/8rl5.dat

DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent DNA helicase Q5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)